Οι παρενέργειες μιας δίαιτας χαμηλής περιεκτικότητας σε υδατάνθρακες σχετίζονται κυρίως με το μεταβολισμό και την άμεση σωματική απόκριση στα είδη των τροφών που καταναλώνονται. Τα υπερβολικά αέρια και η δυσκοιλιότητα είναι δύο από τα πιο κοινά προβλήματα που σχετίζονται με αυτό το είδος διατροφής. Συχνά μια δίαιτα χαμηλών υδατανθράκων αντλεί ενέργεια από την τροφή από την αύξηση της πρωτεΐνης, της οποίας μπορεί επίσης να υπάρχει περίσσεια στο σώμα. Αυτό το είδος διατροφής αναφέρεται συχνά ως κετογονική, καθώς οι ανεπαρκείς υδατάνθρακες μπορούν να προκαλέσουν κέτωση, μια κατάσταση κατά την οποία το άτομο χάνει ανθυγιεινές ποσότητες νερού και νατρίου.
Άλλες κοινές παρενέργειες μιας δίαιτας χαμηλών υδατανθράκων περιλαμβάνουν αχαρακτήριστη μυϊκή αδυναμία ή κράμπες και πονοκεφάλους. Μερικοί ασθενείς αναφέρουν επίσης κακή αναπνοή και ανεξήγητα εξανθήματα. Αυτά τα συμπτώματα μπορούν να εντοπιστούν στην ανεπάρκεια υδατανθράκων και ζάχαρης, τα οποία χρειάζεται το σώμα για να δημιουργήσει ενέργεια και να επεξεργαστεί σωστά τα τρόφιμα.
Η κετογονική δίαιτα είναι ένα σχήμα στο οποίο η κατανάλωση υδατανθράκων δεν επαρκεί για τη διατήρηση της καλής υγείας. Οδηγεί σε κέτωση, μια κατάσταση όπου η περίσσεια κετονικών σωμάτων εμποδίζει την ικανότητα του σώματος να επεξεργάζεται τη γλυκόζη, μια βασική πηγή ενέργειας. Τα σώματα κετόνης αναπτύσσονται ως αποτέλεσμα της διάσπασης των λιπαρών οξέων για ενέργεια. Όταν υπάρχουν πάρα πολλές κετόνες, ο μεταβολισμός του λίπους διακυβεύεται και το σώμα αρχίζει να εκκρίνει υπερβολικό αλάτι και νερό. Αυτό μπορεί συχνά να προκαλέσει ανεπάρκεια σε αυτά τα στοιχεία.
Οι μύες και το συκώτι αποθηκεύουν την ενέργεια που παρέχουν οι υδατάνθρακες. Καθώς αυτές οι προμήθειες μπορεί να διαρκέσουν για αρκετό καιρό, οι παρενέργειες μιας δίαιτας χαμηλών υδατανθράκων μπορεί να χρειαστούν λίγο χρόνο για να αναπτυχθούν. Ακόμα, είναι πιθανό ο οργανισμός να αρχίσει να δυσλειτουργεί στα αρχικά στάδια μιας δίαιτας χαμηλών υδατανθράκων, ανάλογα με την υγεία του ατόμου και την ακραία δίαιτα.
Υπάρχουν πολλές δίαιτες απώλειας βάρους που επικεντρώνονται σε ένα καθεστώς χαμηλών υδατανθράκων. Πολλές από αυτές τις δίαιτες επικεντρώνονται σε γεύματα πλούσια σε πρωτεΐνες με πολλά λαχανικά. Μία από τις πιο διάσημες από αυτές είναι η δίαιτα Atkins, η οποία βρισκόταν στο αποκορύφωμα της δημοτικότητάς της τη δεκαετία του 1990. Έκτοτε έχει απαξιωθεί από πολλούς γιατρούς λόγω του γεγονότος ότι, ενώ η δίαιτα βοηθά στην απώλεια βάρους, οι τροφές με υψηλή περιεκτικότητα σε πρωτεΐνες και λιπαρά που προωθεί τείνουν να θέτουν σε κίνδυνο τη γενική υγεία των ατόμων που κάνουν δίαιτα.
Παρά τις πολλές πιθανές αρνητικές παρενέργειες μιας δίαιτας χαμηλής περιεκτικότητας σε υδατάνθρακες, υπάρχουν αρκετές συνθήκες για τις οποίες συνταγογραφείται αυτού του είδους το σχήμα. Χρησιμοποιείται συνήθως για τη θεραπεία του διαβήτη, της επιληψίας και της παχυσαρκίας. Μερικοί γιατροί μπορεί επίσης να το προτείνουν σε ασθενείς με σύνδρομο πολυκυστικών ωοθηκών ή σύνδρομο χρόνιας κόπωσης.