Τα κράκερ ολικής αλέσεως, σε αντίθεση με τα τυπικά λευκά κράκερ, παρασκευάζονται από αλεύρι που χρησιμοποιεί ολόκληρο το σιτάρι. Ως αποτέλεσμα, προσφέρουν περισσότερα θρεπτικά οφέλη από τα κράκερ που δεν παρασκευάζονται με δημητριακά ολικής αλέσεως. Αυτό κάνει πολλά άτομα να βλέπουν τα κράκερ ολικής αλέσεως ως μια πιο υγιεινή εναλλακτική. Πολλοί αρτοποιοί περιλαμβάνουν ακόμη και άλλα υγιεινά συστατικά στις συνταγές τους για να συνεισφέρουν πρόσθετη θρεπτική αξία στο έτοιμο κράκερ.
Όλα τα κράκερ ολικής αλέσεως ξεκινούν με αλεύρι ολικής αλέσεως. Αυτοί οι τύποι αλευριού παρασκευάζονται με άλεση του πίτουρου, του φύτρου και του ενδοσπερμίου του κόκκου. Άλλοι τύποι αλευριού χρησιμοποιούν μόνο το ενδοσπέρμιο.
Μεταξύ των τύπων αλευριού που χρησιμοποιούνται για κράκερ ολικής αλέσεως, το αλεύρι ολικής αλέσεως και το αλεύρι Graham είναι τα πιο συνηθισμένα. Και τα δύο έχουν χοντρή υφή και γίνονται με άλεσμα του σιταριού. Το αλεύρι Graham αλέθει τα στρώματα πίτουρου και φύτρων ξεχωριστά, ωστόσο, αλέθει το στρώμα πίτουρου σε χονδροειδή κομμάτια και το στρώμα φύτρου σε λεπτά κομμάτια. Το αλεύρι ολικής αλέσεως αλέθει ολόκληρο τον σπόρο αμέσως. Οι αρτοποιοί μπορούν να χρησιμοποιήσουν άλλα αλεύρια ολικής αλέσεως – όπως αλεύρι σίκαλης, αλεύρι όλυρας και αλεύρι σόγιας – αλλά αυτά εμφανίζονται λιγότερο συχνά σε συνταγές με κράκερ.
Πρόσθετα συστατικά που βρίσκονται συνήθως στα κράκερ ολικής αλέσεως περιλαμβάνουν αλάτι, λάδι και νερό. Το λάδι και το νερό παρέχουν αρκετή υγρασία για να σχηματιστεί μια επίπεδη ζύμη. Το αλάτι προσθέτει γεύση στα κράκερ. Μερικοί μάγειρες κυλούν τη ζύμη σε αλεύρι για όλες τις χρήσεις και μερικοί προσθέτουν ακόμη και μια μικρή ποσότητα αλευριού για όλες τις χρήσεις μαζί με το αλεύρι ολικής αλέσεως για να δώσουν μια πιο λεπτή υφή.
Ανάλογα με τις προσωπικές προτιμήσεις, οι αρτοποιοί προσθέτουν άλλα μπαχαρικά και συστατικά στις συνταγές τους που αλλοιώνουν περαιτέρω τη γεύση. Οι σπόροι, συμπεριλαμβανομένου του σουσαμιού, του κύμινο και των παπαρουνόσπορων, συμβάλλουν σε μια λεπτή γεύση και μια νέα διάσταση υφής. Τα μπαχαρικά, όπως η σκόνη σκόρδου και η σκόνη κρεμμυδιού, δημιουργούν ένα κράκερ με πιο αλμυρή γεύση. Το μέλι και η ζάχαρη προσθέτουν γλυκύτητα στο κράκερ. Τα αφυδατωμένα λαχανικά, ψητά και ψιλοκομμένα, προσθέτουν περισσότερες βιταμίνες και δημιουργούν ένα θρεπτικά ισορροπημένο κράκερ.
Στις περισσότερες συνταγές με κράκερ, ο αρτοποιός αναμειγνύει πρώτα τα ξηρά συστατικά μεταξύ τους. Αυτός ή αυτή προσθέτει το λάδι μέχρι να ενωθεί με τα ξηρά συστατικά, στη συνέχεια προσθέτει αργά το νερό μέχρι να σχηματιστεί μια ζύμη. Ο μάγειρας πρέπει να ζυμώσει και να ανοίξει τη ζύμη πριν την κόψει στα σχήματα που επιθυμεί για τα κράκερ. Αυτά τα κομμένα κομμάτια ζύμης ψήνονται μέχρι να γίνουν τραγανά και να ροδίσουν.
Τα κράκερ ολικής αλέσεως έχουν μεγαλύτερη θρεπτική αξία από άλλα είδη κράκερ. Το εξευγενισμένο αλεύρι χρησιμοποιεί μόνο το ενδοσπέρμιο, το οποίο περιέχει την πλειονότητα των υδατανθράκων, πρωτεϊνών, βιταμινών και μετάλλων του πυρήνα. Ωστόσο, το μικρόβιο περιέχει επιπλέον βιταμίνες, πρωτεΐνες, μέταλλα και υγιή λίπη και το πίτουρο περιέχει βιταμίνες, φυτικές ίνες και αντιοξειδωτικά. Ενώ τα κράκερ που παρασκευάζονται με ραφιναρισμένο αλεύρι εξακολουθούν να έχουν θρεπτική αξία, τα κράκερ που παρασκευάζονται από δημητριακά ολικής αλέσεως έχουν πιο ολοκληρωμένο διατροφικό προφίλ.