Για να λειτουργήσει η επεξεργασία επιταγών, συνήθως πραγματοποιούνται πολλές ξεχωριστές συναλλαγές. Το πρώτο βήμα στη διαδικασία έρχεται όταν μια επιταγή έχει εγκριθεί από το πρόσωπο ή την οντότητα που αναφέρεται στον λογαριασμό ελέγχου. Η τράπεζα που διαχειρίζεται τον λογαριασμό όψεως συνήθως επιβεβαιώνει τον αριθμό τραπεζικής δρομολόγησης της επιταγής, τον αριθμό λογαριασμού ελέγχου και το ποσό της επιταγής που παρέχεται από το πρόσωπο ή την οντότητα. Μετά την επαλήθευση επιταγής, μια εταιρεία διεκπεραίωσης πληρωμών προωθεί τα χρήματα στον επαγγελματικό λογαριασμό του εμπόρου. Ενώ ορισμένοι έμποροι έχουν τα δικά τους συστήματα επεξεργασίας επιταγών, ορισμένοι αποφασίζουν να χρησιμοποιήσουν ένα σύστημα τρίτων για να διευκολύνουν τη συναλλαγή από την αρχή μέχρι το τέλος.
Συνήθως, ένα άτομο ή μια οντότητα πραγματοποιεί μια πληρωμή με έναν από τους τρεις τρόπους με επιταγή. Όταν μια συναλλαγή πραγματοποιείται αυτοπροσώπως, ο πελάτης χρησιμοποιεί μια έντυπη επιταγή που επεξεργάζεται ο υπάλληλος του καταστήματος επί τόπου. Σε ορισμένες περιπτώσεις, οι πελάτες επιλέγουν να στέλνουν πληρωμές με επιταγή μέσω ταχυδρομείου, με τη διαδικασία συναλλαγής να λειτουργεί με τον ίδιο τρόπο σαν να λαμβάνονταν η πληρωμή αυτοπροσώπως. Ένας άλλος τρόπος πληρωμής για μια συναλλαγή με επιταγή είναι μέσω μιας ηλεκτρονικής συναλλαγής όπου το ποσό αγοράς συντάσσεται από τον λογαριασμό με βάση τη δρομολόγηση και τον έλεγχο αριθμών λογαριασμού.
Η διαδικασία είναι σχεδόν η ίδια είτε η πληρωμή με επιταγή γίνεται αυτοπροσώπως, μέσω ταχυδρομείου ή διαδικτυακά. Ο αριθμός δρομολόγησης της τράπεζας, ο αριθμός λογαριασμού ελέγχου και το ποσό αγοράς περνούν μέσω ηλεκτρονικού συστήματος. Η συναλλαγή πληρωμής συνήθως αναρτάται στην τραπεζική κίνηση του πελάτη με τον αριθμό επιταγής ή έναν κωδικό αναγνώρισης που υποδηλώνει ότι η πληρωμή μέσω ηλεκτρονικής επιταγής υποβλήθηκε σε επεξεργασία.
Ο χρόνος που χρειάζεται για να λειτουργήσει η επεξεργασία των επιταγών μπορεί να ποικίλλει ανάλογα με μεταβλητές όπως ο έμπορος, το τραπεζικό ίδρυμα και η πολυπλοκότητα της συναλλαγής διεκπεραίωσης. Η συναλλαγή επεξεργασίας επιταγών συνήθως ολοκληρώνεται στον λογαριασμό ενός πελάτη εντός μίας έως τριών ημερών. Ωστόσο, αυτή η διαδικασία μπορεί να διαρκέσει περισσότερο μεταξύ του εμπόρου και του συστήματος τρίτου μέρους.
Η διαδικασία διεκπεραίωσης των επιταγών εξαρτάται συνήθως από την πολυπλοκότητα του συστήματος διεκπεραίωσης επιταγών. Μερικές φορές, το ποσό πληρωμής επεξεργάζεται άμεσα. Σε άλλες περιπτώσεις, η εταιρεία επεξεργασίας μπορεί να δεσμεύσει τα κεφάλαια μέχρι να ολοκληρωθεί η συναλλαγή πληρωμής. Για άλλα συστήματα που ούτε επεξεργάζονται τη συναλλαγή άμεσα ούτε δεσμεύουν χρήματα, η διαδικασία μπορεί να διαρκέσει έως και τρεις ημέρες για να ολοκληρωθεί.
Η τράπεζα μπορεί είτε να εξουσιοδοτήσει είτε να αρνηθεί την πληρωμή. Αυτό θα μπορούσε να εξαρτηθεί από τις οικονομικές συμφωνίες μεταξύ της τράπεζας και του πελάτη. Όταν ο πελάτης και η τράπεζα δεν έχουν προκαθορισμένη συμφωνία για την κάλυψη των πληρωμών, τα ανεπαρκή κεφάλαια ενδέχεται να οδηγήσουν σε χρέωση έναντι του εμπόρου. Συνήθως, η εταιρεία διεκπεραίωσης πληρωμών χρεώνει στον έμπορο μια αμοιβή για το επιστρεφόμενο αντικείμενο.
Ορισμένοι πελάτες ενδέχεται να έχουν προστασία υπερανάληψης, η οποία εξουσιοδοτεί την τράπεζα να εγκρίνει μια πληρωμή, αν και ο λογαριασμός δεν έχει επαρκή κεφάλαια. Γενικά, μεταφέρονται χρήματα από ξεχωριστό λογαριασμό για την κάλυψη του ποσού, μαζί με πρόσθετες χρεώσεις διεκπεραίωσης. Η μέθοδος επεξεργασίας επιταγών συνήθως δεν θα αλλάξει από την οπτική γωνία του συστήματος τρίτων.