Gruczoły zewnątrzwydzielnicze i dokrewne, choć pod pewnymi względami podobne, pełnią w organizmie różne funkcje. Gruczoły zewnątrzwydzielnicze wydzielają śluz lub białko na zewnątrz ciała, podczas gdy gruczoły dokrewne wydzielają hormony do krwi. Różne substancje wytwarzane przez gruczoły zewnątrzwydzielnicze są często używane do smarowania różnych układów, usuwania z organizmu szkodliwych mikroorganizmów lub regulowania temperatury ciała. Z drugiej strony wydzieliny endokrynologiczne są zwykle wykorzystywane w złożonym systemie komunikacji organizmu i mogą powodować różne zmiany w chemii ciała. Chociaż gruczoły dokrewne i dokrewne są wykorzystywane w różnych procesach organizmu, tylko gruczoły dokrewne są w stanie komunikować się z odległymi układami w ciele.
Jedną z głównych różnic między gruczołami zewnątrzwydzielniczymi i dokrewnymi jest ich lokalizacja w ciele. W większości gruczoły zewnątrzwydzielnicze znajdują się w pobliżu powierzchni skóry lub w jamach ciała, które prowadzą na zewnątrz ciała, takich jak oczy, nos, usta lub narządy płciowe. W układzie pokarmowym znajdują się również gruczoły zewnątrzwydzielnicze, które można znaleźć na całej jego długości. Z drugiej strony gruczoły dokrewne często znajdują się głęboko w ciele. Nadnercza znajdujące się w górnej części nerek i przysadka mózgowa to dwa z bardziej znanych gruczołów układu hormonalnego.
Kolejną różnicą między gruczołami zewnątrzwydzielniczymi i dokrewnymi jest ich przeznaczenie. Wiele gruczołów zewnątrzwydzielniczych wytwarza śluz, śluzowatą substancję składającą się z glikoprotein i wody, która służy do smarowania narządów, takich jak oczy i przełyk, oraz wychwytywania szkodliwych substancji próbujących dostać się do organizmu przez błony śluzowe. Niektóre z tych gruczołów wydzielają białka, które mogą wspomagać trawienie. Gruczoły zewnątrzwydzielnicze znajdujące się na powierzchni skóry wydzielają pot, substancję, która służy do schładzania organizmu, gdy temperatura wewnętrzna staje się zbyt wysoka.
Gruczoły dokrewne wydzielają hormony, które kontrolują wiele procesów w organizmie. Przysadka jest odpowiedzialna za wzrost i dojrzałość płciową oraz szereg innych procesów. Kiedy osoba znajduje się w niebezpiecznej sytuacji, wydzieliny z nadnerczy instruują serce, by bić szybciej, a ciśnienie krwi wzrosło, przygotowując się do walki lub ucieczki przed niebezpieczeństwem. Te i inne gruczoły w układzie hormonalnym uwalniają hormony do krwiobiegu, wysyłając wiadomości, które można odbierać w całym ciele.