Τα πλεονεκτήματα και τα μειονεκτήματα της δίαιτας Atkins περιλαμβάνουν την πρόσληψη υδατανθράκων και λίπους, κυρίως ότι η χαμηλή περιεκτικότητά της σε υδατάνθρακες είναι υπέρ και η υψηλή περιεκτικότητά της σε κορεσμένα λιπαρά είναι αρνητική. Τα μεγάλα μεγέθη μερίδων που επιτρέπονται στη δίαιτα μπορούν να θεωρηθούν ως υπέρ, καθώς είναι απίθανο οι άνθρωποι που κάνουν δίαιτα να αισθάνονται πεινασμένοι, αλλά ένα μειονέκτημα είναι ότι είναι πιθανό να καταναλωθεί υπερβολική ποσότητα πρωτεϊνών. Η γρήγορη αρχική απώλεια βάρους θεωρείται πλεονέκτημα, αλλά η έλλειψη φυτικών ινών φαίνεται ως μειονέκτημα.
Μια δίαιτα χαμηλή σε υδατάνθρακες όπως το σχέδιο Atkins συνήθως μειώνει πολλές προηγούμενες πηγές λίπους και θερμίδων στη διατροφή ενός υπέρβαρου ατόμου, επομένως η απώλεια βάρους συνήθως βιώνεται από την αρχή. Ωστόσο, μαζί με αυτό το πλεονέκτημα στα πλεονεκτήματα και τα μειονεκτήματα της δίαιτας Atkins, συχνά έρχεται το μειονέκτημα ότι χάνεται μόνο το «βάρος νερού», επομένως μπορεί να μην καταλήξει να μείνει μακριά. Από την πλευρά των πλεονεκτημάτων, οι διαβητικοί μπορεί να είναι σε θέση να επιτύχουν καλύτερο έλεγχο του σακχάρου καθώς η ρύθμιση της ινσουλίνης είναι ευκολότερη στον οργανισμό με μια δίαιτα χαμηλή σε υδατάνθρακες. Από την άλλη πλευρά, οι διαβητικοί και άλλοι που είναι επιρρεπείς στη δυσκοιλιότητα μπορεί να είναι ακόμη χειρότεροι, καθώς η κατανάλωση αρκετών φυτικών ινών είναι συχνά δύσκολη για πολλά άτομα που ακολουθούν τη δίαιτα Atkins. Καθώς οι πηγές πρωτεΐνης όπως το κρέας δεν είναι περιορισμένες, όσοι κάνουν δίαιτα μπορούν να επιλέξουν μια δεύτερη βοήθεια μιας τροφής γεμάτη πρωτεΐνη αντί να συμπεριλάβουν κατάλληλες ποσότητες λαχανικών πλούσιων σε φυτικές ίνες ως μέρος του γεύματός τους.
Καθώς οι υδατάνθρακες πρέπει να αποφεύγονται όσο το δυνατόν περισσότερο στο σχέδιο Atkins, οι πηγές φυτικών ινών ολικής αλέσεως δεν περιλαμβάνονται επίσης. Για να αντικαταστήσει την έλλειψη δημητριακών, συνήθως καταναλώνονται περισσότερες πρωτεϊνούχες τροφές, όπως κρέατα και τυριά, από όσους κάνουν δίαιτα Atkins, καθώς οι μερίδες δεν είναι περιορισμένες. Η υψηλή ποσότητα πρωτεϊνικών τροφών από ζωικές πηγές συνήθως σημαίνει αφθονία κορεσμένου λίπους που συνδέεται με κακή υγεία της καρδιάς και μπορεί επίσης να επηρεάσει την κατάσταση των νεφρών. Από την άλλη πλευρά, δεδομένου ότι οι υδατάνθρακες αποθαρρύνονται, τα άτομα που κάνουν δίαιτα Atkins δεν καταναλώνουν μεγάλη ποσότητα θερμίδων και λιπών από «άδεια» ή «άχρηστα» τρόφιμα όπως τηγανητές πατάτες και μπισκότα. Άλλα πλεονεκτήματα και μειονεκτήματα της δίαιτας Atkins αφορούν το θέμα των θρεπτικών συστατικών.
Εάν οι άνθρωποι που κάνουν δίαιτα Atkins τρώνε μεγάλες μερίδες πρωτεΐνης και μικρότερες ποσότητες λαχανικών καθώς και πολύ περιορισμένες τροφές ολικής αλέσεως, είναι πιθανή η έλλειψη βασικών θρεπτικών συστατικών. Πολλοί γιατροί και διατροφολόγοι συμβουλεύουν ότι η λήψη πολυβιταμινών δεν είναι καλό υποκατάστατο από τη λήψη διατροφής από πηγές τροφίμων. Τα πλεονεκτήματα και τα μειονεκτήματα της δίαιτας Atkins συχνά περιλαμβάνουν περισσότερο από επαρκείς πρωτεΐνες, σίδηρο και ασβέστιο, αλλά και ανεπαρκή ποσότητα πολλών άλλων βιταμινών και μετάλλων που απαιτούνται για καλή υγεία.