Τα μπισκότα σοκολάτας ολικής αλέσεως συνήθως παρασκευάζονται με αλεύρι ολικής αλέσεως αντί για ραφιναρισμένο λευκό αλεύρι ή αλεύρι για όλες τις χρήσεις. Ορισμένες συνταγές για μπισκότα σοκολάτας ολικής αλέσεως μπορεί να περιέχουν και άλλα δημητριακά, όπως βρώμη. Τα μπισκότα μπορεί επίσης να έχουν λιγότερη ζάχαρη από τα τυπικά μπισκότα με τσιπ σοκολάτας. Όπως και με τα κανονικά μπισκότα με τσιπ σοκολάτας, τα μπισκότα ολικής αλέσεως περιέχουν επίσης βούτυρο και μπορεί να περιέχουν αυγά.
Ένας μάγειρας μπορεί να επιλέξει να χρησιμοποιήσει κανονικό αλεύρι ολικής αλέσεως για να φτιάξει μια παρτίδα μπισκότων σοκολάτας ολικής αλέσεως. Μερικοί μάγειρες βρίσκουν ότι το λευκό αλεύρι ολικής αλέσεως, το οποίο παρασκευάζεται από διαφορετική ποικιλία σιταριού, δίνει στα μπισκότα πιο ελαφριά γεύση και πιο απαλή υφή από το κανονικό αλεύρι ολικής αλέσεως. Μια άλλη επιλογή είναι να χρησιμοποιήσετε αλεύρι ζαχαροπλαστικής ολικής αλέσεως που είναι πιο λεπτόκοκκο. Το κανονικό αλεύρι ολικής αλέσεως έχει μια έντονη γεύση που μπορεί να είναι ενοχλητική για κάποιους.
Εκτός από το αλεύρι ολικής αλέσεως, ορισμένοι τύποι μπισκότων σοκολάτας ολικής αλέσεως περιέχουν και άλλα είδη δημητριακών. Ένας μάγειρας μπορεί να θέλει να προσθέσει τυλιγμένη βρώμη ή βρώμη που έχουν αλεσθεί σε επεξεργαστή τροφίμων στα μπισκότα αντί για λίγο από το αλεύρι ολικής αλέσεως. Η βρώμη δίνει στα μπισκότα μια γεύση ξηρού καρπού και προσθέτει επίσης λίγη υφή.
Πολλές συνταγές για μπισκότα σοκολάτας ολικής αλέσεως προσπαθούν να είναι πιο υγιεινές από τις συνταγές για κανονικά μπισκότα. Η συνταγή μπορεί να απαιτεί λιγότερη ζάχαρη από το συνηθισμένο, αν και αυτό δεν συμβαίνει πάντα. Συνήθως, οι συνταγές για μπισκότα με τσιπ σοκολάτας απαιτούν τόσο καφέ όσο και λευκή κρυσταλλική ζάχαρη.
Άλλα συστατικά σε μπισκότα με τσιπ σοκολάτας ολικής αλέσεως βρίσκονται επίσης στα κανονικά μπισκότα με τσιπ σοκολάτας. Το βούτυρο παίζει σημαντικό ρόλο στον αρωματισμό των μπισκότων και στη συγκράτηση τους. Ορισμένες συνταγές μπορεί να απαιτούν παγωμένο βούτυρο που κόβεται στη ζύμη, ενώ άλλες απαιτούν μαλακό βούτυρο που έχει κρεμάσει με τη ζάχαρη.
Συνήθως, τα μπισκότα περιέχουν αυγά, αν και μερικές συνταγές παραλείπουν εντελώς το αυγό. Ορισμένες συνταγές μπορεί να απαιτούν ένα υποκατάστατο αυγών, όπως το άμυλο ή οι σπόροι λιναριού. Άλλοι δεν κάνουν καμία αναφορά στην αντικατάσταση του αυγού. Σε ορισμένες περιπτώσεις, μια συνταγή μπορεί να απαιτεί τη χρήση ενός ολόκληρου αυγού και ενός κρόκου αυγού.
Το μέγεθος των μπισκότων σοκολάτας ολικής αλέσεως μπορεί να ποικίλλει. Μερικά μπισκότα είναι μικρά, ενώ άλλα χρησιμοποιούν πολλή ζύμη ανά μεζούρα. Ένας μάγειρας που δεν θέλει να μοιράσει τη ζύμη σε μεμονωμένα μπισκότα μπορεί να επιλέξει να την απλώσει όλη σε ένα τηγάνι ή ένα ταψί και να ψήσει ένα μεγάλο μπισκότο που μπορεί να κοπεί σαν μπράουνις.