Bakterie Salmonella to grupa drobnoustrojów, które mogą powodować poważne zatrucia pokarmowe. Są zabijane przez ciepło, więc są bardziej niebezpieczne w surowej żywności. Chrupiące kiełki fasoli, kiełki lucerny lub jakakolwiek inna forma kiełków mogą być powszechnie podawane na surowo zamiast ugotowane. Kiełki i salmonella są związane z takimi problemami, jak obornik z zakażonych zwierząt na uprawach lub ze skażonych maszyn używanych do przetwarzania upraw.
Kiełki i salmonella są blisko spokrewnione w wielu krajach na całym świecie, wszędzie tam, gdzie kiełki dowolnej rośliny są spożywane na surowo. Przykłady kiełków, które zostały powiązane z zatruciem pokarmowym salmonellą, obejmują kiełki lucerny, fasoli mung i rzodkiewki. Te młode rośliny są hodowane z nasion w kiełkujących gospodarstwach.
W wielu przypadkach same nasiona są skażone bakteriami salmonelli. Nasiona te mogły zostać skażone odchodami zwierząt lub ptaków. Maszyny rolnicze przetwarzające nasiona również mogą być skażone. Obornik używany do nawożenia upraw lub woda do nawadniania zawierająca bakterie może również osadzać salmonellę na nasionach.
Procesy, które zabijają wszelkie zanieczyszczenia nasion, są dostępne dla hodowców kiełków, ale mogą być niewspółmiernie drogie dla małych gospodarstw zajmujących się kiełkowaniem. Techniki te obejmują kąpiele nasion w roztworze podchlorynu wapnia lub naświetlanie nasion. Gospodarstwa ekologiczne mogą również odrzucić techniki jako sprzeczne z etosem ekologicznym.
Gospodarstwa kiełkujące zazwyczaj hodują nasiona w pomieszczeniach zamkniętych, które są utrzymywane w ciepłych temperaturach i dużej wilgotności. Warunki te są bardzo korzystne dla rozwoju kiełków i bakterii salmonelli. Salmonella zaraża ludzi i inne zwierzęta, dlatego woli rosnąć w temperaturze ciała iw warunkach wysokiej dostępności wody, takich jak występują w ludzkim ciele. Nawet jeśli nasiona początkowo mają niewielkie zanieczyszczenie bakteriami, mogą one rosnąć i rozmnażać się do niebezpiecznych poziomów podczas procesu kiełkowania.
Amerykańska Agencja ds. Żywności i Leków zaleca niektórym grupom ludzi unikanie jedzenia surowych kiełków ze względu na ryzyko infekcji. Podatne osoby to osoby starsze, kobiety w ciąży, dzieci oraz osoby z problemami z układem odpornościowym. Gotowanie kiełków jest jedynym ostatecznym sposobem na wyeliminowanie ryzyka infekcji, chociaż niektórzy ludzie mogą nadal wolą jeść surowe lub lekko ugotowane kiełki, aby uzyskać chrupiącą konsystencję.
Oprócz związku między kiełkami a salmonellą, surowe kiełki mogą również zawierać potencjalne zatrucia pokarmowe bakterii E. coli i Listeria monocytogenes. Chociaż kiełki są jednym z potencjalnych źródeł zatruć pokarmowych, nie są jedynym źródłem. Potencjalnym źródłem choroby jest każda żywność, która może wejść w kontakt ze skażonymi odchodami, np. obornikiem, a następnie nie zostanie poddana obróbce cieplnej.