Η μελατονίνη, μια φυσική ορμόνη που εκκρίνεται από την επίφυση στον εγκέφαλο, δίνεται μερικές φορές στα παιδιά για να τα βοηθήσει να ξεπεράσουν την αϋπνία και να αποκοιμηθούν γρήγορα και φυσικά. Υπάρχει κάποια ανησυχία ότι μια πρόδρομη ουσία μελατονίνης, όταν χορηγείται στη συνθετική της μορφή, μπορεί να αυξήσει τα επίπεδα σακχάρου στο αίμα και να συμβάλει στην ανάπτυξη διαταραχών σακχάρου στο αίμα. Οι παρενέργειες της μελατονίνης για τα παιδιά είναι σχετικά χαμηλές, υποδεικνύοντας ότι τα περισσότερα παιδιά μπορούν να τη λάβουν με ή χωρίς εντολή γιατρού. Αν και η μελατονίνη φαίνεται να είναι ασφαλής και αποτελεσματική για να βοηθήσει τα παιδιά να κοιμηθούν, μακροχρόνιες μελέτες δεν έχουν δείξει εάν οι παρενέργειες εμφανίζονται αργότερα ή όχι.
Με την έναρξη του σκότους, ο εγκέφαλος εκκρίνει φυσικά μια ορμόνη που ονομάζεται μελατονίνη, προετοιμάζοντας το σώμα να ξεκουραστεί και να πάει για ύπνο. Πολλοί γονείς αποφασίζουν ότι η χρήση μελατονίνης για παιδιά είναι μια ασφαλέστερη μέθοδος για να βοηθήσουν όσους υποφέρουν από έλλειψη παραγωγής μελατονίνης ή άλλες διαταραχές που σχετίζονται με τον ύπνο. Έχει αποδειχθεί ότι η μελατονίνη, όταν λαμβάνεται ως συμπλήρωμα, μπορεί να αυξήσει τα επίπεδα σακχάρου στο αίμα σε ορισμένα άτομα και μπορεί να συμβάλει σε αστάθειες του σακχάρου στο αίμα με την πάροδο του χρόνου. Ορισμένοι γιατροί προειδοποιούν ότι η μελατονίνη για τα παιδιά που πάσχουν από διαβήτη πρέπει να αποφεύγεται, καθώς μπορεί να προκαλέσει μη ελεγχόμενα και ασταθή επίπεδα σακχάρου στο αίμα.
Κλινικές δοκιμές που πραγματοποιήθηκαν για τη μελατονίνη για παιδιά δείχνουν ότι οι ανεπιθύμητες ενέργειες όπως έμετος, δυσκοιλιότητα και απώλεια ή αύξηση βάρους είναι σχετικά σπάνιες. Συμπληρωματική μελατονίνη μπορεί να ληφθεί χωρίς τη συγκατάθεση του γιατρού, εν μέρει λόγω της ασφάλειάς της σε μέτριες ποσότητες, ωστόσο παρενέργειες μπορεί να εμφανιστούν χωρίς την κατάλληλη δόση. Οι γιατροί προτιμούν να μιλούν με τους γονείς για να καθορίσουν τη σωστή δοσολογία για την ηλικία, το σωματικό βάρος και το ύψος του παιδιού. Δεδομένου ότι η μελατονίνη δεν ελέγχεται αυστηρά από καμία κυβερνητική υπηρεσία, η συζήτηση με έναν γιατρό μπορεί να βοηθήσει στην αποφυγή λαθών στη δοσολογία, καθώς η υπερβολική δόση μπορεί να προκαλέσει πονοκεφάλους ή εναλλαγές της διάθεσης.
Η πλειονότητα των μελετών που διεξήχθησαν για τη μελατονίνη για παιδιά ήταν για άτομα που πάσχουν από αυτισμό ή τύφλωση και άλλα παιδιά με νευρολογικές διαταραχές. Αυτό οδηγεί πολλούς επικριτές και γιατρούς να είναι επιφυλακτικοί σχετικά με τη χρήση μελατονίνης κάθε βράδυ για υγιή παιδιά, καθώς οι μακροπρόθεσμες επιπτώσεις δεν έχουν διερευνηθεί διεξοδικά. Η συνθετική, συμπληρωματική μελατονίνη θεωρείται γενικά ασφαλής, ωστόσο θα πρέπει να χρησιμοποιείται μόνο σε περίπτωση περιστασιακής αϋπνίας τόσο σε παιδιά όσο και σε ενήλικες. Οι επαγγελματίες του ύπνου συχνά προτείνουν πιο απλές εναλλακτικές λύσεις πρώτα, όπως η μείωση της καφεΐνης, της τηλεόρασης και άλλων διεγερτικών δραστηριοτήτων μία ώρα πριν τον ύπνο.