Η κονσερβοποίηση φούρνου αποτελείται από την τοποθέτηση βάζας γεμάτα με ζεστά, φρεσκοπαρασκευασμένα τρόφιμα υψηλής περιεκτικότητας σε οξύ, όπως φρούτα, μαρμελάδες, ζελέ ή μαρμελάδες σε ένα ζεστό φούρνο για θέρμανση και σφράγιση. Αυτή η μέθοδος έχει πολλά πλεονεκτήματα, με το πιο σημαντικό να είναι η δυνατότητα επεξεργασίας μεγάλου αριθμού βάζων ταυτόχρονα. Έχει επίσης διάφορα μειονεκτήματα, συμπεριλαμβανομένου του ότι πολλοί ειδικοί στην ασφάλεια των τροφίμων έχουν θεωρήσει ως μη ασφαλή μέθοδο κονσερβοποίησης.
Σε αντίθεση με την κονσερβοποίηση της εστίας, η κονσερβοποίηση φούρνου δεν απαιτεί υδατόλουτρο. Δεν χρειάζεται να βάζετε τα βάζα σε βραστό νερό με μια λαβίδα και να ακούτε τον ήχο του καλύμματος που σφραγίζει σωστά. Όταν γίνουν σωστά, τα καπάκια σφραγίζονται από μόνα τους αφού βιδωθούν σε προθερμασμένα βάζα κονσερβοποίησης, στη συνέχεια θερμανθούν για επιπλέον 15 λεπτά και κρυώσουν σε σχάρα ή στο φούρνο. Η κονσέρβα μετακινεί επίσης όλα τα βάζα ταυτόχρονα επειδή βρίσκονται σε δίσκο.
Οι υποστηρικτές της κονσερβοποίησης σε φούρνο τονίζουν ότι η μέθοδος παρέχει μια γρήγορη, σχετικά μέθοδο κονσερβοποίησης χωρίς χέρια για τρόφιμα με υψηλή περιεκτικότητα σε οξύ, όπως τα μήλα και τα αχλάδια. Τα τρόφιμα με υψηλή περιεκτικότητα σε οξύ είναι πιο ανθεκτικά στα βακτήρια από τα τρόφιμα χαμηλής οξύτητας όπως τα λαχανικά ή το κρέας. Τα τρόφιμα με χαμηλή περιεκτικότητα σε οξύ απαιτούν μεγαλύτερη θέρμανση σε υψηλότερη θερμοκρασία για σωστή συντήρηση, επομένως δεν συνιστάται η κονσερβοποίηση σε φούρνο.
Οι φούρνοι εκπέμπουν ξηρή θερμότητα αντί για ατμό, έτσι τα βάζα θερμαίνονται αργά και μπορεί να σπάσουν κατά τη διάρκεια της διαδικασίας θέρμανσης. Η ξηρή θερμότητα του φούρνου μπορεί επίσης να θέσει σε κίνδυνο την ελαστική σφράγιση του καπακιού της κονσέρβας εάν το βάζο μείνει στο φούρνο για πολλή ώρα. Όταν σφραγιστεί σωστά, το καπάκι δημιουργεί ένα κενό, κρατώντας τον αέρα και τα βακτήρια έξω από το βάζο. Η ξηρή θερμότητα αλλάζει επίσης τη θερμοκρασία του φαγητού πιο αργά από τον ατμό ή το λουτρό νερού, δίνοντας περισσότερο χρόνο στα βακτήρια να φτάσουν στο φαγητό, ειδικά αν δεν φτάσει σε θερμοκρασία 212 βαθμών Φαρενάιτ (100 βαθμούς Κελσίου).
Αυτή η μέθοδος επίσης δεν εγγυάται ότι το φαγητό κονσερβοποιείται σε μια σταθερή ελάχιστη θερμοκρασία που απαιτείται για τη θανάτωση βακτηρίων. Οι περισσότερες οδηγίες κονσερβοποίησης φούρνου περιλαμβάνουν θέρμανση των βάζων κονσερβοποίησης χωρίς καπάκια, τουλάχιστον για το τελευταίο μέρος της διαδικασίας. Μόλις η κονσέρβα αφαιρέσει τα βάζα χωρίς καπάκι από τον φούρνο για να εγκαταστήσει τα καπάκια, το φαγητό, το βάζο και η γύρω περιοχή θα κρυώσουν, αυξάνοντας τον κίνδυνο λερώματος του περιεχομένου. Οι φούρνοι μπορεί επίσης να διαφέρουν σε θερμοκρασία από αυτή που διαβάζει το κουμπί ή ο ψηφιακός θερμοστάτης, επομένως ο φούρνος μπορεί να μην θερμαίνεται στην απαιτούμενη θερμοκρασία. Η θερμοκρασία στο εσωτερικό του φούρνου μπορεί επίσης να ποικίλλει, ανάλογα με το πού τοποθετούνται τα βάζα – στη μέση, στις πλευρές ή στο επάνω μέρος, για παράδειγμα – έτσι τα βάζα μπορεί να μην φτάσουν ομοιόμορφες θερμοκρασίες.
Η μέθοδος κονσερβοποίησης σε φούρνο είναι επίσης πολύ επιρρεπής σε σφάλματα χρήστη. Το περιεχόμενο του βάζου μπορεί να σχηματίσει φυσαλίδες και να χυθεί, ακόμη και όταν το κονσερβοκούτι προσκολλάται στις απαιτούμενες 0.25-0.5 ίντσες (περίπου 0.6-1.3 cm) χώρου κεφαλής σε κάθε βάζο. Μια κονσέρβα διατρέχει επίσης τον κίνδυνο εγκαυμάτων ή σπασμένο γυαλί όταν αφαιρείτε τα γυάλινα βάζα από το φούρνο.