Σε πολλές δικαστικές δίκες, τα στοιχεία που συλλέγονται είναι απαραίτητα τόσο για την υπεράσπιση όσο και για την κατηγορία. Η αποθήκευση αποδεικτικών στοιχείων είναι ένα σημαντικό μέρος του δικαστικού συστήματος, επειδή διατηρεί σημαντικά αποδεικτικά στοιχεία απαλλαγμένα από παραποίηση. Υπάρχουν τρεις κύριοι τύποι αποθήκευσης: αποθήκευση αυτοψίας, προσωρινή αποθήκευση και μακροχρόνια αποθήκευση. Καθένα από τα τρία γίνεται για να βοηθήσει τη διαδικασία της δίκης και η αυθεντικότητά του είναι εγγυημένη από κάτι που ονομάζεται αλυσίδα επιμέλειας.
Μια αυτοψία αποκαλύπτει διάφορους τύπους αποδεικτικών στοιχείων, όπως σωματικά υγρά, μαλλιά, νύχια και μη ανθρώπινα αντικείμενα, όπως σφαίρες ή φάρμακα που βρέθηκαν μέσα σε ένα σώμα. Αυτά τοποθετούνται μεμονωμένα σε αεροστεγή δοχεία και φέρουν ετικέτα με το άτομο, την ημερομηνία, την τοποθεσία και άλλα σημαντικά δεδομένα προκειμένου να τα αναλύσει ένα εργαστήριο τεκμηρίωσης. Η αποθήκευση αποδεικτικών στοιχείων νεκροψίας ευαίσθητων κομματιών ανθρώπινων λειψάνων αποθηκεύεται σε ένα ειδικά σχεδιασμένο σύστημα ψυγείου για να μην αλλοιωθούν τα πράγματα, επειδή τα στοιχεία συχνά δεν μπορούν να διερευνηθούν πλήρως ή να προσαχθούν στο δικαστήριο για ημέρες, εβδομάδες ή μήνες μετά την αρχική συλλογή.
Η προσωρινή αποθήκευση αποδεικτικών στοιχείων είναι ένας κοινός τύπος διαχείρισης αποδεικτικών στοιχείων, επειδή τόσοι πολλοί τύποι ευαίσθητων υλικών μπορούν να χρησιμοποιηθούν ως αποδεικτικά στοιχεία. Αυτά τα αντικείμενα είναι ευπαθή και επικίνδυνα υλικά που δεν μπορούν να διατηρηθούν για μεγάλες χρονικές περιόδους. Η αποθήκευση αποδεικτικών στοιχείων αυτοψίας επικαλύπτεται με την προσωρινή αποθήκευση αποδεικτικών στοιχείων, επειδή το δεοξυριβονουκλεϊκό οξύ (DNA) και τα σωματικά υγρά βρίσκονται στο ψυγείο ή καταψύχονται για μια περίοδο πριν από τη δοκιμή και συνήθως απορρίπτονται μετά τη δοκιμή. Οι επικίνδυνες χημικές ουσίες αποτελούν επίσης μέρος αυτού του συστήματος μέριμνας αποδεικτικών στοιχείων και φυλάσσονται σε αεροστεγή δοχεία και αποθηκεύονται μακριά από συστήματα εξαερισμού σε περιβάλλοντα με ελεγχόμενη θερμοκρασία.
Ό,τι δεν κινδυνεύει να χαλάσει ή να προκαλέσει άμεσο κακό, διατηρείται σε μακροπρόθεσμη αποθήκευση αποδεικτικών στοιχείων. Αντικείμενα που κυμαίνονται από κατασχεμένα ναρκωτικά μέχρι όπλα, ρούχα, υπολογιστές, χαρτιά και πολλά άλλα φυλάσσονται ως αποδεικτικά στοιχεία για δίκες. Τα όπλα συνήθως φυλάσσονται σε κλειδωμένα δοχεία, όπως ένα ντουλάπι αποδεικτικών στοιχείων, έτσι ώστε να μην είναι δυνατή η πρόσβαση σε αυτά. Ομοίως, τα ναρκωτικά είναι κλειδωμένα και συνήθως απαιτούν ειδική άδεια για να αφαιρεθούν από την αποθήκευση. Η γραφική εργασία αποθηκεύεται σε κλίματα ελεγχόμενης υγρασίας για να διασφαλιστεί ότι τα στοιχεία δεν θα υποστούν ζημιά.
Ανεξάρτητα από τη μορφή αποθήκευσης αποδεικτικών στοιχείων στην οποία τοποθετείται το αντικείμενο, πολλά δικαστικά συστήματα απαιτούν μια αλυσίδα φύλαξης για να διασφαλιστεί ότι τα αποδεικτικά στοιχεία δεν έχουν παραβιαστεί. Αυτό σημαίνει ότι υπάρχει μια γραφική διαδρομή που δείχνει ότι τα αποδεικτικά στοιχεία έχουν αποθηκευτεί με ασφάλεια κατά τη διάρκεια ενός εγκλήματος και της δίκης. Ένα παράδειγμα θα ήταν η αφαίρεση δειγμάτων μαλλιών κατά τη διάρκεια μιας αυτοψίας, επειδή ο ιατροδικαστής θα δημιουργούσε ένα έγγραφο που θα δηλώνει την αφαίρεση της τρίχας, ένας αστυνομικός θα τεκμηριώνει τη μεταφορά τους στην αποθήκευση και ο υπεύθυνος για την αποθήκευση θα τεκμηριώνει την παραλαβή της. Εάν αφαιρεθεί και μεταφερθεί για τη δοκιμή, αυτό τεκμηριώνεται επίσης.