Κάθε σκόπιμη ενέργεια που γίνεται με σκοπό να βλάψει τον εαυτό του χωρίς να αυτοκτονήσει, όπως να κόψει ή να κάψει το δέρμα του, θεωρείται αυτοτραυματισμός. Αν και πολλοί διαφορετικοί παράγοντες μπορούν να οδηγήσουν κάποιον σε εσκεμμένο αυτοτραυματισμό, η ψυχική ασθένεια κατατάσσεται σε υψηλό βαθμό μεταξύ των κοινών αιτιών αυτοτραυματισμού. Άλλες αιτίες αυτοτραυματισμού μπορεί να σχετίζονται με το κοινωνικό περιβάλλον, το γενετικό υπόβαθρο ή άλλα θέματα που σχετίζονται με το οικογενειακό ιστορικό. Οι διάφορες αιτίες του αυτοτραυματισμού τείνουν επίσης να σχετίζονται με υψηλά επίπεδα στρες ή με συναισθηματικό διαχωρισμό, που και τα δύο μπορεί να οδηγήσουν κάποιον σε τάσεις αυτοτραυματισμού. Εκείνοι που βλάπτουν τον εαυτό τους εξαιτίας του στρες τείνουν να αισθάνονται ήρεμοι και να έχουν τον έλεγχο μετά, ενώ εκείνοι που βλάπτουν τον εαυτό τους λόγω συναισθηματικής απόστασης και διάστασης τείνουν να αισθάνονται πιο ζωντανοί και συνδεδεμένοι.
Οι ψυχικές ασθένειες, όπως η κατάθλιψη και η διπολική διαταραχή, είναι κοινές αιτίες αυτοτραυματισμού, καθώς μπορούν να οδηγήσουν τόσο σε υψηλά επίπεδα στρες όσο και σε αισθήματα διάστασης και συναισθηματικής μουδιάσματος. Πολλοί άνθρωποι δεν ξέρουν πώς να χειριστούν τις ταραχώδεις συναισθηματικές καταστάσεις που συχνά προκύπτουν από ψυχικές ασθένειες. Σε ορισμένες περιπτώσεις, ο σωματικός πόνος παρέχει ένα προσωρινό καταφύγιο από τον συναισθηματικό πόνο, έτσι οι άνθρωποι αυτοτραυματίζονται σε μια προσπάθεια να αποσπάσουν την προσοχή τους από τις ταραχώδεις συναισθηματικές τους καταστάσεις. Ο αυτοτραυματισμός μπορεί, ωστόσο, να οδηγήσει σε περαιτέρω συναισθηματική αναταραχή, καθώς οι περισσότεροι άνθρωποι δεν έχουν αναμφισβήτητα θετικά συναισθήματα για να βλάψουν τον εαυτό τους.
Ορισμένες αιτίες αυτοτραυματισμού μπορεί να προκύψουν και από περιβαλλοντικά ζητήματα, όπως η κακοποίηση από ένα μέλος της οικογένειας ή ο πόλεμος κοντά στο σπίτι κάποιου. Το πώς ακριβώς τέτοιες διαφορετικές καταστάσεις οδηγούν σε αυτοτραυματισμό διαφέρει από περίπτωση σε περίπτωση. Η γονική κακοποίηση μπορεί, για παράδειγμα, να κάνει κάποιον να αισθάνεται ανεπαρκής, επομένως μπορεί να τραυματιστεί από αισθήματα απέχθειας για τον εαυτό του. Εναλλακτικά, το να ζεις σε ένα περιβάλλον που έχει καταρρεύσει από τον πόλεμο μπορεί να αφήσει κάποιον συναισθηματικά ωμό και αποσυνδεμένο, και να νιώθει σαν να έχει ελάχιστο έλεγχο σε οτιδήποτε. Σε μια τέτοια περίπτωση, μπορεί να εμπλακεί σε αυτοτραυματισμό για να αποκαταστήσει κάποια αίσθηση ελέγχου στη ζωή και τη συναισθηματική του κατάσταση.
Υπάρχουν πολλές άλλες αιτίες αυτοτραυματισμού που σχετίζονται ελάχιστα με ψυχικές ασθένειες ή με περιβαλλοντικούς παράγοντες. Ορισμένες γενετικές παθήσεις έχουν συνδεθεί με αυξημένες τάσεις αυτοκαταστροφής, για παράδειγμα. Ομοίως, ορισμένες μορφές κατάχρησης ουσιών, εθισμού και συμπτωμάτων στέρησης μπορούν να οδηγήσουν στην ανάπτυξη τάσεων αυτοτραυματισμού.
Σε σπάνιες περιπτώσεις, ο αυτοτραυματισμός μπορεί να είναι μια σκόπιμη και υπολογισμένη πράξη. Κάποιος μπορεί να βλάψει τον εαυτό του για να επιστήσει την προσοχή στον υποκείμενο συναισθηματικό πόνο με την ελπίδα να βρει βοήθεια. Εναλλακτικά, κάποιος μπορεί να χρησιμοποιήσει αυτοτραυματισμό για να χειραγωγήσει τις ενέργειες άλλων ανθρώπων. Αν και μια τέτοια χειραγώγηση μπορεί να φαίνεται κακόβουλη, είναι, από μόνη της, συχνά απόδειξη υποκείμενου συναισθηματικού πόνου.