Skutki uboczne diety niskowęglowodanowej są związane przede wszystkim z metabolizmem i bezpośrednią fizyczną reakcją na rodzaje spożywanej żywności. Nadmierne gazy i zaparcia to dwa najczęstsze problemy związane z tego rodzaju dietą. Często dieta niskowęglowodanowa czerpie energię ze wzrostu białka, którego może również występować w organizmie. Ten rodzaj diety jest często określany jako ketogenna, ponieważ niewystarczająca ilość węglowodanów może powodować ketozę, stan, w którym dana osoba traci niezdrowe ilości wody i sodu.
Inne częste skutki uboczne diety niskowęglowodanowej to nietypowe osłabienie mięśni lub skurcze i bóle głowy. Niektórzy pacjenci zgłaszają również nieświeży oddech i niewyjaśnione wysypki. Objawy te można przypisać niedoborowi węglowodanów i cukru, których organizm potrzebuje do wytwarzania energii i prawidłowego przetwarzania żywności.
Dieta ketogeniczna to dieta, w której spożycie węglowodanów nie wystarcza do utrzymania dobrego stanu zdrowia. Prowadzi to do ketozy, stanu, w którym nadmiar ciał ketonowych utrudnia organizmowi przetwarzanie glukozy, kluczowego źródła energii. Ciała ketonowe powstają w wyniku rozpadu kwasów tłuszczowych na energię. Kiedy jest zbyt dużo ketonów, metabolizm tłuszczów jest zagrożony, a organizm zaczyna wydalać nadmiar soli i wody. Może to często powodować niedobór tych pierwiastków.
Mięśnie i wątroba magazynują energię dostarczaną przez węglowodany. Ponieważ te zapasy mogą trwać dość długo, efekty uboczne diety niskowęglowodanowej mogą trochę potrwać. Mimo to możliwe jest, że organizm zacznie źle funkcjonować we wczesnych stadiach diety niskowęglowodanowej, w zależności od stanu zdrowia jednostki i stopnia zaawansowania diety.
Istnieje kilka diet odchudzających, które koncentrują się na reżimie niskowęglowodanowym. Wiele z tych diet koncentruje się na posiłkach wysokobiałkowych z dużą ilością warzyw. Jedną z najbardziej znanych jest dieta Atkinsa, która w latach 1990. była u szczytu swojej popularności. Od tego czasu został zdyskredytowany przez wielu lekarzy ze względu na fakt, że chociaż dieta pomaga w utracie wagi, produkty wysokobiałkowe i tłuste, które promuje, mają tendencję do pogarszania ogólnego stanu zdrowia osób na diecie.
Pomimo wielu potencjalnych negatywnych skutków ubocznych diety niskowęglowodanowej, istnieje kilka warunków, dla których zalecany jest ten rodzaj diety. Jest powszechnie stosowany w leczeniu cukrzycy, epilepsji i otyłości. Niektórzy lekarze mogą również sugerować go pacjentkom z zespołem policystycznych jajników lub zespołem przewlekłego zmęczenia.