Πιστεύεται ότι τα προβιοτικά στο ελληνικό γιαούρτι βελτιώνουν την πέψη, αυξάνουν την ανοσία στις λοιμώξεις, προλαμβάνουν τις αλλεργίες και διευθετούν τις ακανόνιστες κινήσεις του εντέρου. Η ζάχαρη γάλακτος αφομοιώνεται πιο εύκολα όταν υπάρχουν προβιοτικά, βοηθώντας όσους έχουν δυσανεξία στη λακτόζη να αποκτήσουν τα οφέλη για την υγεία που συνδέονται με το ελληνικό γιαούρτι χωρίς τις δυσάρεστες παρενέργειες. Ο κίνδυνος καρκίνου του παχέος εντέρου μπορεί επίσης να μειωθεί με την κατανάλωση προβιοτικών που βρίσκονται στο ελληνικό γιαούρτι. Ωστόσο, η συνεχιζόμενη έρευνα σε αυτό το πεδίο επιδιώκει να επιβεβαιώσει τον βαθμό στον οποίο αυτό είναι αλήθεια.
Το ελληνικό γιαούρτι περιέχει υψηλότερες συγκεντρώσεις προβιοτικών από το κανονικό γιαούρτι, επομένως τα ευεργετικά αποτελέσματα των προβιοτικών είναι αυξημένα. Αυτά τα υγιή βακτήρια ζουν μέσα στο γαστρεντερικό σύστημα, βοηθώντας να διατηρηθεί το έντερο υγιές και να λειτουργεί σωστά. Περίπου 10 τρισεκατομμύρια βακτήρια μπορούν να ζουν μέσα σε ένα υγιές έντερο και το ελληνικό γιαούρτι βοηθά στην αναπλήρωσή τους. Όπου το κανονικό γιαούρτι περιέχει μόνο δύο διαφορετικούς τύπους ωφέλιμων βακτηρίων, το ελληνικό γιαούρτι περιέχει έως και έξι τύπους, που όλα συμβάλλουν σε ένα υγιές έντερο.
Τα προβιοτικά είναι ιδιαίτερα ωφέλιμα για άτομα με δυσανεξία στα γαλακτοκομικά που έχουν αδυναμία να παράγουν ένα ένζυμο που ονομάζεται λακτάση που βοηθά στη διάσπαση των υδατανθράκων στο γάλα. Τα προβιοτικά στο ελληνικό γιαούρτι παράγουν από μόνα τους λακτάση η οποία διασπά το γάλα, κάνοντας τα γαλακτοκομικά προϊόντα πιο εύκολα αφομοιώσιμα. Τα άτομα με δυσανεξία στα γαλακτοκομικά μπορούν επομένως να απολαύσουν τα οφέλη για την υγεία του ελληνικού γιαουρτιού χωρίς τις δυσάρεστες παρενέργειες.
Μελέτες έχουν δείξει ότι τα προβιοτικά στο ελληνικό γιαούρτι έχουν ευεργετική επίδραση στην υγεία του εντερικού σωλήνα. Αυτό μπορεί να είναι χρήσιμο για τη θεραπεία της διάρροιας, για παράδειγμα, σε εκατομμύρια παιδιά που πλήττονται από τη φτώχεια σε όλο τον κόσμο. Τα προβιοτικά μπορούν επίσης να χρησιμοποιηθούν για την ανακούφιση των συμπτωμάτων της φλεγμονώδους νόσου του εντέρου, του συνδρόμου ευερέθιστου εντέρου και της δυσκοιλιότητας.
Τα προβιοτικά στο ελληνικό γιαούρτι μπορούν να βοηθήσουν στην πρόληψη αλλεργικών αντιδράσεων και είναι ευεργετικά, για παράδειγμα, στην πρόληψη ακραίων αλλεργικών αντιδράσεων στα παιδιά. Οι αλλεργίες έχουν αυξηθεί τα τελευταία χρόνια και τα προβιοτικά που βρίσκονται στο ελληνικό γιαούρτι μπορεί να διαδραματίσουν ρόλο στην ανακούφιση του επιπολασμού τους. Ο κίνδυνος καρκίνου του παχέος εντέρου μπορεί ενδεχομένως να μειωθεί με την κατανάλωση προβιοτικών, όπως αυτά που βρίσκονται στο ελληνικό γιαούρτι. Μελέτες έχουν δείξει ότι η συχνότητα εμφάνισης όγκων μειώνεται ως αποτέλεσμα της πρόσληψης προβιοτικών, αλλά περαιτέρω μελέτες επιδιώκουν να το επιβεβαιώσουν.
Το ελληνικό γιαούρτι που περιέχει προβιοτικά είναι θρεπτικό και πλούσιο σε ασβέστιο και πρωτεΐνες. Θρεπτικά συστατικά όπως το φολικό οξύ, η ριβοφλαβίνη και η βιταμίνη Β12, ενισχύονται από την παρουσία βακτηρίων στο ελληνικό γιαούρτι. Από μελέτες που έγιναν σε ζώα και ανθρώπους, έχει προταθεί ότι τα προβιοτικά στο ελληνικό γιαούρτι βοηθούν στην ενίσχυση του ανοσοποιητικού συστήματος. Αυτό είναι ιδιαίτερα χρήσιμο για άτομα με φτωχό ανοσοποιητικό σύστημα, όπως άρρωστοι ή ηλικιωμένοι.