Η βιολογική βανίλια αναφέρεται συνήθως είτε σε κόκκους βανίλιας που καλλιεργούνται με βιολογικές μεθόδους είτε σε εκχύλισμα βανίλιας που παρασκευάζεται χρησιμοποιώντας τέτοιους κόκκους και διατηρώντας περαιτέρω βιολογικές οδηγίες. Ενώ μια εταιρεία μπορεί δυνητικά να ισχυριστεί ότι η βανίλια είναι βιολογικής καλλιέργειας, οι περισσότερες εταιρείες έχουν τη βανίλιά τους πιστοποιημένη ως βιολογική από μια κρατική υπηρεσία. Διαφορετικοί φορείς σε διαφορετικές χώρες χειρίζονται τέτοια πιστοποίηση. στις ΗΠΑ, ο Οργανισμός Τροφίμων και Φαρμάκων (FDA) συνήθως το χειρίζεται. Η βιολογική βανίλια πρέπει συνήθως να καλλιεργείται χωρίς τη χρήση μη οργανικών λιπασμάτων και η χρήση φυτοφαρμάκων και άλλων χημικών ουσιών συνήθως απαγορεύεται στην καλλιέργεια και την επεξεργασία αυτής της βανίλιας.
Όποιος ενδιαφέρεται να αγοράσει βιολογική βανίλια, είτε σε μορφή φασολιού είτε σε μορφή εκχυλίσματος, θα πρέπει να εξετάσει την πιστοποίηση οποιασδήποτε εταιρείας που πουλά τέτοια βανίλια. Τα φασόλια βανίλιας μπορούν να καλλιεργηθούν σε πολλές διαφορετικές χώρες σε διάφορα μέρη του κόσμου. μεγάλες εταιρείες που διανέμουν κόκκους ή εκχύλισμα βανίλιας συχνά λαμβάνουν βανίλια από πολλές μικρές φάρμες. Αυτό μπορεί να καταστήσει δύσκολο τον έλεγχο και την παρακολούθηση των μεθόδων καλλιέργειας και επεξεργασίας τέτοιων εκμεταλλεύσεων για πολλές εταιρείες. Δεδομένου ότι αυτές οι φάρμες βρίσκονται επίσης σε διαφορετικές χώρες, ορισμένες κυβερνητικές υπηρεσίες που επιβλέπουν την πιστοποίηση της βιολογικής βανίλιας ενδέχεται να μην υπάρχουν σε αυτές τις χώρες.
Αυτό σημαίνει ότι η σωστή εξέταση των γεωργικών πρακτικών για την πιστοποίηση της βιολογικής βανίλιας μπορεί να είναι αρκετά δύσκολη και γι’ αυτό θα πρέπει να ληφθεί μέριμνα από όποιον θέλει να αγοράσει τέτοια βανίλια. Οι περισσότερες εταιρείες παρέχουν πληροφορίες σχετικά με τον τρόπο με τον οποίο πιστοποιείται η βανίλια που πωλείται από αυτές, συμπεριλαμβανομένου του είδους της πιστοποίησης και του ονόματος του φορέα πιστοποίησης. Οι κρατικοί φορείς που πιστοποιούν τα βιολογικά τρόφιμα, όπως ο FDA, συχνά παρέχουν πληροφορίες σχετικά με τέτοιες διαδικασίες πιστοποίησης μέσω του Διαδικτύου ή επικοινωνώντας με τον οργανισμό. Αυτό επιτρέπει στους ανθρώπους να συγκρίνουν πιο εύκολα διαφορετικούς τύπους βιολογικής βανίλιας για να διασφαλίσουν ότι η βανίλια που αγοράζουν ανταποκρίνεται στις προσδοκίες τους.
Η βιολογική βανίλια συνήθως καλλιεργείται χρησιμοποιώντας μόνο βιολογικά προϊόντα και χωρίς την προσθήκη χημικών ή σκληρών φυτοφαρμάκων. Το λίπασμα μπορεί να μην χρησιμοποιείται καθόλου για την παραγωγή βιολογικών προϊόντων, αν και ορισμένοι καλλιεργητές μπορούν να χρησιμοποιούν μόνο φυσικά και βιολογικά λιπάσματα για να εξασφαλίσουν την υγιή διαχείριση της γης χωρίς την εισαγωγή δυνητικά επιβλαβών χημικών ουσιών. Τα φυτοφάρμακα αποτελούν συχνά κύρια πηγή διαμάχης μεταξύ καλλιεργητών και καταναλωτών, και οι περισσότεροι βιολογικοί καλλιεργητές δεν χρησιμοποιούν φυτοφάρμακα ή χρησιμοποιούν μόνο οργανικά φυτοφάρμακα που ξεπλένονται εύκολα από τα τρόφιμα. Οι οργανικοί κόκκοι βανίλιας στη συνέχεια ξηραίνονται και επεξεργάζονται χωρίς άλλα ανόργανα πρόσθετα και το εκχύλισμα βανίλιας που παρασκευάζεται βιολογικά χρησιμοποιεί μόνο οργανική αλκοόλη για την παραγωγή του εκχυλίσματος.