Η λογιστική των αμοιβαίων κεφαλαίων τείνει να είναι πολύπλοκη, καθώς περιλαμβάνει πολλά επίπεδα εισερχόμενων και εξερχόμενων επενδύσεων, καθώς και κρατικές ρυθμίσεις, λειτουργικά έξοδα και προμήθειες. Αυτά τα κεφάλαια μπορούν να προσφέρουν μια σχετικά ασφαλή μορφή επένδυσης σε πολλαπλούς τίτλους για επενδυτές που προσπαθούν να μεγιστοποιήσουν τα κέρδη και να ελαχιστοποιήσουν τον κίνδυνο. Σε λογιστικούς όρους, τα αμοιβαία κεφάλαια αποτελούνται από καταθέσεις επενδυτών και επενδυτικά μερίσματα στη θετική πλευρά και από αγορές και έξοδα κεφαλαίων στην αρνητική πλευρά.
Τα βασικά στοιχεία των αμοιβαίων κεφαλαίων ξεκινούν με έναν αριθμό διαφορετικών επενδυτών που αγοράζουν μετοχές σε ένα συγκεκριμένο αμοιβαίο κεφάλαιο. Πολλά αμοιβαία κεφάλαια είναι ανοιχτού τύπου, πράγμα που σημαίνει ότι ο διαχειριστής του αμοιβαίου κεφαλαίου μπορεί να πουλήσει έναν απεριόριστο αριθμό μετοχών. Ένα αμοιβαίο κεφάλαιο κλειστού τύπου πουλά σταθερό αριθμό μετοχών σε επενδυτές μέσω αρχικής δημόσιας προσφοράς (IPO). Ένας διαχειριστής κεφαλαίων συνήθως διαχειρίζεται λογιστικές διαδικασίες αμοιβαίων κεφαλαίων, οι οποίες μπορεί να εποπτεύονται από ένα διοικητικό συμβούλιο.
Οι καταθέσεις σε ένα αμοιβαίο κεφάλαιο συγκεντρώνονται και χρησιμοποιούνται για την αγορά τίτλων που μπορεί να περιλαμβάνουν μετοχές, ομόλογα και βραχυπρόθεσμα κεφάλαια χρηματαγοράς. Ο διαχειριστής του αμοιβαίου κεφαλαίου πραγματοποιεί τις αγορές και τις πωλήσεις για ένα αμοιβαίο κεφάλαιο, βασίζοντας τις επενδυτικές αποφάσεις στους στόχους του αμοιβαίου κεφαλαίου, οι οποίοι δηλώνονται στο ενημερωτικό δελτίο του αμοιβαίου κεφαλαίου. Σχεδόν όλα τα έξοδα αμοιβαίων κεφαλαίων χρησιμοποιούνται για τη λειτουργία του αμοιβαίου κεφαλαίου, συμπεριλαμβανομένης της πληρωμής του διαχειριστή του αμοιβαίου κεφαλαίου. Όλα τα έξοδα του αμοιβαίου κεφαλαίου αφαιρούνται από το σύνολο του ενεργητικού, επομένως τα αμοιβαία κεφάλαια με υψηλό λειτουργικό κόστος μπορεί να έχουν χαμηλότερες αποδόσεις από εκείνα με ελάχιστο λειτουργικό κόστος.
Κάθε μεμονωμένος επενδυτής κατέχει μερίδιο σε ένα αμοιβαίο κεφάλαιο και τα κέρδη προέρχονται από την προσθήκη μερισμάτων και τόκων που κερδίζονται, μείον τα έξοδα κεφαλαίου. Ένα διαφοροποιημένο αμοιβαίο κεφάλαιο μπορεί να κερδίσει μερίσματα από την ιδιοκτησία μετοχών ή τόκους από αγορές ομολόγων. Με τη λογιστική των αμοιβαίων κεφαλαίων, όλα τα κέρδη των αμοιβαίων κεφαλαίων κατανέμονται ομοιόμορφα μεταξύ όλων των επενδυτών και εκταμιεύονται ετησίως. Οι επενδυτές μπορούν να επιλέξουν να λάβουν πληρωμές μερισμάτων απευθείας ή να επανεπενδύσουν τα χρήματα πίσω στο αμοιβαίο κεφάλαιο. Είτε έτσι είτε αλλιώς, οι μέτοχοι είναι υπεύθυνοι για την πληρωμή των φόρων για τις εκταμιεύσεις αμοιβαίων κεφαλαίων.
Η λογιστική αμοιβαίων κεφαλαίων χρησιμοποιείται για τον προσδιορισμό της καθαρής αξίας ενεργητικού (NAV) ενός αμοιβαίου κεφαλαίου και αυτός ο αριθμός συνήθως αλλάζει καθημερινά. Η ΚΑΕ αντιπροσωπεύει πόσο αξίζει μια μετοχή σε ένα συγκεκριμένο αμοιβαίο κεφάλαιο σε μια δεδομένη στιγμή. Οι διαχειριστές κεφαλαίων υπολογίζουν την ΚΑΕ διαιρώντας την αξία όλων των τίτλων που κατέχει ένα αμοιβαίο κεφάλαιο με τον αριθμό των μετοχών που έχει σε κυκλοφορία. Οι πιθανοί επενδυτές μπορούν να χρησιμοποιήσουν την ΚΑΕ για να καθορίσουν ποιο αμοιβαίο κεφάλαιο προσφέρει την καλύτερη αξία.