Το Ανώτατο Δικαστήριο των Ηνωμένων Πολιτειών, το ανώτατο δικαστήριο του δικαστικού κλάδου της κυβέρνησης, εκδικάζει σημαντικές υποθέσεις και αποφασίζει σχετικά με τη συνταγματικότητα των νόμων. Στην ιστορία της αμερικανικής κυβέρνησης, υπήρξαν πολλές αμφιλεγόμενες υποθέσεις του Ανωτάτου Δικαστηρίου των ΗΠΑ που είχαν μόνιμο αντίκτυπο στην πολιτική, τη νομοθεσία, τον πολιτισμό και την κυβέρνηση.
Μία από τις πιο αμφιλεγόμενες υποθέσεις του Ανωτάτου Δικαστηρίου των ΗΠΑ στην Αμερικανική Ιστορία είναι η Marbury v. Madison (1803), η οποία κήρυξε μια πράξη του Κογκρέσου αντισυνταγματική. Ο Γουίλιαμ Μάρμπουρυ, που σκόπευε ο πρόεδρος Τζον Άνταμς να αναλάβει τη θέση του Ειρηνευτή της Περιφέρειας της Κολούμπια, δεν έλαβε αυτήν την επιτροπή υπό τη νέα κυβέρνηση Τζέφερσον και μήνυσε τον Υπουργό Εξωτερικών, Τζέιμς Μάντισον, επικαλούμενος τον Νόμο περί Δικαιοσύνης του 1789. Το δικαστήριο διαπίστωσε ότι ενώ ο Marbury είχε το δικαίωμα να διεκδικήσει τη θέση του, ο νόμος περί δικαστικών αρχών του 1789 ήταν σε ευθεία αντίθεση με το τρίτο άρθρο του Συντάγματος των ΗΠΑ, το οποίο ορίζει τη δικαστική δικαιοδοσία. Αυτή η υπόθεση ήταν και είναι αμφιλεγόμενη στην αμερικανική πολιτική, επειδή το δικαστήριο αποφάσισε ότι το σύνταγμα υπερισχύει της νομοθετικής δράσης.
Μια άλλη από τις σημαντικές αμφιλεγόμενες υποθέσεις του Ανωτάτου Δικαστηρίου των ΗΠΑ είναι ο Dred Scott εναντίον Sandford, που αποφασίστηκε από το δικαστήριο το 1857. Ο Dred Scott, ένας απελευθερωμένος σκλάβος, μεταφέρθηκε σε μια πολιτεία υπέρ της δουλείας μετά το θάνατο του κυρίου του. Έκανε μήνυση, υποστηρίζοντας ότι επειδή προηγουμένως είχε ζήσει σε μια πολιτεία όπου η δουλεία ήταν παράνομη, θα έπρεπε να είναι ελεύθερος. Το δικαστήριο διαπίστωσε ότι ο Ντρεντ Σκοτ δεν είχε δικαιώματα ως πολίτης και επίσης ότι οι μαύροι δεν θεωρούνταν πολίτες. Αυτό ήταν ένα θέμα που συζητήθηκε έντονα γιατί κατά τη διάρκεια αυτής της περιόδου, η χώρα διχάστηκε από το ζήτημα της σκλαβιάς και στο χείλος του εμφυλίου πολέμου.
Μετά την ψήφιση της 13ης τροπολογίας, η οποία απαγόρευε τη δουλεία στις Ηνωμένες Πολιτείες, το Κογκρέσο ψήφισε τη 14η τροποποίηση, η οποία προστάτευε τους πολίτες εξίσου βάσει του νόμου. Ωστόσο, πολλά περιστατικά διαχωρισμού εξακολουθούσαν να υπάρχουν σε όλες τις Η.Π.Α. Ένα παράδειγμα αυτού ήταν ο νόμος περί χωριστών αυτοκινήτων της Λουιζιάνα, ο οποίος απαιτούσε από τις σιδηροδρομικές εταιρείες να παρέχουν «ξεχωριστά, αλλά ίσα» καταλύματα για τους επιβάτες τους. Τον Ιούνιο του 1892, ο Homer Plessy, ένας Αφροαμερικανός, ταξίδεψε με ένα βαγόνι τρένου «μόνο για τους λευκούς». Συνελήφθη και η υπόθεσή του έγινε τελικά μια από τις πιο αμφιλεγόμενες υποθέσεις του Ανωτάτου Δικαστηρίου των ΗΠΑ στην Αμερική. Το δικαστήριο τον έκρινε ένοχο το 1896, δημιουργώντας έτσι το προηγούμενο ότι εάν παρείχαν «ξεχωριστά, αλλά ίσα» καταλύματα, προστατεύονταν από το Σύνταγμα.
Η απόφαση Brown κατά του Εκπαιδευτικού Συμβουλίου του 1954 είναι πιθανώς η πιο γνωστή αμερικανική νομική υπόθεση και σίγουρα μια από τις πιο αμφιλεγόμενες υποθέσεις του Ανωτάτου Δικαστηρίου των ΗΠΑ στην ιστορία. Παρόλο που ο Plessy κατά Φέργκιουσον είχε βρει ξεχωριστές αλλά ίσες εγκαταστάσεις για προστασία βάσει του συνταγματικού δικαίου, στην υπόθεση Brown, το Ανώτατο Δικαστήριο διαπίστωσε ότι τα κράτη που παρείχαν χωριστές εκπαιδευτικές εγκαταστάσεις σε παιδιά σχολικής ηλικίας, με βάση τη φυλή, παραβίασαν την 14η τροποποίηση, ενσωματώνοντας έτσι τα σχολεία τη χώρα και ανοίγοντας την πόρτα για το αμφιλεγόμενο κίνημα για τα πολιτικά δικαιώματα.
Η 14η τροποποίηση έπαιξε επίσης σημαντικό ρόλο στην υπόθεση Roe v. Wade του 1973. Δύο δικηγόροι, για λογαριασμό μιας γυναίκας από το Τέξας (γνωστή ως Roe), ισχυρίστηκαν ότι μια γυναίκα είχε θεμελιώδες δικαίωμα σε έκτρωση. Οι δικαστές, σε μια από τις πιο αμφιλεγόμενες υποθέσεις του Ανωτάτου Δικαστηρίου των ΗΠΑ, έκριναν υπέρ του ενάγοντος, ανατρέποντας έτσι τον νόμο του κράτους. Κατέληξαν στο συμπέρασμα ότι η 14η τροποποίηση του Συντάγματος παρείχε δικαίωμα στην ιδιωτικότητα βάσει της ρήτρας της δέουσας διαδικασίας, καθιστώντας την άμβλωση νόμιμη στις Ηνωμένες Πολιτείες. Αυτό το θέμα εξακολουθεί να συζητείται έντονα στην Αμερική σήμερα, γεγονός που καθιστά την απόφαση του δικαστηρίου ορόσημο στην αμερικανική ιστορία.