Gorczyca brunatna jest stosowana od wieków jako lek w leczeniu różnych schorzeń, od prostych bólów zębów po silne drgawki u małych dzieci. Odniesienia do musztardy jako leku zazwyczaj oznaczają gorczycę brązową. Takie lekarstwo jest zazwyczaj pozyskiwane z liści i nasion. W starożytności Grecy tak wysoko cenili lecznicze właściwości musztardy, że uważali ją za dar dla ludzkości, stworzony przez boga uzdrawiania Asciepiousa.
Najczęstszym zastosowaniem musztardy jako leku jest mazidło, okład lub plaster. Olejek z gorczycy, delikatnie podrażniając skórę, pobudza krążenie, co łagodzi bóle mięśni. Okłady musztardowe przypisuje się łagodzeniu niektórych przypadków zapalenia oskrzeli i zapalenia opłucnej.
W przypadku spożycia wewnętrznego w niewielkich ilościach składniki musztardy mogą być stosowane jako środek przeczyszczający lub poprawiający trawienie. Ponadto, przyjmowane w łagodnych dawkach, ekstrakty mają tendencję do lekkiego rozpalania żołądka, powodując pocenie się. Pocenie się czasami pomaga w leczeniu gorączki, przeziębienia i grypy. Nasiona połknięte w dużych ilościach mogą wywoływać wymioty. Wypicie łyżeczki nasion w szklance wody zwykle powoduje wymioty w ciągu 10 minut. To leczenie jest zatem czasami stosowane w nagłych przypadkach przedawkowania alkoholu lub narkotyków.
W Indiach musztardę parzy się w herbacie, aby łagodzić bóle mięśni i szkieletu oraz leczyć gorączkę i przeziębienia. Chińczycy dalej używają musztardy leczniczej do leczenia wrzodów, ropni i bólu wynikającego z reumatyzmu i lumbago. Uważają, że liście są szczególnie pomocne w leczeniu zapalenia pęcherza.
Dodatkowe zastosowania lecznicze musztardy obejmują atakowanie jadu z ukąszeń węży i ukąszeń skorpionów, łagodzenie bólu spowodowanego siniakami lub sztywnością karku oraz łagodzenie kolek i problemów z oddychaniem. Mówi się, że olej z łusek gorczycy wspomaga wzrost włosów. Jest również cytowany jako środek, który pomaga leczyć grzybicę.
Gorczyca brunatna jest również czasami stosowana jako suplement diety w celu zwiększenia poziomu żelaza, cynku, chromu i selenu w organizmie. Jego olej jest często używany w terapii masażu. Nie wszystkie zastosowania gorczycy brunatnej są korzystne. Gorczyca brunatna zawiera silnie pachnący i drażniący związek chemiczny, izotiocyjanian allilu. Związek ten był używany do produkcji gazu musztardowego jako broni chemicznej w czasie wojny.
Nasiona i liście gorczycy brunatnej zawierają kilka złożonych substancji chemicznych. Należą do nich enzymy, glukozyniany, siarka, białko i śluz. Ze względu na działanie tych chemikaliów niektórzy chirurdzy stosowali w przeszłości pastę z gorczycy brązowej do dezynfekcji rąk przed operacją pacjentów.