Η αναπαραγωγική κλωνοποίηση είναι ένας τύπος κλωνοποίησης που πραγματοποιείται με σκοπό τη δημιουργία αντιγράφου ενός άλλου οργανισμού. Επιτυγχάνεται χρησιμοποιώντας μια διαδικασία που ονομάζεται πυρηνική μεταφορά σωματικών κυττάρων. Το 1996, Σκωτσέζοι ερευνητές ανακοίνωσαν ότι είχαν κλωνοποιήσει με επιτυχία το πρώτο θηλαστικό, ένα πρόβατο που έγινε γνωστό ως Ντόλι. Πολλά άλλα θηλαστικά έχουν κλωνοποιηθεί από τότε και η κλωνοποίηση έχει γίνει ένα αμφιλεγόμενο ηθικό και επιστημονικό ζήτημα σε ορισμένα μέρη του κόσμου.
Στην πυρηνική μεταφορά σωματικών κυττάρων, οι επιστήμονες εξάγουν τον πυρήνα ενός σωματικού κυττάρου, ένα κύτταρο που μπορεί να προέλθει από οπουδήποτε στο σώμα, και το εισάγουν σε ένα ωάριο στο οποίο έχει αφαιρεθεί ο πυρήνας του. Το ωάριο διεγείρεται και αρχίζει να διαιρείται και να μεγαλώνει, εξελίσσοντας σε έμβρυο το οποίο μπορεί να εμφυτευθεί σε ένα υποκατάστατο κύησης και να μεταφερθεί μέχρι τη λήξη.
Ορισμένα ζητήματα έχουν αναπτυχθεί με την αναπαραγωγική κλωνοποίηση από επιστημονική άποψη. Οι κλώνοι φαίνεται να έχουν μικρότερη διάρκεια ζωής, οδηγώντας σε ανησυχίες για τα μειονεκτήματα της κλωνοποίησης. Υπάρχει επίσης ο κίνδυνος απώλειας της γενετικής ποικιλότητας ως αποτέλεσμα της χρήσης της κλωνοποίησης, ειδικά στη γεωργική βιομηχανία, όπου ο πειρασμός για χρήση τυποποιημένων ζώων είναι κατανοητό δελεαστικός. Όπως κάθε νέα επιστημονική εξέλιξη, η κλωνοποίηση αμφισβητήθηκε σε μεγάλο βαθμό στην επιστημονική κοινότητα όταν πρωτοεμφανίστηκε, ειδικά μετά από σκάνδαλα στα οποία οι επιστήμονες ισχυρίζονταν ότι είχαν κλωνοποιήσει ζώα αλλά στην πραγματικότητα δεν το είχαν κάνει.
Ηθικά, η αναπαραγωγική κλωνοποίηση αναδεικνύει μερικά ενδιαφέροντα ζητήματα. Μερικοί άνθρωποι πιστεύουν ότι η ζωή ξεκινά από τη σύλληψη και πιστεύουν ότι η κλωνοποίηση είναι αφύσικη και ότι θα μπορούσε ενδεχομένως να παραβιάζει τις θρησκευτικές τους πεποιθήσεις. Άλλοι απλώς ενοχλούνται από την ιδέα ότι μπορούν να κλωνοποιήσουν αντίγραφα ζωντανών οργανισμών και αναρωτιούνται για τους κινδύνους της χρήσης κλωνοποιημένων ζώων στην προμήθεια τροφίμων. Οι ψυχολόγοι και άλλοι άνθρωποι που μελετούν την ανάπτυξη ενδιαφέρονται για τη δυνατότητα χρήσης της κλωνοποίησης ως δοκιμασίας της περίφημης συζήτησης για τη φύση και την ανατροφή.
Η πυρηνική μεταφορά σωματικών κυττάρων μπορεί επίσης να χρησιμοποιηθεί για τη δημιουργία σειρών βλαστοκυττάρων για θεραπευτική κλωνοποίηση, έναν τύπο κλωνοποίησης που εκτελείται για ιατρικούς σκοπούς και όχι με στόχο τη δημιουργία αντιγράφου άλλου οργανισμού. Είναι επίσης δυνατός ο χειρισμός του γενετικού υλικού που χρησιμοποιείται στην αναπαραγωγική κλωνοποίηση χρησιμοποιώντας τεχνολογία ανασυνδυασμένου DNA για την αλλαγή του DNA.
Αρκετά έθνη έχουν εγκρίνει ψηφίσματα για τη ρητή απαγόρευση της ανθρώπινης κλωνοποίησης, λόγω ανησυχίας για ηθικά ζητήματα. Άλλοι είναι πρόθυμοι να εξερευνήσουν τις δυνατότητες αυτής της διαδικασίας, αλλά θα προτιμούσαν να δουν πειράματα που παρακολουθούνται στενά και αξιολογούνται από ομοτίμους που αντιμετωπίζουν ορισμένες από τις ανησυχίες σχετικά με την κλωνοποίηση.