Macintosh®, Microsoft Windows® i Linux® to niektóre popularne systemy komputerów stacjonarnych. Zaprojektowany przez Apple® system Mac OS® jest stosunkowo drogim systemem znanym z łatwości obsługi. Microsoft Windows® jest rozwijany od wczesnych lat 1980. i jest najczęściej używanym komputerowym systemem operacyjnym. Ponadto Linux® jest jedynym powszechnie używanym systemem operacyjnym typu open source, który może być dowolnie edytowany i rozpowszechniany przez każdego. Istnieją inne systemy komputerów stacjonarnych, ale większość z nich nie jest wystarczająco popularna, aby poważnie konkurować z wielką trójką.
Jako jeden z najwcześniejszych systemów komputerów stacjonarnych, Microsoft Windows® jest preinstalowany na większości nowych komputerów. W rzeczywistości, nawet podczas dostosowywania komputera osobistego (PC), niektórzy producenci dają klientom tylko możliwość wyboru spośród różnych rodzajów systemów Microsoft Windows®. Użytkownikom z oryginalnymi kopiami systemu operacyjnego firma Microsoft® oferuje bezpłatny program antywirusowy, oprogramowanie do edycji zdjęć i wiele innych. Firma zazwyczaj przestaje wspierać określony system operacyjny mniej niż dziesięć lat po jego wydaniu, co oznacza, że nie koduje już aktualizacji błędów lub sterowników ani nie zapewnia uruchamiania nowych programów.
Komputery Apple® działają pod kontrolą systemu operacyjnego o nazwie Mac OS®, który jest często reklamowany jako system najbardziej przyjazny dla użytkownika. W przeciwieństwie do Microsoft Windows®, Mac OS® nie jest sprzedawany na wielu komputerach w sprzedaży detalicznej. Zamiast tego potencjalny użytkownik musi zamówić bezpośrednio w Apple®, choć wiąże się to z możliwością wykupienia planu ochrony AppleCare®. Komputery Apple® i ich systemy operacyjne stały się kultowe ze względu na łatwość obsługi, na przykład brak konieczności zakupu ochrony antywirusowej. Ponadto, chociaż Mac OS® nie jest oprogramowaniem typu open source, użytkownicy mogą łatwo nauczyć się tworzyć aplikacje Mac OS® do handlu z innymi.
Linux® był rozwijany od wczesnych lat 1990-tych z pomocą tysięcy ludzi. Może być aktualizowany przez każdego i ma bardzo oddaną bazę fanów, która pomaga nowym użytkownikom przyzwyczaić się do systemu operacyjnego. Linux® jest najpopularniejszym systemem, jeśli chodzi o serwery i obsługuje najszybsze superkomputery na świecie.
Wybór jednego z najpopularniejszych systemów komputerów stacjonarnych może być trudny dla kogoś, kto nie ma preferencji. Wszystkie mają swoje wady i zalety; na przykład mniej używany system ma prawdopodobnie mniej opcji gier. Jeśli chodzi o wybór systemu operacyjnego, nie ma „prawidłowego” lub „złego”, jednak są to tylko osobiste preferencje.