Η αυτόματη συμπεριφορά εμφανίζεται όταν το σώμα φαινομενικά έχει το δικό του μυαλό. Σε τέτοιες περιπτώσεις, ένα άτομο εμπλέκεται σε συμπεριφορά που είναι εκτός ελέγχου του/της. Αυτή η συμπεριφορά μπορεί να περιλαμβάνει ακούσιες κινήσεις του σώματος ή απρόθυμες λεκτικές εκφράσεις. Αρκετές ιατρικές καταστάσεις εκδηλώνονται με αυτόματη συμπεριφορά, συμπεριλαμβανομένης της επιληψίας, της υπογλυκαιμίας και ορισμένων διαταραχών ύπνου.
Σε πολλές περιπτώσεις, η αυτόματη συμπεριφορά μπορεί να εμφανιστεί όταν το άτομο βρίσκεται σε αλλοιωμένη κατάσταση συνείδησης. Για παράδειγμα, άτομα με σοβαρή έλλειψη ύπνου έχει παρατηρηθεί ότι παρουσιάζουν αυτόματη συμπεριφορά όταν βρίσκονται σε ημι-συνειδητή κατάσταση. Οι αποδεδειγμένες ενέργειες μπορεί να περιλαμβάνουν υπνομιλία, υπνοβασία και, στις πιο ακραίες περιπτώσεις, ακόμη και επίδειξη βίαιης ή δολοφονικής συμπεριφοράς: ανθρωποκτονία υπνοβασία. Ορισμένα άτομα που κατηγορούνται για εγκλήματα έχουν χρησιμοποιήσει ακόμη και τον αυτοματισμό ως άμυνα, ισχυριζόμενοι ότι οι εγκληματικές ενέργειες δεν ήταν υπό συνειδητό έλεγχο. Η έλλειψη ανάκλησης μνήμης που βιώνουν τα άτομα μερικές φορές υποστηρίζει την ιδέα ότι η συμπεριφορά προέρχεται από ένα άλλο επίπεδο συνείδησης.
Άλλες διαταραχές μπορεί να έχουν στοιχεία αυτόματης συμπεριφοράς. Λόγω ελαττωματικών νευρικών συνδέσεων, οι επιληπτικοί μπορεί να εμφανίσουν επιληπτικές κρίσεις ή άλλες μορφές ανεξέλεγκτων κινήσεων όπως το μάσημα ή η κατάποση. Τα ακούσια τσιμπούρια του σώματος ή οι ανεπιθύμητες λεκτικές δηλώσεις χαρακτηρίζουν επίσης μια διαταραχή γνωστή ως σύνδρομο Tourette. Επιπλέον, ορισμένες μορφές σχιζοφρένειας περιλαμβάνουν κατατονικές καταστάσεις στις οποίες το επίπεδο κίνησης και επίγνωσης ενός ατόμου είναι σοβαρά περιορισμένο, και μια άλλη παρατεταμένη ψυχολογική κατάσταση αυτόματης συμπεριφοράς – η αποσυνδετική φούγκα – εμφανίζεται όταν ένα άτομο αναλαμβάνει ασυνείδητα μια άλλη ζωή και ταυτότητα για ένα χρονικό διάστημα. Επιπλέον, παραλήρημα μπορεί να εμφανιστεί όταν τα επίπεδα σακχάρου στο αίμα ενός ατόμου πέφτουν δραστικά, στέλνοντάς το σε ημι-κωματώδη κατάσταση.
Σε ένα πιο συμβατικό επίπεδο, ακόμη και οι αντανακλαστικές ενέργειες μπορεί να θεωρηθούν ως ένας τύπος αυτόματης συμπεριφοράς, καθώς διευκολύνονται ενστικτωδώς. Μια άλλη σχετικά ακίνδυνη αυτόματη μορφή συμπεριφοράς είναι η αυτόματη γραφή, μια ικανότητα που έχουν ορισμένα άτομα να χαρτογραφούν σωματικά τις υποσυνείδητες διαδικασίες σκέψης του εγκεφάλου τους μέσω αυτόματων κινήσεων του χεριού. Όσον αφορά τους επιβλαβείς τύπους αυτοματισμού, μπορεί να ελέγχονται κάπως μέσω φαρμακευτικής αγωγής όπως τα αντισπασμωδικά.
Οι αστοχίες στα νευρωνικά δίκτυα του εγκεφάλου μπορεί να υποστηρίξουν την αυτόματη συμπεριφορά. Οι μετρήσεις του ηλεκτροεγκεφαλογράμματος (EEG) ατόμων δείχνουν συνήθως ανωμαλίες στα μοτίβα των εγκεφαλικών κυμάτων. Σε ορισμένες περιπτώσεις, αυτές οι ανωμαλίες προκαλούνται όταν ένα άτομο μεταβαίνει ταχέως από μια κατάσταση βαθύ ύπνου ή απώλειας των αισθήσεων σε κατάσταση εγρήγορσης χωρίς να χαλαρώνει μέσω των μεσαίων καταστάσεων που είναι χαρακτηριστικές του ύπνου ταχείας κίνησης των ματιών (REM). Η διαταραχή ύπνου ναρκοληψία έχει το αντίθετο αποτέλεσμα, όπου ένα άτομο θα προχωρήσει γρήγορα από μια κατάσταση εγρήγορσης σε βαθύ ύπνο.