Αν και τα μάφιν ολικής αλέσεως μοιάζουν με μικρά cup cakes, έχουν τη συνοχή του ψωμιού. Τα μάφιν ολικής αλέσεως φτιάχνονται χρησιμοποιώντας αλεύρι ολικής αλέσεως αντί για λευκό αλεύρι. Τα muffins φτιάχνονται από ένα κουρκούτι που τοποθετείται σε ατομικά τοξωτά φλιτζάνια για μάφινς, επικαλυμμένα με αντικολλητικό σπρέι μαγειρέματος πριν το ψήσιμο. Οι περισσότεροι άνθρωποι προτιμούν να βουτυρώνουν τα μάφιν ολικής αλέσεως, αν και από πάνω μπορούν επίσης να απλωθούν μαρμελάδα, ζελέ ή κονσέρβες. Πολλές παραλλαγές μάφιν ολικής αλέσεως μπορούν να δημιουργηθούν προσθέτοντας και άλλα συστατικά, συνήθως φρούτα.
Για να φτιάξετε μάφιν ολικής αλέσεως, μπορείτε να συνδυάσετε αλεύρι για όλες τις χρήσεις και αλεύρι ολικής αλέσεως. Για να δώσουν στα μάφιν μια γλυκιά γεύση, πολλοί άνθρωποι προτιμούν να προσθέτουν μαύρη ζάχαρη σταθερά συσκευασμένη. Όσοι κάνουν δίαιτες περιορισμένης ζάχαρης μπορεί να προτιμούν να χρησιμοποιούν υποκατάστατο ζάχαρης. Το φυτικό λάδι και τα αυγά είναι τα απαραίτητα συστατικά για να σχηματιστεί το κουρκούτι και να γίνουν τα μάφιν υγρά. Το μπέικιν πάουντερ θα βοηθήσει τα μάφιν να φουσκώσουν σωστά κατά το ψήσιμο.
Διάφοροι τύποι σπιτικών μάφιν σιταριού περιλαμβάνουν μάφιν για βραδινό ή επιδόρπιο μάφιν. Τα επιδόρπια muffins συνήθως σερβίρονται με μαρμελάδα ή βούτυρο. Ωστόσο, ως επιδόρπιο, τα πρόσθετα συστατικά μπορεί να δώσουν στα μάφιν ολικής αλέσεως μια πιο πλούσια και γλυκιά γεύση. Τα επιδόρπια muffins συνήθως παρασκευάζονται με συστατικά όπως φρέσκα φρούτα ή ακόμα και ημίγλυκα κομματάκια σοκολάτας.
Δημοφιλή στα παιδιά είναι τα μάφιν σοκολάτας ολικής αλέσεως. Αυτά τα muffins μπορούν να σερβιριστούν ως επιδόρπιο, σνακ ή ως προσθήκη σε κουτί μεσημεριανού γεύματος. Τα μάφιν σοκολάτας ολικής αλέσεως μπορούν να παρασκευαστούν με τσιπς σοκολάτας ημίγλυκου αρτοποιού ή τσιπς σοκολάτας γάλακτος. Εκτός από τα αυγά, το μπέικιν πάουντερ και το φυτικό λάδι, μπορούν να προστεθούν και άλλα συστατικά, όπως κρυσταλλική ζάχαρη και εκχύλισμα βανίλιας.
Τα μάφιν σιταριού με κανέλα μήλου είναι μια δημοφιλής επιλογή για σνακ και επιδόρπια. Εκτός από τα παραδοσιακά συστατικά που χρησιμοποιούνται για την παρασκευή μάφιν από σιτάρι, αυτή η συνταγή απαιτεί αλεσμένη κανέλα και φρέσκα μήλα που έχουν ξεφλουδιστεί και κοπεί σε κύβους. Προαιρετικά υλικά που προτιμούν πολλοί αρτοποιοί είναι ψιλοκομμένα καρύδια ή τριμμένη καρύδα.
Τα μάφιν ολικής αλέσεως μπορούν να ψηθούν με τα περισσότερα φρούτα με οποιοδήποτε είδος φρούτου. Τα φρέσκα μούρα είναι μια άλλη δημοφιλής επιλογή για προσθήκη σε μάφιν σίτου. Τα ανάμεικτα muffins με μούρα είναι υγιεινά όταν παρασκευάζονται με φρέσκα βατόμουρα, φράουλες και σμέουρα. Τα μάφιν ροδάκινου ολικής αλέσεως είναι μια άλλη παραλλαγή, που παρασκευάζονται με φρέσκα ροδάκινα κομμένα σε κύβους.
Μερικοί προτιμούν να ψήνουν muffins στο φούρνο μικροκυμάτων για να εξοικονομήσουν χρόνο. Η παραδοσιακή μέθοδος όμως, είναι το ψήσιμο των muffins σε συμβατικό φούρνο. Αν και οι φούρνοι μπορεί να διαφέρουν, το ψήσιμο των muffins στους 350° Fahrenheit (176°C) για περίπου 25 λεπτά είναι γενικά αρκετό.