Η επιλογή του σωστού εξωλέμβιου κινητήρα σκάφους απαιτεί προσεκτική εξέταση πολλών παραγόντων. Το μέγεθος του σκάφους και η προοριζόμενη χρήση του είναι ίσως τα πιο σημαντικά δύο. Άλλες σκέψεις κατά την επιλογή ενός κινητήρα περιλαμβάνουν το είδος του νερού στο οποίο θα χρησιμοποιηθεί το σκάφος καθώς και την εμπειρία του ιδιοκτήτη του σκάφους. οι άπειροι ιδιοκτήτες σκαφών θα πρέπει να επιλέξουν έναν εξωλέμβιο κινητήρα που δεν είναι τόσο ισχυρός όσο ο τύπος που χρησιμοποιούν οι έμπειροι χειριστές σκαφών. Ο σχεδιασμός του κινητήρα μπορεί επίσης να είναι καθοριστικός παράγοντας αφού ορισμένα σχέδια δεν προσφέρονται σε όλα τα μεγέθη.
Η τοποθέτηση ενός εξωλέμβιου κινητήρα σκάφους σε ένα σκάφος που είναι πολύ μεγάλο για αυτό μπορεί να οδηγήσει σε πολλά προβλήματα. Ένα από τα πιο αξιοσημείωτα είναι η αδυναμία του σκάφους να ανέβει στο αεροπλάνο. Ένας μικρός κινητήρας δεν είναι σε θέση να παράγει την ταχύτητα για να επιτρέψει σε ένα μεγάλο σκάφος να σηκωθεί από το νερό. Αυτό μπορεί επίσης να είναι θέμα ασφάλειας, καθώς ο κινητήρας μπορεί να μην μπορεί να σπρώξει ένα μεγάλο σκάφος ενάντια σε ένα ισχυρό ρεύμα. Αυτό μπορεί να οδηγήσει σε μια βάρκα εκτός ελέγχου και στο έλεος του ανέμου και του ρεύματος.
Από την άλλη πλευρά, εάν ένας κινητήρας εξωλέμβιου σκάφους που χρησιμοποιείται σε ένα σκάφος που προορίζεται για συρτή χαμηλής ταχύτητας είναι πολύ μεγάλος, ο κινητήρας μπορεί να υποφέρει από τη συνεχή λειτουργία χαμηλής ταχύτητας. Μολυσμένα μπουζί και υπερθέρμανση συμβαίνουν συχνά όταν ένας μεγάλος κινητήρας λειτουργεί σε εξαιρετικά χαμηλές ταχύτητες για μεγάλες χρονικές περιόδους. Μια άλλη επιλογή που πρέπει να λάβετε υπόψη περιλαμβάνει την επιλογή του δίχρονου ή του 2χρονου κινητήρα. Συχνά, ένας τετράχρονος κινητήρας θα λειτουργεί σε χαμηλότερες ταχύτητες πολύ καλύτερα από έναν δίχρονο. Ο τελευταίος θα υποφέρει από τάπες με ρύπανση λαδιού όταν δεν του δίνεται η ευκαιρία να καθαριστεί με ένα τρέξιμο υψηλής ταχύτητας.
Με την τεράστια παραγωγή ισχύος του μεγαλύτερου εξωλέμβιου κινητήρα σκάφους, είναι συχνά σοφό για τον άπειρο ιδιοκτήτη σκάφους να επιλέξει ένα μικρότερο, λιγότερο ισχυρό. Η ώθηση ενός μεγάλου κινητήρα στο ανώτερο επίπεδο απόδοσης μπορεί συχνά να καταπνίξει ένα άπειρο σκάφος και να οδηγήσει σε καταστροφή. Ένα σκάφος που κινείται στην τελική ταχύτητα αναστατώνεται εύκολα από την παραμικρή κίνηση των χειριστηρίων. Η εκκίνηση με μικρότερο κινητήρα είναι μια παραγωγική μέθοδος απόκτησης εμπειρίας. Μόλις κατακτηθεί, ο μικρότερος εξωλέμβιος κινητήρας μπορεί να διαπραγματευτεί σε μεγαλύτερο μοντέλο ή να χρησιμοποιηθεί σε διαφορετικό, εφεδρικό σκάφος.