Τα ένζυμα του σκόρδου είναι επιστημονικά γνωστά ως ένζυμα αλλιινάσης. Αυτά τα ένζυμα μετατρέπουν την αλλιίνη, ένα αμινοξύ στο σκόρδο, σε αλισίνη, ένα φυτοχημικό που αναφέρεται για τη μείωση της αρτηριακής πίεσης, τη μείωση της χοληστερόλης και την ενίσχυση του ανοσοποιητικού συστήματος. Τα ένζυμα αλλιινάση γίνονται ενεργά μόνο όταν απελευθερώνονται μέσω του τεμαχισμού, της μάσησης, του τεμαχισμού ή της σύνθλιψης του σκόρδου. Θεωρείται ότι είναι τα πιο ισχυρά συστατικά του σκόρδου, τα ένζυμα του σκόρδου είναι υπεύθυνα για να δίνουν στο λαχανικό τη χαρακτηριστική του γεύση και άρωμα.
Τα ένζυμα του σκόρδου βρίσκονται σε συντριπτική πλειοψηφία στο έλαιο που απελευθερώνεται από το σκόρδο αδρανοποιημένα μέσα στις μεμβράνες των κυττάρων του σκόρδου έως ότου το σκόρδο χειραγωγηθεί. Ο τεμαχισμός και η σύνθλιψη καταστρέφουν τις μεμβράνες, απελευθερώνοντας τα ένζυμα. Η θέρμανση και το μαγείρεμα έχουν το αντίθετο αποτέλεσμα και μπορεί να σκοτώσουν την πλειοψηφία των ενζύμων στο σκόρδο.
Εκτός από το πλήρες, φρέσκο σκόρδο, τα ένζυμα σκόρδου είναι διαθέσιμα σε τέσσερις επιλογές συμπληρωμάτων: εμποτισμένο σκόρδο, εκχύλισμα σκόρδου, αιθέριο έλαιο σκόρδου από αλεσμένο σκόρδο και σκόνη σκόρδου από αλεσμένο, αποξηραμένο σκόρδο. Το τελευταίο είναι ένα κοινό μπαχαρικό. Μερικές μελέτες, ωστόσο, αμφισβητούν ότι τα ένζυμα σκόρδου στα συμπληρώματα είναι αναποτελεσματικά. Μόνο η μορφή συμπληρώματος εκχυλίσματος, όταν εφαρμόζεται τοπικά, έχει αποδειχθεί ότι έχει κάποιο όφελος σε εργαστηριακές μελέτες.
Στον τομέα της υγείας, τα ένζυμα από το σκόρδο θεωρούνται βακτηριοκτόνα, ικανά να σκοτώσουν επιβλαβή στελέχη βακτηρίων. Για το λόγο αυτό, το σκόρδο έχει χρησιμοποιηθεί για τη θεραπεία του στρεπτόκοκκου και άλλων λοιμώξεων. Ορισμένες μελέτες δείχνουν ότι αυτά τα ένζυμα μπορούν επίσης να σκοτώσουν τους ιούς. Αυτή η γνώση έχει ενθαρρύνει τη χρήση του σκόρδου από ασθενείς με ιό της ανθρώπινης ανοσοανεπάρκειας (HIV), έρπη και άλλα σεξουαλικά μεταδιδόμενα νοσήματα.
Η χρήση ενζύμων σκόρδου για τη θεραπεία τουλάχιστον πέντε τύπων καρκίνου παραμένει η πιο κοινή χρήση του σκόρδου για την υγεία. Η υψηλή κατανάλωση σκόρδου υποτίθεται ότι μπορεί να αποτρέψει ή να αναστρέψει τον καρκίνο του παχέος εντέρου και του στομάχου, σύμφωνα με ιατρικά δεδομένα. Οι κακοήθεις όγκοι στον οισοφάγο, το στήθος και το πάγκρεας ανταποκρίνονται επίσης στο σκόρδο. Μελέτες δείχνουν ότι τα οφέλη των ενζύμων δεν προκύπτουν με μεμονωμένα ένζυμα, αλλά μόνο όταν η αλλιινάση είναι παρουσία άλλων φυτοχημικών στο σκόρδο, όπως η αλλιίνη και η αλλισίνη. Εξαιτίας αυτού, πολλοί πιστεύουν ότι ο καλύτερος τρόπος για την κατανάλωση ενζύμων είναι η τακτική κατανάλωση ολόκληρης της σκελίδας σκόρδου. Οι υποστηρικτές της υγείας προτείνουν μια δόση μιας σκελίδας την ημέρα.
Αρκετές θεωρίες έχουν προκύψει στην ιατρική κοινότητα για να εξηγήσουν την επίδραση που έχουν τα ένζυμα του σκόρδου στον καρκίνο. Μια θεωρία είναι ότι τα ένζυμα και άλλες χημικές ουσίες στο σκόρδο καταστέλλουν τη δραστηριότητα των καρκινογόνων παραγόντων. Μια άλλη θεωρία είναι ότι το σκόρδο μπορεί να σταματήσει τον πολλαπλασιασμό των καρκινικών κυττάρων και να επιδιορθώσει τα κατεστραμμένα κύτταρα, ώστε να είναι και πάλι υγιή. Μια επιπλέον θεωρία είναι ότι η πρόσληψη σκόρδου προκαλεί θάνατο του καρκινικού ιστού.