Υπάρχουν μια χούφτα ιατρικά ζητήματα που μπορεί να προκαλέσουν πόνο στον αυχένα στα νήπια. Τα πιο συνηθισμένα από αυτά περιλαμβάνουν διαστρέμματα αυχένα, τορτικολίλες και μηνιγγίτιδα. Όπως και με τους ενήλικες, ο ύπνος σε μια άβολη θέση μπορεί επίσης να προκαλέσει πόνο στον αυχένα το επόμενο πρωί. Ενώ ο πόνος στον αυχένα συνήθως υποχωρεί από μόνος του, μπορεί να είναι σημάδι μεγαλύτερου προβλήματος όταν συνδυάζεται με άλλα συμπτώματα.
Τα νήπια είναι από τη φύση τους δραστήρια και γενικά ατρόμητα. Αυτό μπορεί να οδηγήσει σε τυχαίες πτώσεις που μπορεί να οδηγήσουν σε διάστρεμμα στον αυχένα. Στις περισσότερες περιπτώσεις, αυτός ο τύπος πόνου στον αυχένα στα νήπια δεν αποτελεί αιτία συναγερμού. Η ενόχληση μπορεί να ανακουφιστεί με ζεστές κομπρέσες, βρεφική ή παιδική ιβουπροφαίνη όπως συνιστάται από τον παιδίατρο του παιδιού και μασάζ στον αυχένα. Τα διαστρέμματα του αυχένα συνήθως θεραπεύονται από μόνα τους μέσα σε δύο έως τρεις εβδομάδες, αλλά εάν το παιδί πονάει πολύ, μπορεί να χρειαστεί μια επίσκεψη στον γιατρό.
Η τορτικολίδα, μια σύσπαση των μυών του λαιμού στη μία πλευρά του κεφαλιού, μπορεί επίσης να προκαλέσει πόνο. Ενώ πολλοί υποθέτουν ότι αυτό το ιατρικό ζήτημα ισχύει μόνο για βρέφη, γνωστό ως συγγενής τορτικολίς, μπορεί επίσης να αναπτυχθεί κατά τη διάρκεια των νηπίων. Αυτό συμβαίνει συχνότερα μετά από κάποιο είδος τραυματισμού στον αυχένα ή ύπνο σε μια άβολη θέση σε βάση ρουτίνας, όπως σε ένα κάθισμα αυτοκινήτου. Σε ορισμένες περιπτώσεις, μπορεί επίσης να είναι παρενέργεια ενός σοβαρού κρυολογήματος. Ο πόνος στον αυχένα που μπορεί να συνοδεύει την τορτικολίδα μπορεί να αντιμετωπιστεί με τον ίδιο τρόπο όπως ένα διάστρεμμα αυχένα, ενώ η σύσπαση των μυών του αυχένα αντιμετωπίζεται συνήθως με ασκήσεις διατάσεων και περιστασιακά φυσικοθεραπεία ή φάρμακα.
Ενώ ο πόνος στον αυχένα στα νήπια από μόνος του δεν είναι συνήθως σοβαρός, όταν συνδυάζεται με υψηλό πυρετό, κόπωση ή ευαισθησία στο φως, είναι ένα από τα κύρια συμπτώματα της μηνιγγίτιδας. Αυτή η ασθένεια είναι το αποτέλεσμα μιας βακτηριακής ή ιογενούς λοίμωξης στην επένδυση και το υγρό που περιβάλλει τον εγκέφαλο. Εάν ένα νήπιο αισθάνεται πόνο στον αυχένα, ειδικά εάν είναι εντελώς απρόθυμο να κοιτάξει προς τα κάτω, θα πρέπει να μεταφερθεί στο δωμάτιο έκτακτης ανάγκης το συντομότερο δυνατό. Όπως συμβαίνει με τις περισσότερες ασθένειες, η μηνιγγίτιδα αντιμετωπίζεται καλύτερα έγκαιρα και επιθετικά. Ενώ η ιογενής μηνιγγίτιδα μπορεί, σε πολλές περιπτώσεις, να αντιμετωπιστεί με άφθονη ανάπαυση, υγρά και παυσίπονα για την ανακούφιση των συμπτωμάτων, η βακτηριακή μηνιγγίτιδα απαιτεί συνήθως αντιβιοτικά και συχνά κορτικοστεροειδή για τη μείωση της φλεγμονής στην επένδυση του εγκεφάλου.
Μια πολύ λιγότερο σοβαρή αιτία πόνου στον αυχένα στα νήπια μπορεί απλώς να είναι ο ύπνος σε μια αστεία στάση. Τα μικρά παιδιά συχνά πηγαίνουν μέχρι να πέσει, και μπορεί να αποκοιμηθούν με όποιον τρόπο κι αν ξαπλώσουν πρώτα. Αυτό μπορεί να προκαλέσει ένα μικρό παιδί να ξυπνήσει με δύσκαμπτο λαιμό και κάποιο βαθμό πόνου στον αυχένα. Εάν συμβαίνει αυτό, συνήθως δεν υπάρχει λόγος ανησυχίας. όπως όταν οι ενήλικες κοιμούνται σε μια άβολη θέση, το αίσθημα της ακαμψίας ή του πόνου συχνά εξαφανίζεται μέχρι το τέλος της ημέρας.