Υπάρχουν τόσες πολλές διαφορετικές αιτίες τροφικής δηλητηρίασης που η ιατρική επιστήμη δεν τις έχει προσδιορίσει όλες. Ωστόσο, οι περισσότερες περιπτώσεις τροφικής ασθένειας προκαλούνται από βακτήρια ή ιούς. Τα βακτήρια ευδοκιμούν σε μη ζωντανές ουσίες, ενώ οι ιοί χρειάζονται έναν ζωντανό ξενιστή για να υπάρχουν. Οι αιτίες τροφικής δηλητηρίασης από ιούς και βακτήρια έχουν πολλές διαφορετικές μεθόδους μόλυνσης.
Τα βακτήρια μπορούν να παραμείνουν στην επιφάνεια των φρούτων και των λαχανικών. Εάν τα προϊόντα δεν πλυθούν ή υποβληθούν σε επεξεργασία σωστά, τα βακτήρια μπορεί να καταποθούν και να προκαλέσουν τροφική δηλητηρίαση. Τα κονσερβοποιημένα φρούτα και λαχανικά μπορεί να είναι μια από τις πιο σοβαρές αιτίες τροφικής δηλητηρίασης εάν τα προϊόντα υποβάλλονται σε ακατάλληλη επεξεργασία. Το Clostridium botulinum είναι ένα βακτήριο που παράγει μια τοξίνη που μπορεί να προκαλέσει σοβαρή ασθένεια και θάνατο. Οι διογκωμένες κονσέρβες ή τα καπάκια είναι σημάδια ότι η παραγωγή δεν ήταν σωστά κονσερβοποιημένη. Η κατανάλωση αυτών των τροφών μπορεί να οδηγήσει σε θάνατο από δηλητηρίαση από αλλαντίαση.
Οι περισσότερες αιτίες τροφικής δηλητηρίασης δεν προκαλούν τόσο σοβαρά αποτελέσματα. Τα συμπτώματα που μοιάζουν με γρίπη και τα εντερικά προβλήματα που υποχωρούν σε μία ή δύο ημέρες είναι πιο συχνά. Τα συμπτώματα τροφικής δηλητηρίασης μερικές φορές μπορεί να θεωρηθούν εσφαλμένα με τη γρίπη. Οι κράμπες στο στομάχι, η ναυτία και ο έμετος είναι κοινά σημάδια.
Οι ιογενείς περιπτώσεις τροφικής δηλητηρίασης προκαλούνται συνήθως από μόλυνση με κόπρανα. Εάν οι μάγειρες και όσοι προετοιμάζουν τα τρόφιμα δεν πλένουν σωστά τα χέρια τους μετά τη χρήση του μπάνιου, μπορεί να προκληθεί μόλυνση και τροφική δηλητηρίαση. Αυτός ο τύπος τροφικής δηλητηρίασης μπορεί να επηρεάσει ολόκληρους φορείς, όπως παιδικούς σταθμούς και σχολεία. Τα κόπρανα στα οστρακοειδή είναι μια άλλη ιογενής αιτία τροφικής δηλητηρίασης.
Τρόφιμα που δεν είναι πλήρως μαγειρεμένα μπορούν επίσης να προκαλέσουν τροφιμογενείς ασθένειες. Όλα τα τρόφιμα πρέπει να μαγειρεύονται στην κατάλληλη θερμοκρασία για να αποφευχθεί η πρόκληση τροφικής δηλητηρίασης. Το να αφήνετε το μαγειρεμένο φαγητό εκτός ψυγείου για περισσότερες από δύο ώρες είναι μια άλλη αιτία τροφικής δηλητηρίασης που μπορεί εύκολα να αποφευχθεί. Ο βασικός εμπειρικός κανόνας στην ασφάλεια των τροφίμων είναι ότι τα ζεστά τρόφιμα πρέπει να παραμένουν ζεστά και τα κρύα τρόφιμα πρέπει να παραμένουν κρύα.
Η σωστή προετοιμασία του ωμού κρέατος για μαγείρεμα είναι ιδιαίτερα σημαντική για την αποφυγή τροφικής δηλητηρίασης. Τα ωμά κρέατα μπορεί να περιέχουν βακτήρια που προκαλούν τροφική δηλητηρίαση. Εάν το άψητο κρέας κοπεί σε ξύλο κοπής πριν παρασκευαστούν εκεί άλλα τρόφιμα όπως τα λαχανικά, τα βακτήρια μπορούν εύκολα να μολύνουν τα λαχανικά. Θα πρέπει να χρησιμοποιούνται ξεχωριστές σανίδες κοπής και μαχαίρια για τα διάφορα είδη διατροφής, προκειμένου να αποφευχθεί η βακτηριακή μόλυνση.
Οι σωστές θερμοκρασίες μαγειρέματος μπορούν να σκοτώσουν βακτήρια και ιούς που διαφορετικά θα μπορούσαν να προκαλέσουν τροφική δηλητηρίαση. Για παράδειγμα, το χοιρινό κρέας μπορεί να περιέχει το ιικό στρογγυλό σκουλήκι Trichinella spiralis, το οποίο προκαλεί την τροφογενή ασθένεια τριχίνωση. Εάν το χοιρινό ψηθεί σωστά, οι πιθανότητες να προσβληθείτε από τριχίνωση είναι πολύ σπάνιες.