Διάφοροι παράγοντες μπορούν να παίξουν ρόλο στον μισθό που κερδίζει ένας βιοχημικός. Μερικοί από αυτούς τους παράγοντες μπορούν να ελεγχθούν από τον βιοχημικό, ενώ άλλοι μπορεί να υπόκεινται περισσότερο σε επιρροές σε ολόκληρη τη βιομηχανία τις οποίες ένας βιοχημικός δεν μπορεί να ελέγξει. Το εύρος μισθών του βιοχημικού μπορεί να ποικίλλει ευρέως και είναι σημαντικό να ληφθούν υπόψη οι επιρροές σε έναν μισθό κατά την αξιολόγηση μιας προσφοράς εργασίας για να καθοριστεί εάν ο μισθός είναι λογικός ή όχι.
Ένας από τους μεγαλύτερους καθοριστικούς παράγοντες στον μισθό ενός βιοχημικού είναι το πού εργάζεται ένας βιοχημικός. Διαφορετικά έθνη έχουν ριζικά διαφορετικές μισθολογικές κλίμακες και κόστος ζωής. Ένας βιοχημικός που εργάζεται στη Βρετανία, για παράδειγμα, πιθανότατα θα κερδίσει περισσότερα από έναν βιοχημικό που εργάζεται στην Ινδία, απλώς και μόνο λόγω του διαφορετικού κόστους ζωής. Ομοίως, ένας βιοχημικός που εργάζεται για μια διεθνή εταιρεία μπορεί να κερδίσει περισσότερα από έναν εργαζόμενο σε μια εγχώρια εταιρεία. Το είδος της εταιρείας για την οποία εργάζεται ένας βιοχημικός έχει επίσης σημασία. Οι φαρμακευτικές εταιρείες τείνουν να πληρώνουν πολύ υψηλούς μισθούς, ενώ οι κρατικές υπηρεσίες έχουν λιγότερη χρηματοδότηση για τους μισθούς.
Ένας άλλος παράγοντας στον μισθό ενός βιοχημικού είναι η ποσότητα εκπαίδευσης που είχε ένας βιοχημικός. Όσο υψηλότερο είναι το πτυχίο κολεγίου, τόσο υψηλότερος είναι ο μισθός, κατά γενικό κανόνα. Η περισσότερη εμπειρία ως εργαζόμενος βιοχημικός μπορεί επίσης να αυξήσει τον μισθό του βιοχημικού, όπως και οι ειδικές πιστοποιήσεις και η εκπαίδευση. Για παράδειγμα, ένας βιοχημικός που έχει εργαστεί σε ένα υψηλού επιπέδου και πολύ ασφαλές εργαστήριο θα θεωρείται ως πιο ελκυστικός υποψήφιος για δουλειά από έναν βιοχημικό που δεν έχει, πράγμα που σημαίνει ότι ο πιο έμπειρος βιοχημικός μπορεί να απαιτήσει και να λάβει υψηλότερο μισθό.
Το μέγεθος της εταιρείας μπορεί επίσης να έχει σημασία όταν πρόκειται για μισθό βιοχημικού, όπως και η φύση της εταιρείας. Οι μη κερδοσκοπικοί οργανισμοί πληρώνουν λιγότερο, ενώ για τους κερδοσκοπικούς οργανισμούς πληρώνουν περισσότερα. Εν μέρει, αυτό οφείλεται στη διαθέσιμη χρηματοδότηση και εν μέρει οφείλεται στη φύση του οργανισμού. Το είδος της εργασίας που εκτελείται έχει επίσης σημασία. Η προηγμένη έρευνα θα οδηγήσει σε υψηλότερο μισθό βιοχημικού, ενώ η τακτική επεξεργασία εργαστηριακών υλικών θα πληρώσει λιγότερο. Το ιστορικό δημοσίευσης σε ερευνητικά περιοδικά θα αυξήσει επίσης τον μισθό του βιοχημικού, όπως και η συμμετοχή σε συνέδρια και άλλες μορφές επαγγελματικής εξέλιξης.
Οι τίτλοι εργασίας έχουν επίσης σημασία. Όσο πιο προχωρημένος είναι ο τίτλος εργασίας, τόσο υψηλότερος είναι ο μισθός, ακόμα κι αν δύο άτομα με διαφορετικούς τίτλους εκτελούν σχεδόν την ίδια εργασία. Αυτός είναι ένας λόγος για τον οποίο οι άνθρωποι είναι πολύ προσεκτικοί όταν πρόκειται για τη διαπραγμάτευση τίτλων εργασίας, δίνοντας προσοχή σε άλλους τίτλους που χρησιμοποιούνται στην εταιρεία και στο εργαστήριο. Οι συμβατικές δεσμεύσεις μπορεί επίσης να έχουν σημασία. Εάν ένας βιοχημικός υπογράψει συμφωνίες που υποδεικνύουν ότι θα περάσει πολύ χρόνο με την εταιρεία και δεν θα εργαστεί για αντίπαλες εταιρείες, η εταιρεία θα πληρώσει περισσότερα, ως αναγνώριση του υψηλού επιπέδου δέσμευσης του εργαζομένου.