Αν και έχει τα πλεονεκτήματά του, η δημόσια συγκοινωνία έχει επίσης μια σειρά από προβλήματα. Πολλά μέσα μαζικής μεταφοράς είναι γεμάτα κόσμο, για παράδειγμα, γεγονός που μπορεί να διευκολύνει την εξάπλωση της ασθένειας. Η χρήση των μέσων μαζικής μεταφοράς μπορεί επίσης να είναι άβολη ή άβολη για ορισμένους. Επίσης, σε ορισμένες περιοχές, οι κυβερνήσεις μπορεί να διαπιστώσουν ότι το κόστος λειτουργίας και συντήρησης των δημόσιων συγκοινωνιών υπερβαίνει το εισόδημα που δημιουργείται από αυτές.
Πολλοί άνθρωποι πιστεύουν ότι ένα από τα μεγαλύτερα προβλήματα των μέσων μαζικής μεταφοράς είναι η έλλειψη ιδιωτικότητας. Μερικοί πιστεύουν ότι τα λεωφορεία και τα μετρό είναι απλά πολύ γεμάτα. Σε ένα προσωπικό όχημα, από την άλλη πλευρά, αυτό δεν είναι τυπικά πρόβλημα. Ένα άτομο μπορεί να οδηγήσει ή να οδηγήσει στον προορισμό του χωρίς να χτυπηθεί ή γενικά να ταραχτεί από άλλα άτομα.
Τα μικρόβια είναι ένα άλλο από τα σοβαρότερα προβλήματα των μέσων μαζικής μεταφοράς. Δεδομένου ότι οι άνθρωποι βρίσκονται συχνά σε πολύ κοντινή απόσταση μεταξύ τους, διατρέχουν μεγαλύτερο κίνδυνο να κολλήσουν μια ασθένεια όταν χρησιμοποιούν τα μέσα μαζικής μεταφοράς σε αντίθεση με ένα προσωπικό όχημα. Οι ιοί του κρυολογήματος και της γρίπης, για παράδειγμα, μπορούν να μεταδοθούν από το ένα άτομο στο άλλο είτε μέσω άμεσης επαφής με μολυσμένη επιφάνεια είτε από τον αέρα, όπως όταν ένα άτομο φτερνίζεται. Συνιστάται το πλύσιμο των χεριών ή η χρήση απολυμαντικού χεριών πριν και μετά την οδήγηση στα μέσα μαζικής μεταφοράς.
Το να είσαι συνεργαζόμενος σε μια τόσο περιορισμένη περιοχή με πολλά άλλα άτομα είναι επίσης αρκετά άβολο για μερικούς. Αυτή η παραβιασμένη άνεση θεωρείται συχνά ένα άλλο από τα προβλήματα των δημόσιων συγκοινωνιών. Επίσης, εάν ένα λεωφορείο ή μετρό είναι πολύ δροσερό ή ζεστό, οι θερμάστρες ή τα κλιματιστικά μπορούν να ενεργοποιηθούν σε προσωπικό όχημα. Η χρήση προσωπικού οχήματος συνοδεύεται επίσης από την πολυτέλεια να ακούς μουσική ή ειδήσεις στο ραδιόφωνο κατά τη διάρκεια μιας μετακίνησης.
Μαζί με τα άλλα προβλήματα των μέσων μαζικής μεταφοράς, πολλοί άνθρωποι δεν χρησιμοποιούν τη δημόσια συγκοινωνία επειδή τους είναι ενοχλητικό. Πολλά οχήματα δημόσιας συγκοινωνίας κινούνται με αυστηρά χρονοδιαγράμματα και αυτοί οι χρόνοι στάσης δεν συμπίπτουν πάντα με το πρόγραμμα ενός ατόμου. Επίσης, εάν ένα λεωφορείο ή τρένο καθυστερήσει, τότε θα αργήσουν και όλοι οι επιβάτες. Όταν χρησιμοποιεί ένα προσωπικό όχημα για μεταφορά, ο οδηγός ελέγχει πού και πότε πηγαίνει κάπου.
Ένα από τα μεγαλύτερα προβλήματα δημόσιας συγκοινωνίας για ορισμένες τοπικές κυβερνήσεις είναι το κόστος λειτουργίας και συντήρησης αυτών των συστημάτων. Ορισμένες από αυτές τις δαπάνες περιλαμβάνουν καύσιμα, μισθούς οδηγών και συντήρηση οχημάτων. Σε περιοχές με μικρό πληθυσμό, το εισόδημα που δημιουργείται από τους επιβάτες μπορεί να μην είναι πάντα αρκετό για να καλύψει αυτά τα έξοδα. Τότε συχνά θα χρειαστούν κρατικά χρήματα για να καλυφθεί η διαφορά.