Η καστανή μουστάρδα χρησιμοποιείται εδώ και αιώνες ως φάρμακο για τη θεραπεία καταστάσεων που κυμαίνονται από απλούς πονόδοντους έως σοβαρούς σπασμούς σε μικρά παιδιά. Οι αναφορές στη μουστάρδα ως φάρμακο συνήθως σημαίνουν καφέ μουστάρδα. Τέτοιο φάρμακο εξάγεται συνήθως από τα φύλλα και τους σπόρους του. Στην αρχαιότητα, οι Έλληνες εκτιμούσαν τόσο πολύ τις φαρμακευτικές ιδιότητες της μουστάρδας που τη θεωρούσαν δώρο για την ανθρωπότητα, δημιουργημένο από τον Ασκιεπίου, τον θεό της θεραπείας.
Η πιο συνηθισμένη χρήση της μουστάρδας ως φάρμακο είναι εξωτερική ως λιπαντικό, κατάπλασμα ή σοβά. Το έλαιο μουστάρδας, ερεθίζοντας ήπια το δέρμα, διεγείρει την κυκλοφορία, γεγονός που ανακουφίζει από τους μυϊκούς πόνους. Τα καταπλάσματα μουστάρδας έχουν αποδοθεί στην ανακούφιση ορισμένων περιπτώσεων βρογχίτιδας και πλευρίτιδας.
Όταν καταπίνονται εσωτερικά σε μικρές ποσότητες, τα συστατικά της μουστάρδας μπορούν να χρησιμοποιηθούν ως καθαρτικό ή για τη βελτίωση της πέψης. Επίσης, που λαμβάνονται σε ήπιες δόσεις, τα εκχυλίσματα τείνουν να φουσκώνουν ελαφρά το στομάχι, προκαλώντας εφίδρωση. Η εφίδρωση είναι μερικές φορές χρήσιμη για τη θεραπεία του πυρετού, του κρυολογήματος και της γρίπης. Οι σπόροι, που προσλαμβάνονται σε μεγάλες ποσότητες, μπορούν να προκαλέσουν εμετό. Πίνοντας ένα κουταλάκι του γλυκού σπόρους σε ένα ποτήρι νερό θα προκαλέσει συνήθως εμετό μέσα σε 10 λεπτά. Αυτή η θεραπεία επομένως χρησιμοποιείται μερικές φορές σε επείγουσα θεραπεία υπερβολικής δόσης αλκοόλ ή ναρκωτικών.
Στην Ινδία, η μουστάρδα παρασκευάζεται σε τσάι για την ανακούφιση του μυϊκού και σκελετικού πόνου και για τη θεραπεία του πυρετού και του κρυολογήματος. Οι Κινέζοι χρησιμοποιούν περαιτέρω τη φαρμακευτική μουστάρδα για τη θεραπεία ελκών, αποστημάτων και πόνου που προκύπτουν από ρευματισμούς και οσφυαλγία. Θεωρούν ότι τα φύλλα είναι ιδιαίτερα χρήσιμα για τη θεραπεία της φλεγμονής της ουροδόχου κύστης.
Οι πρόσθετες ιατρικές χρήσεις της μουστάρδας περιλαμβάνουν την επίθεση με δηλητήριο από δαγκώματα φιδιών και τσιμπήματα σκορπιού, ανακούφιση από τον πόνο από μώλωπες ή δύσκαμπτο λαιμό και ανακούφιση από κολικούς και αναπνευστικά προβλήματα. Το λάδι από το φλοιό των σπόρων μουστάρδας λέγεται ότι προάγει την ανάπτυξη των μαλλιών. Έχει επίσης αναφερθεί ως παράγοντας που βοηθά στη θεραπεία της δακτυλίτιδας.
Η καστανή μουστάρδα χρησιμοποιείται επίσης μερικές φορές ως συμπλήρωμα διατροφής για την αύξηση των επιπέδων σιδήρου, ψευδαργύρου, χρωμίου και σεληνίου στο σώμα. Το λάδι του χρησιμοποιείται συχνά στη χορήγηση θεραπείας μασάζ. Δεν είναι όλες οι χρήσεις της καστανής μουστάρδας ωφέλιμες. Η καστανή μουστάρδα περιέχει μια εξαιρετικά οσμή και ερεθιστική χημική ουσία, το ισοθειοκυανικό αλλύλιο. Αυτή η ένωση έχει χρησιμοποιηθεί για την παραγωγή αερίου μουστάρδας ως χημικό όπλο σε περιόδους πολέμου.
Οι σπόροι και τα φύλλα της καφέ μουστάρδας περιέχουν πολλές σύνθετες χημικές ουσίες. Περιλαμβάνουν ένζυμα, γλυκοσινικά, θείο, πρωτεΐνες και βλέννα. Λόγω της δράσης αυτών των χημικών ουσιών, ορισμένοι χειρουργοί στο παρελθόν χρησιμοποιούσαν μια πάστα από καφέ μουστάρδα για να απολυμάνουν τα χέρια τους πριν χειρουργήσουν ασθενείς.