Τα βιολογικά αυγά είναι αυγά που παράγονται από κότες που τρέφονται με ειδική βιολογική τροφή. Ο ορισμός του βιολογικού εξαρτάται από τον οργανισμό που τον ορίζει και αυτό μπορεί να διαφέρει από μέρος σε μέρος. Μπορεί να ειπωθεί ότι τα περισσότερα βιολογικά αυγά προέρχονται συνήθως από κοτόπουλα στα οποία δεν χορηγούνται ορμόνες, δεν λαμβάνουν τακτικά προφυλακτικά αντιβιοτικά (για την πρόληψη της μόλυνσης) και που τρώνε ζωοτροφές που καλλιεργούνται βιολογικά. Αυτό σημαίνει ότι η τροφή που τρώνε συνήθως δεν επεξεργάζεται με χημικά φυτοφάρμακα ή λιπάσματα.
Μπορεί να υπάρχουν άλλες απαιτήσεις για να θεωρούνται τα αυγά βιολογικά. Πολλά αυγά με βιολογική ωοτοκία προέρχονται επίσης από κότες που δεν είναι περιορισμένες σε μικρό κλουβί. Αυτά τα κοτόπουλα, που ονομάζονται ελευθέρας βοσκής, έχουν χώρο για περιπλάνηση και μπορεί να έχουν καθημερινή πρόσβαση σε εξωτερικούς χώρους. Ωστόσο, οι κότες ελευθέρας βοσκής δεν παράγουν πάντα βιολογικά αυγά. Είναι σίγουρα μια αγορά τόσο για αυγά ελευθέρας βοσκής όσο και για βιολογικά αυγά, και η πρακτική της εκτροφής κοτόπουλων που ταιριάζουν και στα δύο προσόντα αυξάνεται με ταχείς ρυθμούς.
Οι αγοραστές στο παντοπωλείο θα παρατηρήσουν αυξημένη τιμή για τα βιολογικά αυγά, ακόμη και αυτά που φέρουν την ετικέτα “ελεύθερη ποικιλία”. Αυτό συμβαίνει επειδή οι κότες που δεν τρέφονται με ορμόνες θα παράγουν φυσικά λιγότερα αυγά και οι κότες ελευθέρας βοσκής μπορεί να γεννούν μερικά αυγά στο έδαφος, τα οποία μπορεί να μην πωλούνται νόμιμα σε ορισμένες χώρες. Επίσης, για τα κοτόπουλα ελευθέρας βοσκής, τα οποία μπορεί να αποτελούν μέρος του βιολογικού ορισμού σε ορισμένες χώρες, απαιτείται περισσότερος χώρος για να φιλοξενηθούν λιγότερα ζώα. Έτσι, η παραγωγή αυγών είναι συνήθως χαμηλότερη, και η τιμή των βιολογικών ζωοτροφών συνεισφέρει επίσης στην εξίσωση, καθώς είναι πιο ακριβή από τις ζωοτροφές που καλλιεργούνται που δεν πληρούν τα βιολογικά πρότυπα.
Όσοι είναι υποστηρικτές των μεθόδων βιολογικής καλλιέργειας πιστεύουν ότι μια μικρή αύξηση στην τιμή αξίζει τον κόπο για την απόκτηση βιολογικών αυγών. Για παράδειγμα, πολλοί υποστηρίζουν ότι εφόσον τα βιολογικά κοτόπουλα μπορεί να τρέφονται με πλήρη σιτηρά, αν και αυτό δεν συμβαίνει πάντα, παράγουν αυγά με χαμηλότερα λιπαρά και ο αριθμός σιδήρου στους κρόκους των αυγών βιολογικής παραγωγής μπορεί να είναι υψηλότερος. Το άλλο επιχείρημα που διατυπώνεται συνήθως είναι ότι τα βιολογικά αυγά στερούνται ορισμένες από τις χημικές ουσίες που υπάρχουν στα αυγά που παράγονται με άλλα μέσα και ότι είναι αδύνατο να εκτιμηθεί η βλάβη από την κατανάλωση φυτοφαρμάκων, ορμονών και υπολειμμάτων αντιβιοτικών σε τακτική βάση. Επιπλέον, όταν τα στρώματα ελεύθερης βοσκής παράγουν αυτά τα αυγά, πολλοί υποστηρίζουν ότι τέτοια ζώα εκτρέφονται με τρόπο εντελώς απαλλαγμένο από σκληρότητα.
Αυτό το τελευταίο σημείο δεν συμφωνείται από ακτιβιστές για τα δικαιώματα των ζώων, όπως εκείνοι που ανήκουν στο People for Ethical Treatment of Animals (PETA). Η PETA ισχυρίζεται ότι η βιολογική μπορεί να μην εξασφαλίζει εκτροφή χωρίς σκληρότητα, ιδιαίτερα στις ΗΠΑ, και ότι ακόμη και τα αυγά ελεύθερης βοσκής μπορεί να μην σημαίνει ότι τα κοτόπουλα περιφέρονται χωρίς φροντίδα στον κόσμο. Οργανισμοί όπως η PETA πιστεύουν ότι αυτές οι ετικέτες αφήνουν πάρα πολλά κενά που μπορούν ακόμα να καταχραστούν από τους καλλιεργητές ζώων και ότι κοροϊδεύουν τους καταναλωτές να πιστεύουν ότι δεν υποστηρίζουν τη σκληρότητα των ζώων, ενώ αυτό ίσως δεν συμβαίνει.