Τα μάφιν ολικής αλέσεως περιλαμβάνουν μια ποικιλία διαφορετικών δημητριακών ολικής αλέσεως, όπως σιτάρι ή βρώμη, ενώ περιέχουν προσθήκες συστατικών όπως φρούτα, πολτοποιημένη κολοκύθα, σοκολάτα ή σταφίδες. Τα μάφιν πρωινού που παρασκευάζονται με δημητριακά ολικής αλέσεως περιέχουν συνήθως τυλιγμένη βρώμη και λίγη ώρα πολτοποιημένα φρούτα, όπως μπανάνες ή φράουλες. Οι διάφοροι τύποι δημητριακών ολικής αλέσεως που χρησιμοποιούνται είναι η σίκαλη, το κριθάρι και το σόργο, καθώς και το φαγόπυρο, η κινόα και άλλες ποικιλίες ολικής αλέσεως χωρίς γλουτένη. Δεδομένου ότι τα μάφιν ολικής αλέσεως θεωρούνται συνήθως πιο υγιεινές εναλλακτικές λύσεις από τα αντίστοιχα λευκού αλεύρου, πολλά μάφιν που παρασκευάζονται με δημητριακά ολικής αλέσεως προωθούνται από διατροφολόγους και γιατρούς για την περιεκτικότητά τους σε φυτικές ίνες.
Muffins γίνονται με ολόκληρους κόκκους συχνά χρησιμοποιούν ολόκληρο το αλεύρι σίτου ως το κύριο συστατικό βάσης, προσθέτοντας διάφορα συστατικά όπως αποξηραμένα ή φρέσκα φρούτα και καρυκεύματα. Τα μάφιν ολικής αλέσεως κολοκύθας παρασκευάζονται συνήθως με αλεύρι σίτου καθώς και πολτοποιημένη κολοκύθα, κανέλα και τζίντζερ και συχνά παρασκευάζονται κατά τους φθινοπωρινούς μήνες. Οι εκδόσεις των muffins κολοκύθας χωρίς γλουτένη μπορούν ακόμα να χρησιμοποιούν δημητριακά ολικής αλέσεως, αντικαθιστώντας το αλεύρι σίτου με ένα γεύμα ή αλεύρι ολικής αλέσεως χωρίς γλουτένη. Το αλεύρι κινόα και το αλεύρι από σόργο είναι δύο παραδείγματα αλεύρων ολικής αλέσεως που μπορούν εύκολα να χρησιμοποιηθούν σε οποιαδήποτε συνταγή για μάφιν ολικής αλέσεως χωρίς γλουτένη.
Τα μάφιν ολικής αλέσεως μήλου είναι επίσης δημοφιλή, που συνήθως περιέχουν φρέσκες φέτες μήλου, κανέλα και μοσχοκάρυδο, καθώς και μια επικάλυψη με θρυμματισμένη μαύρη ζάχαρη. Αυτό το μάφιν μπορεί να σερβιριστεί κατά τη διάρκεια του καφέ ή του τσαγιού και είναι επίσης ένα δημοφιλές ψημένο προϊόν που καταναλώνεται κατά τη διάρκεια του πρωινού ή μεταξύ των γευμάτων για ένα σνακ. Τα μάφιν με ξηρούς καρπούς μπανάνας παρασκευάζονται συνήθως με δημητριακά ολικής αλέσεως, όπως η βρώμη και το αλεύρι ολικής αλέσεως, και είναι πολύ κοινά ως μάφιν πρωινού με τη γλυκιά και χορταστική υφή τους. Τις περισσότερες φορές, η πλειονότητα των μάφιν ολικής αλέσεως δεν περιέχει γλάσο όπως τα cupcakes και είναι πιο πυκνά, γεγονός που τα καθιστά τέλεια ως υποκατάστατο γεύματος.
Τα μάφιν βατόμουρου που παρασκευάζονται με δημητριακά ολικής αλέσεως χρησιμοποιούν γενικά όλο το αλεύρι ολικής αλέσεως ή ένα αλεύρι ολικής αλέσεως χωρίς γλουτένη, μαζί με σκούρα καστανή ζάχαρη και φρέσκα ή κατεψυγμένα βατόμουρα. Αυτοί οι τύποι μάφιν είναι δημοφιλείς ως σνακ και φτιάχνονται συνήθως τους ζεστούς, καλοκαιρινούς μήνες. Δεδομένου ότι τα δημητριακά ολικής αλέσεως περιέχουν σημαντική ποσότητα φυτικών ινών και άλλων θρεπτικών συστατικών, οι περισσότεροι διατροφολόγοι προτείνουν τα μάφιν ολικής αλέσεως έναντι των ομολόγων τους από λευκό αλεύρι. Αν και θεωρούνται πιο υγιεινά, τα μάφιν που παρασκευάζονται με δημητριακά ολικής αλέσεως μπορούν να περιέχουν υψηλή ποσότητα ζάχαρης, γεγονός που καθιστά σημαντικό να τηρείται η περιεκτικότητα σε ζάχαρη και να καταναλώνονται με μέτρο.