Pępowina, która ma być przechowywana, musi najpierw zostać odcięta od noworodka. Najlepiej zrobić to jak najszybciej, a pępowina powinna być przechowywana w sterylnym pojemniku przed transportem do laboratorium. Czasami przechowywana jest cała pępowina, ale innym razem przechowywany jest tylko kawałek pępowiny. Krew pępowinowa i żel otaczający tętnice w pępowinie mogą być również przechowywane oddzielnie. Rodzice mogą zdecydować, czy pępowina dziecka będzie przechowywana w prywatnym banku do użytku osobistego, czy też przekazana do banku publicznego.
Decyzję o skorzystaniu z pępowiny należy podjąć jeszcze przed urodzeniem dziecka, tak aby lekarze i pielęgniarki mogli być odpowiednio przygotowani. Sznur przeznaczony do przechowywania powinien zostać odcięty niemal natychmiast po porodzie. Gwarantuje to, że w pępowinie pozostanie więcej krwi.
Po zaciśnięciu i przecięciu pępowiny krew pępowinowa jest czasami usuwana. Można to zrobić za pomocą strzykawki lub wrzucić krew do sterylnego pojemnika. Zwykle odbywa się to przed transportem próbek krwi i tkanek do magazynu pępowiny.
Jeśli rodzice zdecydują się zachować również tkankę pępowinową, to również umieszcza się ją w sterylnym pojemniku. Do pojemnika dodawany jest również konserwant. Sekcje, które mają około 4 do 6 cali (10.2 do 15.2 centymetrów) można umieścić w schowku na pępowinę.
Tkanka pępowiny musi być szybko oznakowana i przetransportowana do laboratorium w celu przetworzenia, ponieważ tkanka może stać się bezużyteczna po stosunkowo długim czasie. Większość ekspertów zgadza się, że tkanka pępowinowa musi zostać przetworzona w ciągu jednego lub dwóch dni. W tym czasie tkanka jest przechowywana w bardzo zimnej komorze, aby pomóc ją zachować.
Podczas przetwarzania z pępowiny można wyekstrahować różne składniki, w tym pozostałą krew. Żel otaczający tętnice w pępowinie, znany jako galaretka Whartona, również może zostać usunięty. Ta żelowata substancja jest w rzeczywistości rodzajem tkanki łącznej i jest bogata w komórki macierzyste.
Do przechowywania pępowiny niezbędne są ekstremalnie niskie temperatury. Większość ekspertów zgadza się, że idealna temperatura do przechowywania pępowiny wynosi około -249 stopni Fahrenheita (-156 stopni Celsjusza). Te ekstremalne temperatury są zwykle utrzymywane za pomocą ciekłego azotu lub pary azotu.
Ciekły azot jest w stanie przechowywać pępowinę w temperaturze około -310 stopni Fahrenheita (-190 stopni Celsjusza), a tkanka jest umieszczana w metalowym pojemniku przed zanurzeniem w cieczy. Niektórzy eksperci uważają jednak, że przy stosowaniu ciekłego azotu istnieje możliwość skażenia bakteryjnego. Opary azotu mogą być również używane do przechowywania pępowiny, a to utrzymuje temperaturę około -202 stopni Fahrenheita (-130 stopni Celsjusza). Jedną z wad tej metody przechowywania jest to, że temperatury mogą się zmieniać.
Korzystanie z prywatnego banku do przechowywania pępowiny może być bardzo kosztowne. Jednak osoby z prywatnie przechowywanymi pępowiną będą miały w przyszłości dostęp do idealnie dopasowanych komórek macierzystych. Osoby, których nie stać na opłacenie prywatnego przechowywania, ale nie chcą, aby pępowina ich niemowląt była odpadami medycznymi, mogą ją oddać. Jest to bezpłatne, a krew pępowinową i tkankę można wykorzystać do badań nad komórkami macierzystymi.