Efectele secundare ale L-carnitinei sunt rare. Cu toate acestea, atunci când apar simptome, indivizii notează adesea disconfort stomacal și digestiv minor până la moderat, dureri de cap și iritații ale pielii. În unele cazuri, se resimt infecții ale vezicii urinare, tulburări de somn și un miros corporal neobișnuit.
Ca derivat al aminoacidului lizină, L-carnitina ajută la metabolizarea grăsimilor. Asistența pe care o oferă este vitală pentru o sănătate bună, deoarece furnizează acizi grași direct mitocondriilor celulare. Cu excepția cazului în care o persoană are deficiență în acest derivat de aminoacid, în general nu este nevoie să creșteți prezența acestuia în organism. Deși este ușor de accesat prin consumul de produse lactate și carne roșie, mulți oameni care evită aceste produse alimentare îl cumpără în schimb sub formă de supliment și sunt adesea curioși de eventualele efecte secundare cunoscute ale L-carnitinei.
Persoanele care suferă de hemodializă și pierderi de memorie legate de vârstă pot beneficia, de asemenea, de L-carnitină. Cercetătorii nu sunt totuși clari dacă suplimentarea acestui aminoacid va preveni de fapt astfel de pierderi. Întrucât tulburările de somn fiind unul dintre efectele secundare rare ale L-carnitinei, persoanele care o folosesc pentru a încetini pierderea memoriei îl consideră adesea mai puțin eficient.
Denumite uneori pur și simplu carnitină sau acetil L-carnitină, efectele secundare sunt foarte rar raportate la persoanele sănătoase. Puține, dacă există, efecte secundare sunt chiar observate la persoanele cu alte probleme de sănătate. De fapt, la unii pacienți cu HIV, se știe că medicamentele antivirale folosite pentru a trata infecțiile cu HIV cauzează de fapt o deficiență de L-carnitină. Efectele secundare ca acestea sunt de obicei tratate cu suplimente de carnitină, care ajută la restabilirea nivelurilor sănătoase ale acesteia în organism.
Chiar dacă majoritatea oamenilor nu se confruntă cu efecte secundare ale L-carnitinei, cei care se confruntă cu probleme raportează de obicei simptome și tulburări ușoare până la moderate, cum ar fi erupții cutanate, congestie nazală, greață, diaree și vărsături. Câțiva au raportat chiar prezența unui miros corporal deosebit, care poate rezulta din interacțiunile chimice cu suplimentul care au loc în organism. În timp ce mirosul corporal este unul dintre efectele secundare mai puțin frecvente ale L-carnitinei, cercetătorii au descoperit că poate fi evitat luând și suplimente de riboflavină.
Chiar și în absența oricăror efecte secundare fizice aparente de L-carnitină, medicii recomandă ca și persoanele care iau suplimente de carnitină să fie supuse în mod regulat examinări clinice. Acest lucru se datorează faptului că unele efecte secundare ale L-carnitinei sunt descoperite doar prin teste medicale. Cercetătorii care testează copiii cu tulburări de atenție au descoperit, de asemenea, că suplimentarea cu L-carnitină este oarecum eficientă, dar recomandă ca un astfel de tratament să fie administrat numai sub îngrijirea unui medic, astfel încât efectele secundare să poată fi monitorizate îndeaproape și tratate dacă apar.