Στις περισσότερες περιπτώσεις, τα πρόσθετα τροφίμων εξυπηρετούν τρεις σκοπούς: τη διατήρηση, τη βελτίωση της γεύσης ή την αλλαγή της εμφάνισης του φαγητού. Ενώ τα περισσότερα θεωρούνται ασφαλή για ανθρώπινη κατανάλωση, υπάρχουν ορισμένα πρόσθετα τροφίμων που πρέπει να αποφύγετε εάν είναι δυνατόν. Ορισμένα μπορεί να προκαλέσουν ανεπιθύμητες αντιδράσεις σε άτομα που είναι ευαίσθητα στις ουσίες, ιδιαίτερα στις βαφές τροφίμων και το γλουταμινικό μονονάτριο, γνωστό και ως MSG. Άλλα, όπως τα τρανς λιπαρά και το σιρόπι καλαμποκιού με υψηλή περιεκτικότητα σε φρουκτόζη (HFCS) μπορεί να έχουν αρνητική επίδραση στη χοληστερόλη και να προκαλέσουν αύξηση βάρους.
Οι βαφές τροφίμων βρίσκονται στη συντριπτική πλειονότητα των προσυσκευασμένων τροφίμων, ειδικά τα αρωματισμένα πατατάκια και τα γλυκά. Ορισμένοι άνθρωποι έχουν φυσικά προδιάθεση να εμφανίσουν αλλεργική αντίδραση σε αυτά τα πρόσθετα τροφίμων, ειδικά το FD&C Yellow #5, το οποίο μπορεί να προκαλέσει ένα μικρό αριθμό ατόμων να ξεσπάσουν σε κνίδωση. Άλλα πρόσθετα τροφίμων που πρέπει να αποφεύγονται περιλαμβάνουν το Μπλε #1, το Μπλε #2 και το Κίτρινο #6, τα οποία έχουν απαγορευτεί στη Νορβηγία λόγω του αυξημένου κινδύνου χρωμοσωμικής βλάβης και της ανάπτυξης όγκων που ανακαλύφθηκαν κατά τη διάρκεια δοκιμών σε πειραματόζωα.
Το MSG, ένα κοινό πρόσθετο τροφίμων που βελτιώνει τη γεύση σε κονσέρβες και σε κάποια κινέζικη κουζίνα, μπορεί να προκαλέσει μια αντίδραση γνωστή ως σύμπλεγμα συμπτωμάτων MSG σε όσους είναι ευαίσθητοι σε αυτό. Αυτή η αντίδραση μπορεί να οδηγήσει σε πρήξιμο, απώλεια της αίσθησης στο πρόσωπο ή το λαιμό, αίσθημα παλμών και προβλήματα στο στομάχι. Αν και αυτά τα συμπτώματα είναι συνήθως προσωρινά, μπορεί να είναι εξαιρετικά άβολα και, σε σπάνιες περιπτώσεις, προσωρινά εξουθενωτικά για τους ευαίσθητους, καθιστώντας αυτό ένα από τα πολλά πρόσθετα τροφίμων που πρέπει να αποφεύγονται.
Τα τρανς λιπαρά που χρησιμοποιούνται συνήθως για την παράταση της διάρκειας ζωής ενός τροφίμου ή για τη βελτίωση της γεύσης του θεωρούνται ένα από τα κορυφαία πρόσθετα τροφίμων που πρέπει να αποφεύγονται και έχουν ουσιαστικά απαγορευτεί σε πολλές διαφορετικές χώρες, συμπεριλαμβανομένης της Δανίας. Η κατανάλωση τρανς λιπαρών, που βρίσκονται πιο συχνά σε fast food, προσυσκευασμένα μπισκότα και ψωμιά, καθώς και μαργαρίνη, ένα υποκατάστατο βουτύρου, έχει συνδεθεί με αύξηση της κακής χοληστερόλης και μείωση της καλής χοληστερόλης. Αυτός ο συνδυασμός αντιδράσεων μπορεί να αυξήσει τον κίνδυνο ενός ατόμου για καρδιακές προσβολές ή εγκεφαλικά και μπορεί να είναι εν μέρει υπεύθυνος για την ανάπτυξη διαβήτη.
Η χρήση του HFCS σε προσυσκευασμένα τρόφιμα και ποτά είναι άκρως αμφιλεγόμενη, παρά το γεγονός ότι η έρευνα δεν έχει καταλήξει στο συμπέρασμα από το 2011. Τα HFCS έχουν συνδεθεί με αύξηση του βάρους, αν και δεν είναι σαφές εάν προκαλεί μεγαλύτερη αύξηση βάρους από την κανονική ζάχαρη. Γενικά, το πρόβλημα με το HFCS είναι ότι βρίσκεται στη μεγάλη πλειονότητα των προσυσκευασμένων τροφίμων, ακόμη και σε αυτά που δεν προορίζονται να είναι γλυκά. Για το λόγο αυτό, όσοι τρώνε επεξεργασμένα τρόφιμα καταναλώνουν συνήθως υψηλότερη ποσότητα HFCS από ό,τι είναι υγιεινό χωρίς να το συνειδητοποιούν. Για το λόγο αυτό, αυτό το τεχνητό γλυκαντικό θεωρείται ένα από τα πρόσθετα τροφίμων που πρέπει να αποφύγετε ή να περιορίσετε, καθώς συνήθως συνιστάται η πλειονότητα των ανθρώπων να μην καταναλώνουν υπερβολική ζάχαρη ή υποκατάστατα ζάχαρης.