Όπως με κάθε τρόφιμο που είναι ουσιαστικά καθαρό λίπος, εξακολουθούν να υπάρχουν προβλήματα υγείας που σχετίζονται με τη μαργαρίνη, ειδικά εάν καταναλώνεται σε μεγάλες ποσότητες. Ένα από τα μεγαλύτερα πιθανά προβλήματα είναι ο αυξημένος κίνδυνος καρδιακών παθήσεων. Πολλά είδη περιέχουν υψηλά επίπεδα κορεσμένων λιπαρών και επικίνδυνων τρανς λιπαρών, τα οποία είναι γνωστό ότι μειώνουν τα επίπεδα της ωφέλιμης λιποπρωτεΐνης υψηλής πυκνότητας (HDL) χοληστερόλης και αυξάνουν τα επίπεδα του επιβλαβούς τύπου που είναι γνωστή ως λιποπρωτεΐνη χαμηλής πυκνότητας (LDL).
Μόλις το βούτυρο συνδέθηκε με κινδύνους για την υγεία, όπως καρδιακές παθήσεις λόγω των υψηλών επιπέδων κορεσμένων λιπαρών και χοληστερόλης, πολλοί άνθρωποι έψαχναν για μια εναλλακτική λύση. Συχνά τα άτομα στρέφονταν στη μαργαρίνη, η οποία συχνά δεν έχει χοληστερόλη και τουλάχιστον χαμηλότερα επίπεδα κορεσμένων λιπαρών από το βούτυρο και συχνά λιγότερες θερμίδες. Ο λόγος που δεν υπάρχει χοληστερόλη είναι επειδή η μαργαρίνη παρασκευάζεται από στερεοποιημένο φυτικό λίπος αντί από ζωικές πηγές. Καθώς περνούσε ο καιρός, οι επαγγελματίες υγείας άρχισαν να σημειώνουν ζητήματα υγείας, όπως αυξημένο κίνδυνο εμφάνισης καρδιακών παθήσεων για άτομα που κατανάλωναν επίσης μαργαρίνη.
Οι ερευνητές ανακάλυψαν ότι ο κίνδυνος καρδιακής νόσου που σχετίζεται με τη μαργαρίνη οφείλεται στην παρουσία τρανς λιπαρών οξέων, γνωστών και ως τρανς λιπαρά. Αυτές οι ουσίες σχηματίζονται κατά τη διαδικασία στερεοποίησης του φυτικού ελαίου και έχουν συνδεθεί με πολλά προβλήματα υγείας. Τα στερεά στικ έχουν πολύ υψηλότερα επίπεδα τρανς λιπαρών από τα πιο μαλακά αλείμματα. Τα τρανς λιπαρά έχει αποδειχθεί ότι έχουν δυσμενή επίδραση στα επίπεδα χοληστερόλης, έναν σημαντικό δείκτη καρδιακών παθήσεων, παρόλο που η μαργαρίνη στην πραγματικότητα δεν περιέχει χοληστερόλη. Τα τρανς λιπαρά μειώνουν τα επίπεδα της καλής HDL χοληστερόλης και αυξάνουν την ποσότητα της επιβλαβούς LDL χοληστερόλης που βρίσκεται στο σώμα.
Ένας άλλος παράγοντας που συμβάλλει στον κίνδυνο καρδιακής νόσου που σχετίζεται με τη μαργαρίνη είναι η ποσότητα κορεσμένου λίπους που βρίσκεται σε πολλές μάρκες. Παρόλο που υπάρχουν λιγότερα κορεσμένα λιπαρά από το βούτυρο, μπορεί να υπάρχουν υψηλά επίπεδα σε ορισμένα προϊόντα μαργαρίνης. Οι ποσότητες αυτών των ανθυγιεινών ουσιών μπορεί να ποικίλλουν ευρέως ανάλογα με τον κατασκευαστή. Κατά κανόνα, είναι καλή ιδέα οι καταναλωτές να αναζητούν προϊόντα με χαμηλά επίπεδα κορεσμένων λιπαρών και να θυμούνται να τα χρησιμοποιούν με μέτρο.
Πολλοί κατασκευαστές έχουν αφαιρέσει όσο το δυνατόν περισσότερα τρανς λιπαρά από τα προϊόντα τους και πολλοί τύποι μαργαρίνης παρασκευάζονται επίσης τώρα με ακόρεστα λίπη, όπως το ελαιόλαδο ή το λάδι canola. Τα προϊόντα με μειωμένα κορεσμένα λιπαρά και χωρίς τρανς λιπαρά είναι λιγότερο επιβλαβή από άλλα, αλλά θα πρέπει να καταναλώνονται μόνο με μέτρο. Η κατανάλωση μεγάλων ποσοτήτων οποιασδήποτε λιπαρής τροφής είναι πιθανό να αυξήσει τις πιθανότητες εμφάνισης καρδιακών παθήσεων, αλλά ο περιορισμός της κατανάλωσης σε μικρές ποσότητες ακόρεστων λιπαρών μειώνει αυτόν τον κίνδυνο.