Ekonomia heterodoksyjna obejmuje metody i teorie spoza głównego nurtu ekonomii. Jest to pojęcie zbiorcze, które łączy różne szkoły myśli ekonomicznej, z których wiele niewiele się ze sobą zgadza. Jednak jednym z powszechnych zarzutów jest to, że neoklasyczna synteza – połączenie poprzednich teorii ekonomicznych – jest z natury niedokładna. Inną heterodoksyjną krytyką jest metodologia stosowana przez innych ekonomistów. Wielu heterodoksyjnych ekonomistów odrzuca teorię racjonalnych wyborów, założenie, że indywidualne wybory będą odzwierciedlać racjonalne decyzje.
Termin heterodoks łączy hetero „inne” i –doksa z ortodoksyjnych. Dosłownie ekonomia heterodoksyjna oznacza „różną od ekonomii ortodoksyjnej”. Ekonomiści heterodoksyjni nie zgadzają się z jednym lub kilkoma głównymi lokatorami myśli ekonomicznej głównego nurtu.
Ekonomia głównego nurtu, ekonomia akceptowana przez większość ekonomistów, jest połączeniem wcześniejszych teorii ekonomicznych. Ekonomia neoklasyczna koncentruje się na wolnych rynkach, które osiągną wydajność poprzez podaż i popyt. Ekonomia keynesowska, nazwana na cześć brytyjskiego ekonomisty Johna Maynarda Keynesa, utrzymuje, że znaczna interwencja rządu jest konieczna dla efektywności ekonomicznej. Współczesna ekonomia głównego nurtu to w dużej mierze połączenie elementów tych dwóch teorii.
Mieszankę ekonomii neoklasycznej i keynesowskiej nazwano syntezą neoklasyczną. W szczególności teorie neoklasyczne są stosowane głównie w mikroekonomii, badaniu indywidualnych decyzji w gospodarce. Z drugiej strony, ekonomia keynesowska jest najczęściej stosowana do makroekonomii, badania gospodarki jako całości. Wielu teoretyków w szkole ekonomii heterodoksyjnej odrzuca niektóre lub wszystkie syntezy neoklasyczne. Twierdzą, że nakłada to ograniczenia na pełniejsze zrozumienie działalności gospodarczej.
Wielu heterodoksyjnych ekonomistów krytykuje metodologię ekonomii głównego nurtu. Kwestią sporną może być definicja i zakres samej ekonomii. Ekonomia jest z natury trudna do wyznaczenia granicy, ponieważ jest tak powiązana z innymi zjawiskami psychologicznymi i społecznymi. Innym powszechnym tematem w ekonomii heterodoksyjnej jest granica między podejściem eksperymentalnym a teoretycznym. Innymi słowy, ekonomiści nie zgadzają się co do tego, jakie założenia dotyczące indywidualnego zachowania można przyjąć bez wcześniejszego zebrania dowodów potwierdzających.
W rzeczywistości ekonomia głównego nurtu generalnie zakłada, że ludzie będą zachowywać się jak racjonalni agenci. Oznacza to, że będą działać w sposób maksymalizujący ich stan materialny i dobrobyt. Kwestią sporną jest jednak to, jak zdefiniować termin taki jak „dobrostan” i czy ludzie faktycznie działają przez cały czas w pozornie racjonalny sposób. Niektóre szkoły ekonomii heterodoksyjnej kwestionują założenie, że ludzie podejmują generalnie racjonalne decyzje. Wręcz przeciwnie, wybory ludzi są często zmieniane przez ograniczone informacje, tak aby skłonić ich do działania w pozornie irracjonalny sposób.