Przy wyborze sera fontina klient powinien zwrócić uwagę na wszystkie walory sera. Ser należy zbadać wizualnie, aby upewnić się, że ma jednolity kolor i nie ma pleśni. Obchodzenie się z serem może pomóc w ustaleniu, czy dojrzewa on równomiernie. Jeśli to możliwe, ser powinien być również powąchany i skosztowany przed zakupem, ponieważ jakość sera fontina zależy głównie od jego smaku.
Kupujący powinien sprawdzić wygląd sera przed jego zakupem. Ser Fontina ma zazwyczaj kolor jasnożółty lub kremowy w środku, z bardziej wyraźnym żółtym odcieniem w kierunku skórki, która jest zwykle średni odcień pomarańczowo-brązowy. Na serze nie powinno być żadnych niebieskich ani zielonych plam, które wskazywałyby na pleśń. Małe dziury w serze można zignorować, ponieważ zwykle tworzą się one, gdy pęcherzyki powietrza zostają uwięzione w fermentującym serze.
Tekstura jest kolejnym ważnym czynnikiem przy wyborze sera fontina. W swojej najdelikatniejszej postaci fontina powinna ustępować po ściśnięciu, ale nie powinna być tak miękka, aby się rozpadała. W swoim najtwardszym stanie fontina będzie sztywna w dotyku, choć zwykle nie tak twarda jak suszony jack czy parmezan. Konsystencja całego sera powinna być podobna, bez miękkich lub twardych plam.
Przy wyborze sera należy również wziąć pod uwagę zapach sera. Ogólnie rzecz biorąc, młody ser fontina, który jest nadal miękki, ma łagodny zapach, ale nie powinien być zbyt ostry. Starszy ser może mieć wyraźny zapach. Ser Fontina dojrzeje, jeśli zostanie pozostawiony w temperaturze pokojowej, powodując zwiększenie intensywności zapachu.
Wreszcie najważniejszym czynnikiem przy wyborze sera fontina jest smak sera. Jeśli to możliwe, próbkę sera należy pobrać przed zakupem, co jest powszechną praktyką w butikach z serami, a nawet w niektórych nowoczesnych sklepach spożywczych. Młodszy ser jest lekki i kremowy, ale postarzana fontina ma bardziej orzechowy, bardziej złożony smak. Degustując najpierw ser, klient ma pewność, że kupuje ser, który będzie mu sprawiał przyjemność. Osoba powinna wybrać ser fontina, który będzie miał taki rodzaj smaku, który najlepiej uzupełni jego pożądane zastosowanie.