Τα μάφιν πρωτεΐνης διαφέρουν από άλλα μάφιν μόνο στο ότι περιέχουν υψηλές ποσότητες πρωτεΐνης. Γενικά, τα μάφιν περιέχουν περισσότερους υδατάνθρακες από οτιδήποτε άλλο, αλλά η πρωτεΐνη υπερτερεί των υδατανθράκων – και μερικές φορές των φυτικών ινών – σε ένα μάφιν πρωτεΐνης. Οι αρωματισμένες σκόνες πρωτεΐνης ορού γάλακτος συνήθως παρέχουν την επιπλέον πρωτεΐνη και μέρος της γεύσης που υπάρχει σε αυτά τα αρτοσκευάσματα, αλλά μπορεί επίσης να προέρχεται από ενισχυμένα ποτά και ξηρούς καρπούς. Οι αθλητές και όσοι αναζητούν ένα γρήγορο, υγιεινό πρωινό καταναλώνουν συχνά μάφιν πρωτεΐνης. Τα επιπλέον θρεπτικά συστατικά μπορεί να παρέχουν τα καύσιμα που είναι απαραίτητα για μεγάλες προπονήσεις ή για να κρατούν τους ανθρώπους χορτάτους μέχρι το μεσημέρι.
Οι σκόνες πρωτεΐνης που χρησιμοποιούνται συνήθως για να δώσουν στα πρωτεϊνικά μάφιν τα επιπλέον θρεπτικά συστατικά τους διατίθενται σε μια πολύ μεγάλη ποικιλία γεύσεων. Η σοκολάτα και η βανίλια είναι γενικά από τα πιο δημοφιλή, αν και το πορτοκάλι και η φράουλα είναι επίσης διαθέσιμα σε ορισμένα παντοπωλεία. Τα ηλεκτρονικά καταστήματα που πωλούν συμπληρώματα διατροφής και τρόφιμα που ενισχύουν τους μυς συχνά πωλούν μεγαλύτερη ποικιλία γεύσεων πρωτεΐνης σε σκόνη από τα παντοπωλεία. Όσοι ενδιαφέρονται να φτιάχνουν μάφιν πρωτεΐνης σε πολλές διαφορετικές γεύσεις, μπορεί να θέλουν να έχουν μια ποικιλία σκονών για αυτό το σκοπό.
Οι περισσότερες συνταγές για μάφιν μπορούν να γεμίσουν πρωτεΐνες με την απλή προσθήκη μιας μεζούρας ή δύο σκόνης πρωτεΐνης. Συνήθως δεν χρειάζεται να γίνουν άλλες προσαρμογές στη συνταγή γιατί η επιπλέον σκόνη είναι σχετικά ελαφριά και αναμειγνύεται καλά με τα περισσότερα αλεύρια. Ορισμένες συνταγές μπορεί να απαιτούν λίγο περισσότερο υγρό για να μην γίνουν ξηρές και εύθρυπτες.
Ένας άλλος τρόπος για να προσθέσετε περισσότερη πρωτεΐνη στα μάφιν είναι να χρησιμοποιήσετε ποτά εμπλουτισμένα με πρωτεΐνες. Τα εμπλουτισμένα γάλατα, ο εμπλουτισμένος χυμός πορτοκαλιού και τα σέικ πρωτεΐνης όχι μόνο προσθέτουν θρεπτικά συστατικά στα μάφιν, αλλά προσφέρουν γεύση. Τα γάλατα ξηρών καρπών και βρώμης περιέχουν συχνά περισσότερη πρωτεΐνη από το συνηθισμένο γαλακτοκομικό γάλα, αν και ορισμένοι μάγειρες μπορεί να βρουν γάλα αγελάδας εμπλουτισμένο με επιπλέον πρωτεΐνη. Ο χυμός πορτοκαλιού συχνά έχει θρεπτικά συστατικά που του προστίθενται και μπορεί να αποτελέσει μια νόστιμη προσθήκη σε φράουλα, μπανάνα και άλλα μάφιν φρούτων. Τα σέικ πρωτεΐνης είναι συχνά γλυκά και σοκολατένια, καθιστώντας τα νόστιμα σε καπουτσίνο ή μάφιν σοκολάτας.
Οι ξηροί καρποί και οι σπόροι μπορούν επίσης να δώσουν στα μάφιν μια επιπλέον πρωτεΐνη. Πλούσια σε θρεπτικά συστατικά για τη δημιουργία μυών και καλά λιπαρά, τα καρύδια, τα φιστίκια Αιγίνης, τα καρύδια macadamia, τα φιστίκια και τα αμύγδαλα είναι συνήθως νόστιμα σε μάφιν πρωτεΐνης. Εκείνοι που αντιπαθούν ή είναι αλλεργικοί στους ξηρούς καρπούς μπορεί να είναι σε θέση να τους αντικαταστήσουν με σπόρους κολοκύθας, ηλίανθου ή παπαρούνας. Οποιοδήποτε από αυτά τα συστατικά μπορεί να προσθέσει τραγανότητα και γεύση στα μάφιν πρωτεΐνης.
Ένα τελευταίο πιθανό συστατικό στα πρωτεϊνικά μάφιν είναι το πλιγούρι βρώμης. Αυτό το δημητριακό περιέχει συνήθως περισσότερη πρωτεΐνη από το εμπλουτισμένο λευκό αλεύρι ή αλεύρι σίτου και δίνει στα αρτοσκευάσματα μια πυκνή, λαστιχωτή υφή που μπορεί να απολαύσουν ορισμένοι αρτοποιοί. Απλά αντικαθιστώντας μια μεζούρα ή δύο αλεύρι με πλιγούρι βρώμης δεν προσθέτει μόνο πρωτεΐνη, αλλά και φυτικές ίνες και γεύση.