Οι ισοφλαβόνες λέγεται ότι έχουν διάφορα οφέλη, αλλά έρχονται επίσης με κάποιες παρενέργειες που μπορεί να είναι ενοχλητικές και ακόμη και επικίνδυνες για όσους παίρνουν αυτή την ουσία. Ορισμένες παρενέργειες των ισοφλαβονών επηρεάζουν κυρίως τις γυναίκες, επειδή οι έγκυες γυναίκες και εκείνες που έχουν πολεμήσει με τον καρκίνο του μαστού συνήθως διατρέχουν μεγαλύτερο κίνδυνο να εμφανίσουν αρνητικές επιπτώσεις. Οποιαδήποτε γυναίκα, ωστόσο, μπορεί να επηρεαστεί από εξάψεις και αύξηση βάρους όταν παίρνει ισοφλαβόνες. Οι άνδρες, από την άλλη πλευρά, μπορεί να παρατηρήσουν μειωμένη λίμπιντο, στειρότητα και απώλεια μνήμης ενώ λαμβάνουν συμπληρώματα ισοφλαβόνης. Άλλες παρενέργειες των ισοφλαβονών μπορεί να επηρεάσουν τόσο τις γυναίκες όσο και τους άνδρες, με τη διάρροια, τις τροφικές αλλεργίες και τους πονοκεφάλους να είναι μερικά από τα πιο κοινά προβλήματα.
Ορισμένες ανεπιθύμητες ενέργειες είναι συγκεκριμένες για τις γυναίκες, επειδή οι ισοφλαβόνες μπορεί να επηρεάσουν την ορμονική ισορροπία στο γυναικείο σώμα, οδηγώντας σε ορισμένες αρνητικές συνέπειες. Για παράδειγμα, όσοι έχουν ιστορικό καρκίνου του μαστού συνήθως αποθαρρύνονται από τη λήψη ισοφλαβονών επειδή μπορούν να διεγείρουν τα καρκινικά κύτταρα του μαστού που μπορεί να υπάρχουν ήδη. Οι ισοφλαβόνες λέγεται επίσης ότι παρεμβαίνουν στα φάρμακα για τη θεραπεία του καρκίνου του μαστού, αλλά οι γυναίκες χωρίς ιστορικό αυτού του τύπου καρκίνου συνήθως θεωρούνται ασφαλείς από αυτή την πιθανή παρενέργεια. Μια πρόσθετη ανησυχία είναι ότι οι ισοφλαβόνες θα μπορούσαν να είναι επιζήμιες για τα αγέννητα μωρά, τα οποία χρειάζονται μια συγκεκριμένη ισορροπία ορμονών για να αναπτυχθούν σωστά στη μήτρα, επομένως οι έγκυες συνήθως συνιστάται να παραλείψουν αυτό το είδος συμπληρώματος. Κάθε γυναίκα είναι ευαίσθητη στην αύξηση του σωματικού βάρους και τις εξάψεις που μπορεί να συνοδεύουν τις ισοφλαβόνες, επομένως συνιστάται στις γυναίκες να διασφαλίζουν ότι τα πιθανά οφέλη υπερτερούν των πιθανών παρενεργειών.
Οι άνδρες μπορεί επίσης να εμφανίσουν κάποιες παρενέργειες των ισοφλαβονών που οι γυναίκες μπορεί να μην λάβουν, επειδή και οι δύο συνήθως έχουν διαφορετικές ορμονικές ισορροπίες. Μία από τις μεγαλύτερες παρενέργειες στους άνδρες είναι η μειωμένη λίμπιντο, επειδή η αύξηση των οιστρογόνων μπορεί να οδηγήσει σε μειωμένα επίπεδα τεστοστερόνης, η οποία μπορεί επίσης να οδηγήσει σε στειρότητα. Πρόσθετες παρενέργειες για τους άνδρες μπορεί να περιλαμβάνουν κόπωση, απώλεια μνήμης και μειωμένη γνωστική λειτουργία. Πολλές μελέτες δείχνουν ότι οι γυναίκες δεν βιώνουν αυτές τις παρενέργειες των ισοφλαβονών, επομένως οι άνδρες θα πρέπει να το έχουν υπόψη τους πριν λάβουν αυτήν την ουσία με βάση τις ευνοϊκές κριτικές των γυναικών.
Ορισμένες παρενέργειες των ισοφλαβονών επηρεάζουν τόσο τους άνδρες όσο και τις γυναίκες. Μερικοί άνθρωποι παρουσιάζουν δυσκοιλιότητα ενώ παίρνουν ισοφλαβόνες σόγιας, ενώ άλλοι μπορεί να έχουν διάρροια και στομαχικές διαταραχές. Οι πονοκέφαλοι και το αίσθημα ζάλης είναι επίσης μερικές αρνητικές επιπτώσεις των ισοφλαβονών. Είναι επίσης πιθανό αυτή η ουσία να προκαλεί πέτρες στα νεφρά, τροφικές αλλεργίες και προβλήματα θυρεοειδούς, επομένως τα άτομα που αποφασίζουν να πάρουν ισοφλαβόνες συνιστάται να προσέχουν αυτές τις παρενέργειες.