Όταν οι περισσότεροι άνθρωποι αγοράζουν αυγά από κοτόπουλα σε παντοπωλεία, είναι μη γονιμοποιημένα. Αυτά τα αυγά αντιπροσωπεύουν το θηλυκό ωάριο και δεν μπορούν να εξελιχθούν σε κοτόπουλα επειδή το κοτόπουλο δεν έχει εκτεθεί στο σπέρμα αρσενικών κοτόπουλων (κοκόρια), το οποίο θα δημιουργούσε γονιμοποιημένα ωάρια. Μερικές φορές οι αγοραστές μπορεί να παρατηρήσουν ότι τα καταστήματα πωλούν γονιμοποιημένα ωάρια και υπάρχουν πολλές ερωτήσεις σχετικά με το τι είναι αυτά και τον σκοπό τους.
Τα γονιμοποιημένα αυγά είναι αυγά που προέρχονται από κοτόπουλα που έχουν ζευγαρώσει με κόκορες ή που έχουν εκτεθεί σε σπέρμα κόκορα. Η γονιμοποίηση συμβαίνει στην πραγματικότητα πριν το ωάριο σχηματιστεί πλήρως και αποκτήσει κέλυφος. Τα κοτόπουλα που είναι ελευθέρας βοσκής και διατηρούνται με κοκόρια γεννούν συχνά γονιμοποιημένα αυγά, αν και δεν είναι τεχνικά γονιμοποιημένο κάθε αυγό που παράγει ένα κοτόπουλο ελευθέρας βοσκής που εκτίθεται σε κόκορες. Δεδομένων των κατάλληλων συνθηκών, όπως η τοποθέτηση των αυγών σε μια θερμοκοιτίδα ή το να επιτρέπεται στη συνέχεια η κότα να επωάσει τα αυγά, τα αυγά συνήθως γίνονται νεοσσοί. Η επώαση διαρκεί περίπου 21 ημέρες.
Υπάρχουν μερικές λανθασμένες εντυπώσεις για τα γονιμοποιημένα ωάρια. Όταν ένα γονιμοποιημένο αυγό συλλέγεται και ψύχεται, το αυγό δεν θα γίνει κοτόπουλο στο ψυγείο. Πολλοί άνθρωποι πιστεύουν ότι τα αυγά κοτόπουλου που έχουν κηλίδες αίματος πάνω τους γονιμοποιούνται. Αυτό συμβαίνει στην πραγματικότητα κατά τη διάρκεια της ωορρηξίας όταν υπάρχει σπάσιμο των αιμοφόρων αγγείων στην επιφάνεια του ωαρίου. Δεν είναι μωρό κοτόπουλο και οι κότες που δεν έχουν επαφή με κοκόρια παράγουν αυτά περίπου το 1% του χρόνου. Αυτά τα αυγά τρώγονται καλά, αν και μερικοί άνθρωποι τα αποφεύγουν. Οι παραγωγοί αυγών τείνουν να χρησιμοποιούν διάφορες τεχνικές για να τα εντοπίσουν, που ονομάζονται κεριά, και να τα αφαιρέσουν.
Μια άλλη λανθασμένη εντύπωση για τα γονιμοποιημένα ωάρια είναι ότι τα λευκά σχοινιά σε ένα ωάριο είναι είτε έμβρυο κοτόπουλου είτε σπερματοζωάρια κόκορα. Στην πραγματικότητα αυτοί οι κλώνοι, που ονομάζονται chalazae, εμφανίζονται σε όλα τα αυγά κοτόπουλου. Το πιο φρέσκο αυγό έχει περισσότερα χαλάζια από τα αυγά που κάθονται για αρκετές εβδομάδες.
Αντίθετα, ένα γονιμοποιημένο αυγό κοτόπουλου θα έχει ελαφρώς διαφορετική εμφάνιση. Ο κρόκος έχει μικροσκοπικές κόκκινες γραμμές που ξεκινούν από την κορυφή και φτάνουν σε όλες τις πλευρές του αυγού. Αυτή η εμφάνιση δείχνει ότι το αυγό θα μπορούσε να μετατραπεί σε νεοσσό υπό τις κατάλληλες συνθήκες, αλλά επειδή αυτά τα αυγά συνήθως συλλέγονται μέσα σε λίγες ώρες από την ωοτοκία, δεν έχουν πλήρως σχηματισμένους νεοσσούς μέσα τους.
Υπήρξαν πολλά επιχειρήματα σχετικά με τα οφέλη για την υγεία των γονιμοποιημένων ωαρίων με ορισμένους να ισχυρίζονται ότι είναι διατροφικά ανώτερα από τα μη γονιμοποιημένα. Μπορεί να υπάρχουν κάποια οφέλη για την υγεία από την κατανάλωση πολύ φρέσκων αυγών, γονιμοποιημένων ή μη, αν και αυτά μπορεί να είναι εξαιρετικά ελάχιστα. Τα αυγά αρχίζουν να χάνουν πρωτεΐνη όσο περισσότερο κάθονται, αν και η κατάψυξη βοηθά στη διακοπή της απώλειας πρωτεΐνης. Οι περισσότεροι επιστημονικοί οργανισμοί διατροφής ισχυρίζονται ότι υπάρχει μικρή έως καθόλου διαφορά στα θρεπτικά οφέλη μεταξύ γονιμοποιημένων και μη γονιμοποιημένων ωαρίων.