Η φαραωνική περιτομή είναι ένας από τους πιο σοβαρούς τύπους ακρωτηριασμού των γυναικείων γεννητικών οργάνων (FGM). Ο Παγκόσμιος Οργανισμός Υγείας (ΠΟΥ) έχει ταξινομήσει ως FGM τύπου III, αυτός ο τύπος κοπής περιλαμβάνει την αφαίρεση της κλειτορίδας και των μικρών χειλέων και τη δημιουργία μιας συμπαγούς σφράγισης κόβοντας τα μεγάλα χείλη και ράβοντάς τα μεταξύ τους. Αυτό δημιουργεί μια λεία κουκούλα για ολόκληρη την περιοχή του κόλπου και συνήθως αφήνει μόνο ένα μικρό άνοιγμα για την ούρηση και το αίμα της περιόδου. Στις περισσότερες χώρες, η φαραωνική περιτομή θεωρείται κατάχρηση ή βασανιστήριο και οι προσπάθειες να σταματήσει αυτή η πρακτική αποτελούν προτεραιότητα. Όπου αυτή η πρακτική είναι κοινή και αποδεκτή, τόσο οι γυναίκες όσο και οι άνδρες συχνά διαιωνίζουν την κακοποίηση νεαρών κοριτσιών.
Αυτός ο τελετουργικός ακρωτηριασμός είναι πιο διάσημος στη Βορειοανατολική Αφρική, αλλά μερικές φορές ασκείται και σε μέρη της Νοτιοανατολικής Ασίας και της Εγγύς Ανατολής. Δεδομένου του πόσο αμφιλεγόμενη έχει γίνει η φαραωνική περιτομή, είναι κάπως σπάνιο αυτό το είδος επέμβασης να γίνεται σε νοσοκομείο υπό αναισθησία ή με τη βοήθεια γιατρού. Τις περισσότερες φορές, αυτός ο τύπος ακρωτηριασμού συμβαίνει «στον θάμνο» χωρίς αναισθησία και εργαλεία που δεν έχουν απολυμανθεί.
Συνήθως, η φαραωνική περιτομή περιβάλλεται από τελετουργικό και η διαδικασία μπορεί να σηματοδοτήσει μια μετάβαση στην ενηλικίωση. Η πραγματική χειρουργική επέμβαση περιλαμβάνει γενικά τον ακρωτηριασμό της κλειτορίδας και των μικρών χειλέων και στη συνέχεια το ράψιμο των ακατέργαστων άκρων των μεγάλων χειλέων για να σχηματιστεί η χαρακτηριστική σφραγίδα με κουκούλα. Για να επουλωθεί μια τόσο σοβαρή πληγή, τα πόδια του κοριτσιού πρέπει συχνά να είναι δεμένα μεταξύ τους για αρκετές εβδομάδες. Η σεξουαλική επαφή είναι πολύ δύσκολη με μια τόσο μικρή τρύπα, επομένως ένας άντρας πρέπει συνήθως να ανοίξει τη γυναίκα του για να εισαγάγει το πέος του. Ο τοκετός γενικά περιλαμβάνει παρόμοια κοπή και μερικές φορές πρέπει να ανοίξει ολόκληρη η πληγή για να αποφευχθεί ο θάνατος του παιδιού.
Ενώ σίγουρα υπάρχουν επιχειρήματα που πρέπει να προβληθούν ότι ο σεβασμός των πρακτικών άλλων πολιτισμών είναι σημαντικός, η φαραωνική περιτομή συνήθως εξαιρείται από αυτήν την εκτίμηση. Παρόλο που υπάρχουν πολλοί πολιτιστικοί λόγοι που παρατηρείται αυτό το είδος τελετουργίας, είναι ευρέως αποδεκτό ότι ο ακρωτηριασμός των γυναικείων γεννητικών οργάνων είναι επικίνδυνος για τις γυναίκες και μπορεί να οδηγήσει σε μια ζωή πόνου και ταλαιπωρίας. Μερικές από τις πιο επιτυχημένες προσπάθειες για να σταματήσει η φαραωνική περιτομή και άλλες μορφές συστηματικής κακοποίησης γυναικών έχουν επικεντρωθεί στην «αγορά» νεαρών γυναικών από τις οικογένειές τους, έτσι ώστε να εκτονωθεί η πίεση για εύρεση συζύγων για αυτά τα κορίτσια. Πληρώνοντας γονείς για να μην ακρωτηριάζουν τις κόρες τους, οι φιλανθρωπικές οργανώσεις είναι συχνά σε θέση να σταματήσουν την κακοποίηση σε ολόκληρες κοινότητες, επειδή τα κορίτσια που δεν έχουν ακρωτηριαστεί συνήθως δεν διαιωνίζουν αυτή την πρακτική στα δικά τους παιδιά.