Μπορεί να είναι εκπληκτικό, αλλά σύμφωνα με το Ιατρικό Ινστιτούτο Howard Hughes (HHMI) του Μέριλαντ, ο καθένας μας φιλοξενεί δύο έως πέντε λίβρες (1.0 έως 2.26 κιλά) ζωντανών βακτηρίων μέσα στο σώμα μας. Αυτοί οι μικροοργανισμοί έρχονται σε καλές και κακές ποικιλίες, ή περισσότερο στο σημείο, μπορεί να είναι χρήσιμοι ή επιβλαβείς. Ενώ η τεράστια προσοχή δίνεται στα κακά είδη λόγω της δυνατότητάς τους να δημιουργούν ασθένειες, οι άνθρωποι μοιράζονται μια απαραίτητη συμβιωτική σχέση με πολλούς τύπους βοηθητικών βακτηρίων. Μερικά είναι κρίσιμα για την ίδια μας την επιβίωση.
Το HHMI αναφέρει ότι η μεγαλύτερη συγκέντρωση βακτηρίων στο ανθρώπινο σώμα βρίσκεται στα έντερα. Είδη που αριθμούνται σε χιλιάδες δημιουργούν τρισεκατομμύρια σιωπηλούς επιβάτες που λειτουργούν μαζικά. Η σχέση μεταξύ των διαφορετικών στελεχών βακτηρίων και του ανθρώπινου σώματος είναι δυναμική και προσαρμόζεται συνεχώς στις μεταβαλλόμενες συνθήκες.
Τα προβιοτικά, ή η μελέτη της θεραπείας μέσω βοηθητικών βακτηρίων, κερδίζει περισσότερη προσοχή καθώς αυξάνονται οι λοιμώξεις από την υπερβολική χρήση αντιβιοτικών. Ένα γνωστό παράδειγμα προβιοτικών είναι η προώθηση του γιαουρτιού που περιέχει ζωντανές βακτηριακές καλλιέργειες για την ανακούφιση της διάρροιας που σχετίζεται με τα αντιβιοτικά. Τα προβιοτικά σε αυτή την περίπτωση είναι του στελέχους γαλακτοβάκιλλων. Αν και είναι σαφές μέσω της έρευνας ότι τα προβιοτικά μπορούν να έχουν θετική επίδραση, ως θεραπευτικό σχήμα, η αποτελεσματικότητά τους είναι λιγότερο από επαρκής για να αντικαταστήσει τα αντιβιοτικά, δεδομένης της τρέχουσας κατάστασης των γνώσεών μας. Ωστόσο, η ιατρική κοινότητα πιστεύει ότι μια αντικατάσταση είναι ακριβώς αυτό που χρειάζεται.
Ένα από τα προβλήματα με τη θεραπεία μέσω προβιοτικών είναι ότι τα βακτήρια μέσα μας δεν είναι καλά κατανοητά. Για παράδειγμα, ένα αδρανές ή ουδέτερο βακτήριο μπορεί να γίνει επιβλαβές εάν ενεργοποιηθεί από συνθήκες που προκαλούν τον πολλαπλασιασμό ή την αλλαγή του. Τα βακτήρια μπορούν να αλληλεπιδράσουν με τα ανθρώπινα κύτταρα, προκαλώντας τους κυτταρικούς υποδοχείς να «αναπτύσσουν επεκτάσεις» στις οποίες μπορούν να κολλήσουν. Περιπλέκοντας τα πράγματα, οι επιστήμονες αναφέρουν ότι τουλάχιστον το 50% αυτών των στελεχών δεν μπορούν να αναπτυχθούν σε εργαστήριο λόγω της δυσκολίας να δημιουργηθεί ένα κατάλληλο περιβάλλον που προσομοιώνει το ανθρώπινο έντερο.