Μερικές διαφορές μεταξύ των muffins και των cupcakes είναι η πυκνότητα, το πάγωμα και τα φαγητά που ψήνονται μέσα. Η πυκνότητα ποικίλλει μεταξύ των muffins και των cupcakes, αλλά τα muffins είναι σχεδόν πάντα πιο πυκνά λόγω του επιπλέον αλευριού που προστίθεται. Επιπλέον, τα cupcakes έχουν συνήθως frosting ενώ τα muffins όχι. Μια άλλη διαφορά μεταξύ των δύο είναι ότι τα μάφιν μπορεί να περιέχουν τρόφιμα όπως λαχανικά και ακόμη και κρέας, κάτι που συνήθως λείπει από τα cupcakes. Η γραμμή μεταξύ αυτών των δύο αντικειμένων μπορεί να είναι θολή, ωστόσο, ειδικά με τους σύγχρονους μάγειρες να μην φοβούνται να παραβιάσουν τους τυπικούς κανόνες μαγειρικής.
Μια σημαντική διαφορά μεταξύ των muffins και των cupcakes είναι ότι τα muffins ορίζονται ως ψωμί, ενώ τα cupcakes ορίζονται ως μικρά κέικ. Τα muffins έχουν γενικά πολύ περισσότερο αλεύρι από τα cupcakes, γεγονός που τα κάνει πιο πυκνά. Ακόμα κι αν όλα τα άλλα συστατικά ήταν ίδια, η πυκνότητα ενός μάφιν θα ξεχώριζε, αν και η εμφάνιση είναι παρόμοια. Μερικές φορές τα cupcakes γίνονται πιο πυκνά από το συνηθισμένο, αλλά συνήθως δεν πλησιάζουν την πυκνότητα ενός μάφιν. Επιπλέον, τα muffins είναι συνήθως τουλάχιστον ελαφρώς μεγαλύτερα από ένα cupcake, ενώ τα μεγέθη cupcake είναι γενικά στάνταρ ή μίνι.
Μια άλλη διαφορά μεταξύ των muffins και των cupcakes είναι ότι τα cupcakes είναι συνήθως παγωμένα. Το γλάσο είναι συχνά γλυκό ή μερικές φορές αλμυρό, αλλά είναι σχεδόν πάντα παρόν σε ένα cupcake. Από την άλλη πλευρά, τα μάφιν συνήθως δεν έχουν παγέτα. Συνήθως τρώγονται σκέτα ή με βούτυρο, κονσέρβες φρούτων ή άλλα καρυκεύματα. Όταν τα muffins είναι παγωμένα, συχνά χρησιμοποιούνται πιο θρεπτικά συστατικά, σε σύγκριση με το frosting που προορίζεται για cupcakes με προσανατολισμό το επιδόρπιο.
Τα cupcakes συνήθως δεν έχουν άλλες προσθήκες εκτός από την περιστασιακή ψημένη καραμέλα και το frosting που κορυφώνει το κέικ. Τα μάφιν, από την άλλη πλευρά, συχνά περιέχουν φρούτα, λαχανικά ή διάφορα άλλα πλούσια φαγητά. Σε αντίθεση με τα cupcakes, τα muffins είναι συχνά σχεδιασμένα να είναι χορταστικά και όχι ως επιδόρπιο που προσφέρεται στο τέλος ενός γεύματος. Γενικά, τα cupcakes έχουν σχεδιαστεί για να είναι επιδόρπιο, ενώ τα muffins μπορεί να προορίζονται είτε ως επιδόρπιο είτε ως κανονικό φαγητό.
Μερικές φορές η γραμμή μεταξύ muffins και cupcakes είναι λίγο θολή. Τα μάφιν μπορούν να γλυκαθούν και μερικές φορές τα cupcakes είναι πιο αλμυρά από το συνηθισμένο. Μερικές φορές τα muffins δημιουργούνται με λιγότερο αλεύρι από το συνηθισμένο και τα cupcakes μπορεί να είναι πιο πυκνά από το συνηθισμένο. Μερικοί άνθρωποι δυσκολεύονται να ξεχωρίσουν τα muffins και τα cupcakes όταν και τα δύο είναι παγωμένα.