Η θεραπεία αυτοτραυματισμού προσαρμόζεται στις ανάγκες του κάθε ατόμου. Ένας θεραπευτής θα ξεκινήσει δουλεύοντας ένας προς έναν με έναν ασθενή που αυτοτραυματίζεται, προκειμένου να κατανοήσει τους λόγους της συμπεριφοράς και να ανακαλύψει μια στρατηγική που θα πρέπει να χρησιμοποιήσει ο ασθενής αντί για αυτοτραυματισμό. Η θεραπεία συχνά περιλαμβάνει θεραπεία και μπορεί να περιλαμβάνει φαρμακευτική αγωγή. Αν και διαφορετική για κάθε άτομο, η θεραπεία αυτοτραυματισμού είναι γενικά αποτελεσματική όταν ένα άτομο αναγνωρίζει την ανάγκη να αντικαταστήσει τις καταστροφικές συμπεριφορές με αυτές που δεν οδηγούν σε τραυματισμό.
Το πρώτο βήμα για κάθε επιτυχημένο σχέδιο θεραπείας αυτοτραυματισμού είναι να αναγνωρίσει ο ασθενής το πρόβλημα. Οι ασθενείς που δεν θέλουν να σταματήσουν να βλάπτουν τον εαυτό τους μπορεί να υποβληθούν σε θεραπεία για να συζητήσουν τους λόγους που θέλουν να συνεχίσουν τις συμπεριφορές τους. Εάν ο αυτοτραυματισμός είναι σοβαρός και ενέχει κίνδυνο για την υγεία και την ασφάλεια του ασθενούς, μπορεί να απαιτηθεί προσωρινή παραμονή σε ψυχιατρείο. Μόλις εξασφαλιστεί η ασφάλεια του ασθενούς, ο ασθενής μπορεί να επιστρέψει στο σπίτι και να ξεκινήσει θεραπεία με γιατρούς που είναι εκπαιδευμένοι στη θεραπεία αυτοτραυματισμού.
Σε ορισμένους ασθενείς, οι διαταραχές ψυχικής υγείας μπορεί να είναι η ρίζα του αυτοτραυματισμού. Μπορεί να έχουν κατάθλιψη ή να πάσχουν από γενικευμένη αγχώδη διαταραχή ή άλλες ασθένειες που δημιουργούν μια αντιληπτή ανάγκη να προκαλέσουν αυτοτραυματισμό. Μπορεί να δοθούν συνταγογραφούμενα φάρμακα σε έναν ασθενή με μία από αυτές τις διαταραχές για να βοηθήσουν στον έλεγχο των συμπτωμάτων. Ωστόσο, δεν βλάπτουν τον εαυτό τους όλοι οι ασθενείς λόγω διαταραχής ψυχικής υγείας.
Η θεραπεία είναι ο κύριος στόχος της θεραπείας αυτοτραυματισμού. Οι ασθενείς μπορούν να εργαστούν ένας προς έναν με θεραπευτές ή σε ομαδική θεραπεία. Ο σκοπός της θεραπείας είναι να βοηθήσει έναν ασθενή να προσδιορίσει ποιες συνθήκες οδηγούν στο αίσθημα της ανάγκης να προκληθεί βλάβη, ώστε η συμπεριφορά να μπορεί να προβλεφθεί και να αποφευχθεί.
Η εκμάθηση νέων συμπεριφορών είναι ένα άλλο συστατικό της θεραπείας αυτοτραυματισμού. Οι θεραπευτές θα συνεργαστούν με τους ασθενείς για να βρουν κατάλληλους αντικαταστάτες για τη συμπεριφορά που είναι προσαρμοσμένη στις ανάγκες του ασθενούς. Οι ασθενείς που αυτοτραυματίζονται λόγω άγχους μπορεί να κληθούν να δοκιμάσουν να κάνουν ζεστά μπάνια ή να ακούν απαλή μουσική ως εναλλακτικές συμπεριφορές, ενώ από ασθενείς που βλάπτουν τον εαυτό τους λόγω θυμού μπορεί να ζητηθεί να δοκιμάσουν την άσκηση ή την παραγωγή θορύβου ως τρόπους ανακούφισης συναισθημα.