Τα θέματα του Σαιξπηρικού σονέτου εξερευνούν τις ιδέες της αγάπης, της γήρανσης, της ομορφιάς, του χρόνου, της λαγνείας, των πρακτικών υποχρεώσεων και των συναισθημάτων ανικανότητας. Αυτά τα θέματα προκύπτουν από τις περιγραφές του Σαίξπηρ για τις σχέσεις μεταξύ των χαρακτήρων του. Είναι επίσης εμφανείς στη χρήση της αφηγηματικής γλώσσας και στις εξηγήσεις των εσωτερικών συναισθημάτων του ομιλητή. Πρόσθετα θέματα του Σαιξπηρικού σονέτου περιλαμβάνουν την πάλη μεταξύ αυτού που η συλλογική κοινωνία είναι διατεθειμένη να δεχτεί και των επιθυμιών ενός ατόμου.
Μέσα στην ποίηση του Σαίξπηρ βρίσκεται η ιδέα ότι η ομορφιά εξαφανίζεται με τον καιρό, κάνοντας ένα άτομο λιγότερο επιθυμητό και κάπως καταθλιπτικό για την ίδια του την ύπαρξη. Η ιδέα πίσω από ένα από τα πιο παραγωγικά θέματα του Σαιξπηρικού σονέτου είναι ότι τα παιδιά πρέπει να γεννιούνται για να διατηρήσουν την ομορφιά. Δεδομένου ότι η ικανότητα να διατηρείτε μια ιδανική σωματική διάπλαση και ένα σύνολο ελκυστικών εμφανίσεων είναι αδύνατη, η μόνη ελπίδα είναι να δημιουργήσετε την επόμενη γενιά που θα κληρονομήσει αυτά τα χαρακτηριστικά. Ο χρόνος θεωρείται εχθρός της ζωτικότητας, της αξίας και της φυσικής ταυτότητας.
Ένα άλλο από τα θέματα του Σαιξπηρικού σονέτου εστιάζει στην ιδέα της σύγκρουσης μεταξύ της πραγματικής αγάπης και της απλής σεξουαλικής επιθυμίας. Κατά την άποψη του ποιητή, συχνά υπάρχει σύγχυση ανάμεσα στο ποιο είναι το ποιο. Ο πόθος μπορεί να μεταμφιεστεί σε αγάπη και τον μπερδεύουν εύκολα. Υπάρχει ένας πειρασμός να επιδιώξουμε αυτό που είναι οπτικά δελεαστικό, αντί να αφιερώνουμε χρόνο για να ανακαλύψουμε το γνήσιο συναίσθημα.
Ο Σαίξπηρ διερευνά επίσης την ιδέα ότι η αγάπη ή τα συναισθήματα αγάπης μπορεί να είναι επιβλαβή. Στη γλώσσα της ποίησής του, ο συγγραφέας περιγράφει τις συναισθηματικές και σωματικές επιπτώσεις της εμπλοκής σε ρομαντικές σχέσεις. Η ασθένεια είναι μια από τις συνέπειες, εκτός από τα αρνητικά συναισθήματα απομόνωσης που εμφανίζονται κατά τον χωρισμό. Υπάρχει επίσης ο κίνδυνος ευαλωτότητας όταν είστε σε μια ρομαντική σχέση, καθώς οι ζωές, οι αποφάσεις και οι αντιλήψεις των ατόμων εξαρτώνται η μία από την άλλη.
Μέσα στα θέματα του Σαιξπηρικού σονέτου είναι η χρήση συμβόλων. Μερικά από αυτά περιλαμβάνουν αστέρια, δέντρα, λουλούδια και καιρό. Για παράδειγμα, το επαναλαμβανόμενο σύμβολο του καιρού και των εποχών χρησιμοποιείται για να επικοινωνήσει την ταραχώδη φύση πίσω από την ανθρώπινη αίσθηση. Οι σχέσεις συχνά περνούν από τον ίδιο τύπο κύκλων που κάνουν τα καιρικά μοτίβα, κάτι που ο Σαίξπηρ δείχνει ξεκάθαρα στη γλώσσα ορισμένων στίχων του.
Το σύμβολο των αστεριών χρησιμοποιείται από τον συγγραφέα για να επικοινωνήσει την ιδέα του πεπρωμένου. Αντί να αποδεχτεί την ιδέα ότι το πεπρωμένο είναι προκαθορισμένο, ο Σαίξπηρ διερευνά την ιδέα της ικανότητας ενός ατόμου να δημιουργήσει τη μοίρα του. Τα λουλούδια και τα δέντρα αντιπροσωπεύουν τη λεπτή φύση της ζωής και της ομορφιάς. Κατά κάποιο τρόπο, η κατοχή ομορφιάς υποχρεώνει ένα άτομο να κάνει παιδιά και να εξασφαλίσει ένα πιο ευνοϊκό σύνολο συνθηκών για τις μελλοντικές γενιές.