Przesunięcie antygenowe jest jedną z metod stosowanych przez niektóre wirusy do ewolucji i umykania uwagi układu odpornościowego organizmu. Przesunięcie antygenowe ma miejsce, gdy nowy gatunek gospodarza zostaje wystawiony na działanie szczepu wirusa, którego wcześniej nie widział, poprzez przenoszenie się z gatunku na gatunek oraz poprzez przearanżowanie materiału genetycznego. Układ odpornościowy nowego gospodarza nie rozpoznaje wirusa skutecznie, ponieważ antygeny obecne na wirusie różnią się od poprzednich szczepów wirusa, na które narażony był gospodarz. Proces ten jest najbardziej badany w przypadku grypy i jest ważnym czynnikiem w ewolucji nowych podtypów grypy epidemicznej.
Przesunięcie antygenowe można opisać na trzy sposoby. Dwa wirusy infekujące tę samą komórkę mogą wytwarzać segmenty genów, które mieszają się, tworząc nowy szczep wirusa. Wirus krążący w określonym gatunku może przeskoczyć bezpośrednio na nowego żywiciela zwierzęcego. Alternatywnie, wirus ptasi, na przykład, może przeskoczyć na żywiciela świni, a następnie na żywiciela ludzkiego.
Wirus grypy ma trzy typy, A, B i C. Spośród tych typów tylko grypa A powoduje ciężką chorobę poprzez infekcje na całym świecie. Grypa A ma dwa zestawy głównych antygenów, neuraminidazę (N) i hemaglutyninę (H), na zewnątrz otoczki wirusa. Są to antygeny, które układ odpornościowy rozpoznaje i wykorzystuje do namierzania wirusa w celu zniszczenia. Wirusowa sztuka przesunięcia antygenowego oznacza, że wirus może przełączać się wokół tych antygenów podczas replikacji, tworząc nowy wirus, którego układ odpornościowy początkowo nie rozpoznaje.
Na przykład pandemia grypy H2009N1 w 1 r. została spowodowana przez podtyp wirusa z antygenami H1 i N1. Uważa się, że prawdopodobnie ten wirus grypy pochodzi z genetycznego przearanżowania dwóch różnych wirusów świńskiej grypy w komórce świni. Amerykańskie Centrum Kontroli i Zapobiegania Chorobom stwierdziło, że ta nowa grypa ma również geny ze szczepów ptasiej i ludzkiej grypy, ale geny te prawdopodobnie krążyły u świń przez dziesięciolecia przed pandemią w wyniku wcześniejszej zmiany antygenowej. Po zmianie antygenowej u świni poprzez reasortyment genetyczny, wirus przeskoczył, by zarazić ludzi.
Procesu przesunięcia antygenowego nie należy mylić z inną metodą stosowaną przez wirusy do zmiany antygenów, zwaną dryfem antygenowym. Dryf antygenowy to stopniowa mutacja genów grypy, która nieznacznie zmienia produkt genów. Dryf antygenowy powoduje niewielkie różnice w cząsteczkach wirusa, które mogą również skłonić układ odpornościowy do nieefektywnego rozpoznawania wirusa.