Υπάρχουν αρκετές ήπιες πιθανές παρενέργειες των μεταγγίσεων αιμοπεταλίων, ωστόσο οι σοβαρές αντιδράσεις στη θεραπεία είναι σπάνιες. Μερικές από τις πιο συχνές ανεπιθύμητες ενέργειες από τις μεταγγίσεις αιμοπεταλίων είναι η υψηλή θερμοκρασία, ο κνησμός, το εξάνθημα και το ρίγος. Πολλές ανεπιθύμητες αντιδράσεις στη θεραπεία μπορούν να αποφευχθούν εάν χορηγηθούν αιμοπετάλια με αφαίρεση. Αυτός ο τύπος αιμοπεταλίων έχει φιλτραριστεί από τα στοιχεία που πιστεύεται ότι έχουν τη μεγαλύτερη πιθανότητα να προκαλέσουν βλάβη.
Προκειμένου να μειωθεί ο αντίκτυπος των πιθανών παρενεργειών, οι ασθενείς παρακολουθούνται προσεκτικά ενώ λαμβάνουν μεταγγίσεις αιμοπεταλίων. Εάν ένας ασθενής έχει μια ανεπιθύμητη αντίδραση κατά τη διάρκεια μιας μετάγγισης, η θεραπεία διακόπτεται. Συνήθως χορηγούνται επίσης φάρμακα για την αντιμετώπιση των συμπτωμάτων της αντίδρασης.
Η αποτελεσματικότητα των μεταγγίσεων μπορεί να μειωθεί μετά από πολλές διαδικασίες – μια κατάσταση που είναι κοινώς γνωστή ως ανθεκτική στις μεταγγίσεις. Υπάρχουν δύο κύριες αιτίες για αυτήν την κατάσταση: η άνοση και η μη ανοσία. Η μείωση της αποτελεσματικότητας των αιμοπεταλίων που προκαλείται από την ανοσία θα μπορούσε να είναι το αποτέλεσμα του ανοσοποιητικού συστήματος που απορρίπτει τα εισερχόμενα αιμοπετάλια ως ξένα αντικείμενα και τα καταστρέφει πριν κυκλοφορήσουν σε όλο το σώμα. Εάν συμβεί αυτό, ένας γιατρός μπορεί να εξετάσει το αίμα του ασθενούς και να αναζητήσει μια πιο στενή αντιστοιχία αιμοπεταλίων με την ελπίδα να βρει μια μετάγγιση που θα δεχτεί το σώμα. Οι μη άνοσες αιτίες για θέματα αποδοχής αιμοπεταλίων περιλαμβάνουν μια αντίδραση σε αντιμυκητιακά φάρμακα, μια μεγέθυνση σπλήνας που παγιδεύει τα αιμοπετάλια και τα κρατά έξω από την κυκλοφορία του αίματος και μια ασυνήθιστα υψηλή θερμοκρασία.
Οι μεταγγίσεις αιμοπεταλίων χορηγούνται κυρίως σε ασθενείς με χαμηλό υγιή αριθμό αιμοπεταλίων λόγω απώλειας αίματος, αιμορραγίας, έλλειψης επαρκούς παραγωγής αιμοπεταλίων ή κατεστραμμένων αιμοπεταλίων. Μερικές από τις πιο κοινές καταστάσεις που θα μπορούσαν να απαιτήσουν μετάγγιση κατά τη διάρκεια της θεραπείας περιλαμβάνουν το σύνδρομο αυτοάνοσης ανεπάρκειας (AIDS), το πολλαπλό μυέλωμα, την απλαστική αναιμία και τους συμμετέχοντες σε μεταμόσχευση οργάνων. Επίσης χορηγούνται συνήθως σε ασθενείς που συμμετέχουν σε μεταμόσχευση μυελού των οστών ή χημειοθεραπεία για τη θεραπεία της λευχαιμίας.
Στις περισσότερες περιπτώσεις απαιτούνται αρκετές μεταγγίσεις αιμοπεταλίων προκειμένου να αυξηθεί ο αριθμός σε επαρκές επίπεδο. Ένα τυπικό πρόγραμμα θεραπείας θα αποτελείται από δύο μεταγγίσεις την εβδομάδα. Συνήθως ένας γιατρός θα μπορεί να πει εάν οι μεταγγίσεις αποδίδουν και πότε μπορούν να διακοπούν μετρώντας τα νεαρά αιμοπετάλια με RNA, γνωστά και ως δικτυωτά αιμοπετάλια. Εάν αυτά τα είδη αιμοπεταλίων αυξάνονται σε αριθμό, τότε το σώμα φτιάχνει και πάλι τα δικά του αιμοπετάλια, αντί να εξαρτάται από τις μεταγγίσεις.