Na poziom homocysteiny w organizmie może wpływać wiele różnych czynników, co może być bardzo ważne, ponieważ wiadomo, że podwyższony poziom wiąże się ze zwiększonym ryzykiem powstawania zakrzepów krwi, zawałów serca i udarów. Niektóre zaburzenia genetyczne mogą powodować problemy z rozkładem homocysteiny, powodując wzrost poziomu. Osoby, które nie otrzymują wystarczającej ilości niektórych witamin z grupy B, mogą również mieć podwyższony poziom. Kilka schorzeń, w tym choroby tarczycy i nerek, może wpływać na ilość aminokwasu, podobnie jak niektóre rodzaje leków. U kobiet wiek jest często czynnikiem, przede wszystkim dlatego, że zmieniający się poziom hormonów może powodować zmiany w poziomie homocysteiny.
Osoby z zaburzeniami genetycznymi, które powodują nieprawidłowe działanie lub brak cząsteczek mediatorowych, które pomagają rozkładać homocysteinę, zazwyczaj mają podwyższony poziom. Homocystynuria, poważna choroba zwykle diagnozowana w dzieciństwie, w której cząsteczki mediatorowe nie są obecne, powoduje niezliczone problemy związane z niezwykle wysokim poziomem homocysteiny we krwi. Łagodniejszym stanem jest hiperhomocysteinemia, w której cząsteczki mediatorowe są obecne, ale nie działają na optymalnym poziomie.
Witaminy z grupy B odgrywają również ważną rolę w poziomie homocysteiny. Kwas foliowy, witamina B6 i witamina B12 mają kluczowe znaczenie dla rozkładu homocysteiny, a ich brak powoduje wzrost poziomu. Ci, którzy nie otrzymują wystarczającej ilości tych witamin w swojej diecie, mogą potrzebować suplementu lub jeść więcej produktów, które je zawierają, aby przywrócić normalny poziom homocysteiny.
Niektóre problemy medyczne mogą prowadzić do podwyższenia poziomu homocysteiny. Problem może powodować zmniejszona produkcja hormonów tarczycy, podobnie jak choroba nerek. Winna może być również łuszczyca skóry.
Leki mogą również powodować wahania poziomu homocysteiny w organizmie człowieka. Przyjmowanie tabletek antykoncepcyjnych może pomóc w obniżeniu poziomu, ponieważ zwiększają poziom estrogenu, co wydaje się wpływać na homocysteinę. Pacjenci przyjmujący leki na padaczkę mogą mieć większe ilości homocysteiny. Innym lekiem, który może powodować wzrost poziomu, jest metotreksat.
Kobiety mogą doświadczyć zmiany poziomu homocysteiny w ciągu swojego życia z powodu zmian poziomu estrogenu. Kobiety w ciąży często stwierdzają, że ich poziom spada, ponieważ mają więcej estrogenu niż zwykle. Starsze kobiety, które przeszły menopauzę, kiedy poziom estrogenu naturalnie spada, zwykle widzą wzrost poziomu homocysteiny. Przyjmowanie suplementów estrogenowych może pomóc w ich obniżeniu.