Είτε στη γέμιση είτε στοιβαγμένο από πάνω, το cheesecake φρούτων διαθέτει γεύσεις που συμπληρώνουν τη γέμιση τυριού κρέμα του cheesecake. Τα κεράσια, τα λάιμ και τα ροδάκινα είναι μερικές επιλογές για τη δημιουργία cheesecake με φρούτα. Πιο εξωτικά φρούτα, όπως το μάνγκο, ο ανανάς και η καρύδα χρησιμοποιούνται επίσης για τη δημιουργία τσιζκέικ φρούτων. Το Cheesecake μπορεί επίσης να περιέχει μήλα, κράνμπερι και φράουλες.
Η γεύση των λεμονιών ταιριάζει πολύ στο cheesecake, καθώς πολλές γεμίσεις cheesecake περιέχουν ήδη μια νότα χυμού λεμονιού. Το cheesecake με λεμόνι με σάλτσα μούρων διαθέτει κρούστα αμύγδαλου και χουρμάς με γέμιση από κάσιους, μέλι και χυμό λεμονιού. Η σάλτσα μούρων φτιάχνεται με μούρα ανακατεμένα με χουρμάδες ή μέλι και αναμειγνύεται μέχρι να ομογενοποιηθεί. Το cheesecake λεμόνι περιέχει ζαχαρούχο γάλα, τυρί neufchatel και αυγά. Αρωματίζεται με βανίλια, χυμό λεμονιού και ξύσμα λεμονιού.
Τα μήλα μπορούν να χρησιμοποιηθούν για τη δημιουργία cheesecake φρούτων, όπως το cheesecake με μήλο streusel, το οποίο περιέχει μήλα, καστανή ζάχαρη και κανέλα. Το φθινοπωρινό cheesecake μήλου περιέχει μια κρούστα από ψίχουλα κράκερ Graham, ψιλοκομμένα πεκάν και ζάχαρη. Τα μήλα σε φέτες επικαλυμμένα με ζάχαρη και κανέλα απλώνονται πάνω από μια γέμιση κρέμας τυριού και ζάχαρης. Το cheesecake με μήλο καραμέλας περιέχει μια κρούστα από ψίχουλα κράκερ Graham, τριμμένη κανέλα και ψιλοκομμένα πεκάν. Η γέμιση με τυρί κρέμα καλύπτεται με καθαρισμένα μήλα και από πάνω επικαλύπτεται με παγωτό καραμέλα, σαντιγί και ψιλοκομμένα πεκάν πριν το σερβίρισμα.
Τα φρέσκα και τα κονσερβοποιημένα κεράσια είναι μια δημοφιλής επιλογή επικάλυψης για cheesecake με φρούτα. Τα μεμονωμένα μίνι τυροπιτάκια με κεράσι φτιάχνονται τοποθετώντας μια γκοφρέτα βανίλιας στο κάτω μέρος ενός περιτυλίγματος για cupcakes και μετά ρίχνοντας από πάνω τη γέμιση τυριού κρέμα. Μαγειρεύονται, κρυώνουν και στη συνέχεια συμπληρώνονται με γέμιση κερασιόπιτας σε κονσέρβα.
Τα μάνγκο, οι ανανάδες και τα ροδάκινα μπορούν να χρησιμοποιηθούν για την παρασκευή τσιζκέικ φρούτων. Το cheese cake μάνγκο φτιάχνεται προσθέτοντας πουρέ μάνγκο στη γέμιση του τυριού κρέμα. Το cheesecake με ροδάκινο φτιάχνεται χρησιμοποιώντας ζελατίνη ροδάκινου και μεγάλα, ώριμα ροδάκινα. Το cheese cake ανανά παρασκευάζεται με τυρί κρέμα χωρίς λιπαρά, θρυμματισμένο ανανά και σαντιγί χωρίς ζάχαρη. Το cheesecake Pina colada φτιάχνεται με θρυμματισμένο ανανά, κρέμα καρύδας και κρέμα γάλακτος και αρωματίζεται με ελαφρύ ρούμι και εκχύλισμα καρύδας.
Φρούτα με λίγη μπουκιά, όπως cranberries και λάιμ, χρησιμοποιούνται επίσης για τη δημιουργία cheesecake με φρούτα. Key lime cheesecake με σάλτσα βουτύρου φράουλας περιέχει τυρί κρέμα, αυγά και κρέμα γάλακτος. Είναι αρωματισμένο με φλούδα λάιμ, φράουλες και χυμό λάιμ. Το στροβιλισμένο cheesecake με κράνμπερι διαθέτει τρίμμα μπισκότου και κρούστα βουτύρου. Η γέμιση τυριού κρέμα είναι αρωματισμένη με σάλτσα cranberry ολόκληρων μούρων, κανέλα και γαρύφαλλο.