Το καλύτερο φυσικό ελληνικό γιαούρτι είναι αυτό που είναι πηχτό, κρεμώδες και χωρίς πρόσθετα και συντηρητικά. Το αυθεντικό φυσικό ελληνικό γιαούρτι δεν περιέχει πηκτικά όπως ζελατίνη ή άμυλο καλαμποκιού, αλλά είναι φυσικά παχύρρευστο λόγω της διαδικασίας στραγγίσματος του υγρού ορού γάλακτος. Αυτό συμπυκνώνει και αυξάνει την πρωτεΐνη σε ένα κουτί γιαουρτιού, αλλά μειώνει ελαφρώς το ασβέστιο. Το καλύτερο φυσικό ελληνικό γιαούρτι μπορεί να είναι πιο ακριβό από άλλα είδη, καθώς χρειάζεται περίπου τρεις φορές περισσότερο γάλα για να παρασκευαστεί.
Το ελληνικό γιαούρτι είναι πλούσιο σε θρεπτικά συστατικά και φιλικά βακτήρια. Τόσο το κανονικό όσο και το φυσικό ελληνικό γιαούρτι παρασκευάζονται προσθέτοντας τις καλλιέργειες ζωντανών βακτηρίων, Streptococcus thermophilus και Lactobacillus bulgaricus, στο γάλα για να ζυμωθεί. Ο υγρός ορός γάλακτος στη συνέχεια αφαιρείται από το ελληνικό γιαούρτι για να πυκνώσει η σύσταση. Η σύγκριση ενός κουτιού κανονικού γιαουρτιού με ένα κουτί φυσικού ελληνικού γιαουρτιού δείχνει ότι υπάρχουν περισσότερες θερμίδες και σημαντικά περισσότερες πρωτεΐνες στο ελληνικό γιαούρτι αλλά λιγότερο ασβέστιο σε σύγκριση με το κανονικό γιαούρτι.
Τα γιαούρτια με μια μεγάλη λίστα συστατικών είναι εκείνα στα οποία έχουν προστεθεί πληρωτικά όπως πυκνωτικά, γλυκαντικά και τεχνητά αρώματα και χρώματα. Αυτά τα συστατικά μειώνουν την καλοσύνη και αυξάνουν τον αριθμό των θερμίδων, επομένως το καλύτερο γιαούρτι για να αγοράσετε είναι αυτό με τα λιγότερα συστατικά. Στην περίπτωση του φυσικού ελληνικού γιαουρτιού, αυτά θα πρέπει να είναι κρέμα γάλακτος, καλλιέργεια γιαουρτιού και αγελαδινό ή πρόβειο γάλα. Στο κουτί, θα πρέπει να υπάρχει μια ετικέτα που να δείχνει ότι η καλλιέργεια του γιαουρτιού είναι ζωντανή και ενεργή.
Προβιοτικά ή ζωντανές καλλιέργειες υπάρχουν σε όλα τα φυσικά ελληνικά γιαούρτια. Προάγουν την κυτταρική ανοσία, καλύτερη υγεία του εντέρου και αυξάνουν την καλή χοληστερόλη. Ενώ όλα τα γιαούρτια παρασκευάζονται με καλλιέργειες βακτηρίων, δεν έχουν όλα την ίδια ποσότητα. Η ετικέτα «ζωντανή καλλιέργεια» σε ένα κουτί σημαίνει ότι το γιαούρτι περιέχει σημαντική ποσότητα καλλιέργειας ανά γραμμάριο προϊόντος. Ορισμένες εταιρείες προσθέτουν επιπλέον προβιοτικά και καλλιέργειες σε μια προσπάθεια να προωθήσουν το γιαούρτι ως ακόμη πιο ωφέλιμο για το ανοσοποιητικό και την υγεία του πεπτικού συστήματος. Ορισμένα γιαούρτια υποβάλλονται σε θερμική επεξεργασία μετά τη ζύμωση και αυτό θα έχει σκοτώσει τα περισσότερα από τα ευεργετικά βακτήρια.
Ένα φυσικό γιαούρτι χωρίς πρόσθετα συστατικά που δεν έχει υποστεί θερμική επεξεργασία και φέρει την ετικέτα «ζωντανή καλλιέργεια» θα είναι πάντα η πιο υγιεινή επιλογή. Εκτός από αυτό, είναι απλώς μια υπόθεση γεύσης. Μερικοί άνθρωποι που έχουν συνηθίσει στα ζαχαρούχα προϊόντα μπορεί να βρουν τη γεύση του φυσικού ελληνικού γιαουρτιού λίγο αιχμηρή ή ξινή, αλλά η κρεμώδης υφή και η υφή είναι επαρκής αντιστάθμιση για τους περισσότερους.